PDB-5u2i: Crystal structure of a nucleoside diphosphate kinase from Naegler...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u2i

タイトル

Crystal structure of a nucleoside diphosphate kinase from Naegleria fowleri

要素

Nucleoside diphosphate kinase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Naegleria fowleri / nucloside diphosphate kinase / potential drug target / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a nucleoside diphosphate kinase from Naegleria fowleri
著者: Conrady, D.G. / Yano, J.K. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u2i.cif.gz	406.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u2i.ent.gz	328.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u2i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5u2i_validation.pdf.gz	475.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5u2i_full_validation.pdf.gz	477.3 KB	表示
XML形式データ	5u2i_validation.xml.gz	50.6 KB	表示
CIF形式データ	5u2i_validation.cif.gz	77.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/5u2i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/5u2i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vvtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5iom-2 6joh-4 5iol-1 6k3h-2 6joh-3 6k3h-1 3q83-d 3l7u-1 6xpw-d 6joh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-NafoA.00438.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside diphosphate kinase

B: Nucleoside diphosphate kinase

C: Nucleoside diphosphate kinase

D: Nucleoside diphosphate kinase

E: Nucleoside diphosphate kinase

F: Nucleoside diphosphate kinase

ヘテロ分子

107 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.900, 110.380, 68.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.550, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Nucleoside diphosphate kinase 分子量: 17678.199 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア) 株: ATCC 30863 / 遺伝子: NF0036070 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1S4NYF9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
由来についての詳細	there is no sequence reference for N. fowleri in UniProt. AmoebaDB database provides a sequence ...there is no sequence reference for N. fowleri in UniProt. AmoebaDB database provides a sequence reference for N. fowleri: http://amoebadb.org/amoeba/app/record/gene/NF0036070

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.07 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Rigaku Reagents MCSG1 screen g10: 0.1M Mg Formate, 15% PEG3350; NafoA.00438.a.B1.PS38003 at 17.9 mg/mL. Tray 283886 g10, puck fhx0-10; cryoprotected in 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月12日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→40.5916 Å / Num. obs: 172534 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.16 % / B_iso Wilson estimate: 8.2 Å² / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 9.08

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.4-1.44		0.405	3.37	0.864	1	99.8
1.44-1.48		0.348	4.19	0.897	1	99.7
1.48-1.52		0.286	4.99	0.925	1	99.8
1.52-1.57		0.244	5.75	0.939	1	99.8
1.57-1.62		0.214	6.35	0.953	1	99.7
1.62-1.67		0.187	7.13	0.958	1	99.8
1.67-1.74		0.171	7.78	0.964	1	99.7
1.74-1.81		0.153	8.51	0.97	1	99.8
1.81-1.89		0.132	9.55	0.977	1	99.6
1.89-1.98		0.119	10.64	0.978	1	99.7
1.98-2.09		0.105	11.73	0.981	1	99.6
2.09-2.21		0.099	12.32	0.983	1	99.7
2.21-2.37		0.098	12.8	0.982	1	99.3
2.37-2.56		0.095	13.28	0.982	1	99.4
2.56-2.8		0.092	13.98	0.98	1	99.4
2.8-3.13		0.09	14.58	0.983	1	99.2
3.13-3.61		0.091	15.14	0.979	1	99.3
3.61-4.43		0.091	15.46	0.982	1	99.1
4.43-6.26		0.093	15.49	0.98	1	98.8
	6.26	0.09	15.34	0.98	1	98.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VVT

3vvt

解像度: 1.4→40.575 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.41

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1689	2194	1.27 %
R_work	0.1406	-	-
obs	0.141	172502	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.06 Å² / B_iso mean: 12.2957 Å² / B_iso min: 3.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→40.575 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7056	0	68	1523	8647
B_iso mean	-	-	24.47	23.63	-
残基数	-	-	-	-	911

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7711
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.11	10529
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.094	1171
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1371
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.17	2909

