PDB-5u2a: Crystal structure of Brucella canis Acyl-CoA Synthetase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u2a

タイトル

Crystal structure of Brucella canis Acyl-CoA Synthetase

要素

AMP-dependent synthetase and ligase

キーワード

LIGASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / BERYLLIUM / SYNTHETASE / ACYL-COA / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

ligase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella canis

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fox III, D. / Abendroth, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Brucella canis Acyl-CoA Synthetase
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fox III, D. / Abendroth, J.

履歴

登録	2016年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u2a.cif.gz	216.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u2a.ent.gz	172 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u2a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5u2a_validation.pdf.gz	426.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5u2a_full_validation.pdf.gz	429.7 KB	表示
XML形式データ	5u2a_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	5u2a_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/5u2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/5u2a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1pg4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1qpr-1 5hid-d 1lhp-d 7a9j-d 3kws-d 4xk1-d 3a31-d 5wnj-2 5ab7-1 7a9i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BrcaA.00629.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: AMP-dependent synthetase and ligase

ヘテロ分子

60.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.600, 92.200, 141.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	AMP-dependent synthetase and ligase 分子量: 60664.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella canis (strain ATCC 23365 / NCTC 10854) (イヌ流産菌) 株: ATCC 23365 / NCTC 10854 / 遺伝子: BCAN_B0452 / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9MB96
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.32 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: ACETYL COA SYNTHETASE FROM BRUCELLA CANIS ATCC 23365 (BRCAA.00629.A.B1.PW37891) AT 26MG/ML (25 MM TRIS PH 8.0, 200 MM NACL, 1% GLYCEROL, 1 MM TCEP) WAS SET UP IN SPARSE CRYSTALLIZATION TRIALS ...詳細: ACETYL COA SYNTHETASE FROM BRUCELLA CANIS ATCC 23365 (BRCAA.00629.A.B1.PW37891) AT 26MG/ML (25 MM TRIS PH 8.0, 200 MM NACL, 1% GLYCEROL, 1 MM TCEP) WAS SET UP IN SPARSE CRYSTALLIZATION TRIALS AT 16C. CRYSTALS WERE PRODUCED BY SITTING DROP VAPOR DIFFUSION WITH AN EQUAL VOLUME OF PROTEIN AND SPARSE SCREEN MORPHEUS CONDITION A9 (0.1M TRIS(BASE), 0.1M BICINE, PH8.5, 0.06M MAGNESIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE, 0.06M CALCIUM CHLORIDE DIHYDRATE, 20% PEG500 MME, 10% PEG20,000) AND DIRECTLY CRYO-PROTECTED. CRYSTAL ID 273132A9,RDJ0-10, CLSI-08ID, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K PH範囲: 8.5

結晶

マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.32 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ACETYL COA SYNTHETASE FROM BRUCELLA CANIS ATCC 23365 (BRCAA.00629.A.B1.PW37891) AT 26MG/ML (25 MM TRIS PH 8.0, 200 MM NACL, 1% GLYCEROL, 1 MM TCEP) WAS SET UP IN SPARSE CRYSTALLIZATION TRIALS ...
PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 28526 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 70.73 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 20.27
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 3.36 / Num. unique all: 10440 / CC_1/2: 0.944 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(1.11.1_2575: 000)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1pg4

1pg4

解像度: 2.5→41.918 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.95

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2283	1421	5 %
R_work	0.1906	-	-
obs	0.1926	28442	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.918 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3965	0	1	41	4007

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4080
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.852	5577
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.748	2431
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	638
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	741

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5893	0.3503	139	0.2719	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5893-2.693	0.3165	139	0.2758	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
2.693-2.8155	0.2518	140	0.2542	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8155-2.9639	0.3455	141	0.2512	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9639-3.1496	0.3469	140	0.2516	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1496-3.3927	0.2882	142	0.2422	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3927-3.7339	0.2436	142	0.2014	2696	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7339-4.2737	0.2086	142	0.1634	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2737-5.3827	0.1674	145	0.1485	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3827-41.924	0.1778	151	0.1587	2875	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2167	0.4579	-0.2161	2.2638	0.4037	4.0855	0.0011	0.1648	0.1648	0.0536	0.1092	0.2637	-0.6583	-0.3222	-0.0722	0.6384	0.0615	0.1997	0.4611	-0.0151	0.4471	30.8446	2.2566	7.1787
2	4.7306	0.4623	0.4919	4.536	2.7732	5.4584	0.2418	-0.2664	0.4474	-0.0998	-0.3756	0.9501	-0.8736	-1.3825	0.1237	0.7616	0.3213	0.1763	0.8403	0.0486	0.6827	16.085	8.5687	7.1367
3	2.1565	-0.098	-0.2706	0.5988	0.4601	4.0449	0.0166	-0.26	-0.0855	0.3695	0.0522	0.0641	-0.4415	-0.2109	-0.0626	0.6469	0.0061	0.1543	0.3856	-0.0375	0.4315	35.8795	-1.4809	20.8505
4	3.011	0.3926	1.5938	2.3533	-0.0732	3.9786	-0.1158	-0.089	0.1532	0.2618	0.0859	-0.2128	-1.0838	0.5912	0.0075	0.9713	-0.1479	0.1694	0.5656	-0.0375	0.4298	48.8732	8.4104	25.7769
5	1.5214	0.1384	-1.2428	2.0444	0.5175	6.8365	0.0008	0.1028	-0.045	-1.2997	0.2499	-0.0156	-1.0227	0.4389	-0.2935	0.909	-0.1192	0.074	0.5304	-0.0463	0.5285	48.4014	17.1125	39.7541
6	3.7014	0.4934	-2.1245	5.4806	-0.3088	3.3024	0.4377	-0.2156	-0.0869	0.3925	-0.247	0.1888	-0.1795	0.1664	-0.1737	0.5493	-0.0049	-0.1146	0.5291	-0.006	0.3947	43.286	9.535	54.7384

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 18 through 134 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 135 through 192 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 193 through 325 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 326 through 423 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 424 through 461 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 462 through 553 )

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