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- PDB-5u30: Crystal structure of AacC2c1-sgRNA-extended target DNA ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u30
タイトルCrystal structure of AacC2c1-sgRNA-extended target DNA ternary complex
要素
  • CRISPR-associated endonuclease C2c1
  • Non-target DNA strand
  • Target DNA strand
  • sgRNA
キーワードHYDROLASE/DNA / Type V CRISPR-Cas endonculease: C2c1: Structure: Binary complex with sgRNA: Ternary complex with added DNA: RuvC catalytic pocket: Sequence-specific PAM recognition: Genome editing tool / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / CRISPR-associated endonuclease C2c1 Nuc-II domain / CRISPR-associated endonuclease C2c1 second helical domain / CRISPR-associated endonuclease C2c1 first helical domain / CRISPR-associated endonuclease C2c1, wedge domain, second region / : / : / C2c1 CRISPR-Cas endonuclease, RuvC-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / CRISPR-associated endonuclease Cas12b
類似検索 - 構成要素
生物種Alicyclobacillus acidoterrestris (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Yang, H. / Gao, P. / Rajashankar, K.R. / Patel, D.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM104962 米国
Memorial Sloan-Kettering Cancer Center Core GrantP30 CA008748 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: PAM-Dependent Target DNA Recognition and Cleavage by C2c1 CRISPR-Cas Endonuclease.
著者: Yang, H. / Gao, P. / Rajashankar, K.R. / Patel, D.J.
履歴
登録2016年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease C2c1
B: sgRNA
C: Target DNA strand
D: Non-target DNA strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,2727
ポリマ－181,9844
非ポリマー2883
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24540 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area65530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.747, 184.807, 214.287
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 Target DNA strand


分子量: 11604.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: DNA鎖 Non-target DNA strand


分子量: 2448.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease C2c1 / AacC2c1


分子量: 131747.031 Da / 分子数: 1 / 断片: CRISPR-associated endonuclease AacC2c1 / 変異: D570A/E848A/D977A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidoterrestris (バクテリア)
株: ATCC 49025 / DSM 3922 / CIP 106132 / NCIMB 13137 / GD3B
遺伝子: c2c1, N007_06525 / プラスミド: pRSFDuet-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: T0D7A2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 sgRNA


分子量: 36183.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Alicyclobacillus acidoterrestris (バクテリア)

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非ポリマー , 2種, 10分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES (pH 7.5), and 25% PEG3350 (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月12日 / 詳細: DECTRIS PILATUS 6M-F
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→50 Å / Num. obs: 50264 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 81.56 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.92→3.02 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / CC1/2: 0.368 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.92→49.351 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2441 2422 4.82 %
Rwork0.2054 --
obs0.2073 50251 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→49.351 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8864 3021 15 7 11907
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212449
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44817461
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1797106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0341931
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031752
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.92-2.97960.38261360.35072718X-RAY DIFFRACTION97
2.9796-3.04440.34531380.3382746X-RAY DIFFRACTION98
3.0444-3.11520.37431380.35752765X-RAY DIFFRACTION99
3.1152-3.19310.44051570.32442791X-RAY DIFFRACTION100
3.1931-3.27940.30511140.28682810X-RAY DIFFRACTION100
3.2794-3.37590.32531570.25472783X-RAY DIFFRACTION100
3.3759-3.48480.28841360.24192848X-RAY DIFFRACTION100
3.4848-3.60930.28911470.22332765X-RAY DIFFRACTION100
3.6093-3.75380.24391400.22042818X-RAY DIFFRACTION99
3.7538-3.92460.26211400.21142802X-RAY DIFFRACTION99
3.9246-4.13140.22281330.18572808X-RAY DIFFRACTION99
4.1314-4.39010.20621470.16222827X-RAY DIFFRACTION100
4.3901-4.72880.19721260.16082852X-RAY DIFFRACTION100
4.7288-5.20420.20561710.17032806X-RAY DIFFRACTION100
5.2042-5.95620.20841360.18222864X-RAY DIFFRACTION99
5.9562-7.49990.22941530.20322857X-RAY DIFFRACTION99
7.4999-49.35790.21851530.17932969X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -27.7078 Å / Origin y: -25.3264 Å / Origin z: -40.8344 Å
111213212223313233
T0.5948 Å2-0.0723 Å20.0447 Å2-0.488 Å2-0.0497 Å2--0.5176 Å2
L1.0816 °20.1814 °20.3758 °2-0.5788 °20.2773 °2--0.6146 °2
S-0.0118 Å °-0.0066 Å °0.1464 Å °-0.017 Å °-0.0948 Å °0.2309 Å °0.1043 Å °-0.1786 Å °0.0974 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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