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4-1.4304	0.2197	172	0.1971	10557	10729	100
1.4304-1.4637	0.2083	150	0.1724	10613	10763	100
1.4637-1.5003	0.1875	156	0.1583	10602	10758	100
1.5003-1.5408	0.1805	140	0.1468	10673	10813	100
1.5408-1.5862	0.1884	168	0.1425	10588	10756	100
1.5862-1.6374	0.1602	131	0.1364	10597	10728	100
1.6374-1.6959	0.1681	165	0.1346	10668	10833	100
1.6959-1.7638	0.1994	119	0.1382	10612	10731	100
1.7638-1.8441	0.1764	148	0.1387	10673	10821	100
1.8441-1.9413	0.1691	139	0.1371	10631	10770	100
1.9413-2.0629	0.1659	85	0.1358	10723	10808	100
2.0629-2.2222	0.1598	152	0.1337	10569	10721	100
2.2222-2.4458	0.1669	134	0.1377	10668	10802	100
2.4458-2.7997	0.1556	133	0.1455	10633	10766	100
2.7997-3.527	0.1911	97	0.1334	10715	10812	100
3.527-40.5916	0.1234	105	0.1362	10786	10891	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0589	0.2428	0.608	4.5805	1.2196	2.3253	0.0444	0.2184	-0.2407	-0.2492	-0.0793	0.0978	0.2043	-0.1288	0.0356	0.0993	-0.0236	-0.0181	0.0615	0.0035	0.0844	-0.0777	-3.5018	7.9259
2	0.3239	-0.1914	-0.0802	0.5992	0.1906	0.9095	0.0295	-0.0492	-0.106	0.0264	-0.0008	0.0689	0.0687	-0.1214	-0.024	0.0474	-0.0113	-0.0084	0.0719	0.0121	0.0697	-0.3066	4.6233	15.9893
3	1.7494	1.2239	-0.5433	6.8099	-1.3895	7.1722	-0.1151	-0.2503	-0.4077	0.3955	0.0534	0.0403	0.9071	-0.2567	0.1121	0.2488	-0.0499	0.0175	0.1558	0.0614	0.2584	-7.4564	-10.6909	27.5116
4	1.1113	1.8377	-1.1376	6.9015	-2.4714	3.0864	0.1034	-0.18	-0.2004	0.5846	0.0517	0.2913	-0.0567	-0.1614	-0.134	0.113	-0.0302	0.0047	0.155	0.0497	0.1311	-7.7508	0.8127	28.1198
5	0.5515	0.1734	0.5466	1.5168	-0.4998	2.6633	0.1567	0.0903	-0.0657	-0.1623	-0.0733	-0.0292	-0.0197	-0.1535	-0.1029	0.0497	-0.0296	-0.0105	0.0691	-0.0027	0.0742	0.808	0.1988	8.5874
6	0.8388	0.4554	1.9151	0.4139	1.0792	7.619	0.0967	-0.0752	-0.1304	0.0279	-0.0259	-0.0259	0.4432	-0.0595	-0.0653	0.0982	-0.0094	-0.0139	0.0592	0.0204	0.1159	8.9474	-5.9931	18.4275
7	1.6277	0.4574	0.1399	0.8291	0.6165	1.3305	-0.0056	-0.1334	-0.1203	0.0201	0.0015	0.0616	0.1336	-0.0416	0.0101	0.0745	-0.0147	-0.0121	0.0552	0.0267	0.088	7.4825	-1.1435	22.9627
8	5.3785	-2.1607	-0.962	6.3088	0.5192	0.7179	0.0691	0.0429	-0.3173	-0.0953	-0.0312	0.2067	0.1945	-0.2139	0.0049	0.1078	-0.0624	-0.0257	0.1313	0.0201	0.1079	-7.2901	-6.7097	12.1172
9	4.4535	-0.2304	-1.7025	0.6105	-0.242	3.1262	0.0308	0.3321	-0.1824	-0.0101	-0.0369	0.0529	0.056	-0.2364	0.0384	0.0843	-0.0279	-0.0272	0.0732	-0.0286	0.083	1.0893	2.2651	-1.3505
10	3.2932	-0.2102	0.302	2.974	-0.6416	0.7208	0.0466	-0.1562	0.1129	0.2068	-0.0505	0.1361	-0.1178	-0.1851	0.0143	0.0436	0.0024	0.0029	0.0723	0.006	0.0535	-5.043	24.5511	15.1969
11	0.2321	0.0013	0.1482	0.4363	0.9559	2.5799	0.011	0.0107	-0.0024	0.0065	0.0013	0.005	0.0198	-0.0246	-0.0171	0.0357	0.0006	-0.0025	0.0481	0.0065	0.0467	2.5675	16.2089	9.9546
12	1.8947	1.2096	-0.7417	3.8866	-2.9018	2.6207	0.1548	0.1327	0.1862	0.2337	-0.0062	0.2711	-0.1788	0.011	-0.1494	0.0664	0.0039	0.0114	0.1125	-0.0061	0.0687	-9.128	23.5629	-5.77
13	0.8365	-0.0531	-0.0923	1.3399	0.5809	1.5604	0.036	-0.0131	0.0198	0.1217	0.0044	-0.0106	0.1306	-0.0111	-0.0379	0.0323	0.0098	0.0021	0.0793	0.0053	0.0428	-3.1526	19.6371	10.7891
14	4.3412	-0.6984	-4.5701	0.1139	0.7046	8.2153	0.1956	0.1504	0.1635	-0.0473	-0.0854	-0.0021	-0.4837	-0.079	-0.1303	0.0743	0.0047	-0.0001	0.0614	0.0148	0.0765	5.708	29.6397	6.5151
15	1.9069	0.1147	-1.1177	0.8285	0.5383	1.4085	0.0328	0.1325	0.0576	-0.0744	-0.011	0.0297	-0.1142	-0.0604	-0.0212	0.0526	0.0097	-0.005	0.0608	0.0169	0.0517	6.6871	24.7829	2.0022
16	6.321	4.6315	2.9784	6.6897	2.3045	2.1443	-0.0037	0.0019	0.3306	-0.0153	-0.1234	0.1725	-0.031	-0.1917	0.1274	0.052	0.0079	0.0141	0.1037	0.0181	0.0712	-11.3012	25.8101	8.4408
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
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4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 60 through 71 )	A	60 - 71
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 72 through 81 )	A	72 - 81
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 82 through 97 )	A	82 - 97
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 98 through 121 )	A	98 - 121
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9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 133 through 151 )	A	133 - 151
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1 through 10 )	B	1 - 10
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 11 through 40 )	B	11 - 40
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 41 through 67 )	B	41 - 67
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 68 through 81 )	B	68 - 81
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 82 through 97 )	B	82 - 97
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 98 through 121 )	B	98 - 121
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 122 through 132 )	B	122 - 132
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 133 through 143 )	B	133 - 143
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 144 through 151 )	B	144 - 151
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 1 through 10 )	C	1 - 10
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 11 through 40 )	C	11 - 40
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 41 through 50 )	C	41 - 50
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 51 through 59 )	C	51 - 59
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 60 through 78 )	C	60 - 78
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 79 through 90 )	C	79 - 90
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 91 through 121 )	C	91 - 121
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 122 through 132 )	C	122 - 132
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 133 through 151 )	C	133 - 151
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 1 through 10 )	D	1 - 10
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 11 through 40 )	D	11 - 40
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 41 through 69 )	D	41 - 69
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 70 through 78 )	D	70 - 78
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 79 through 90 )	D	79 - 90
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 91 through 121 )	D	91 - 121
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 122 through 132 )	D	122 - 132
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 133 through 151 )	D	133 - 151
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 1 through 10 )	E	1 - 10
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 11 through 41 )	E	11 - 41
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 42 through 50 )	E	42 - 50
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 51 through 67 )	E	51 - 67
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 68 through 78 )	E	68 - 78
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 79 through 90 )	E	79 - 90
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 91 through 107 )	E	91 - 107
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resid 108 through 121 )	E	108 - 121
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'E' and (resid 122 through 132 )	E	122 - 132
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'E' and (resid 133 through 143 )	E	133 - 143
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'E' and (resid 144 through 151 )	E	144 - 151
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid -4 through 4 )	F	-4 - 4
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 5 through 81 )	F	5 - 81
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 82 through 121 )	F	82 - 121
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resid 122 through 132 )	F	122 - 132
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'F' and (resid 133 through 151 )	F	133 - 151

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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