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万見
- PDB-5u26: Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis Dihydrofolate Red... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u26
タイトルCrystal Structure of Mycobacterium tuberculosis Dihydrofolate Reductase Bound to NADP and p218 Inhibitor
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / DHFR / Folate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


NADP+ binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MMV / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis Dihydrofolate Reductase Bound to NADP and p218 Inhibitor
著者: Mayclin, S.J. / Fairman, J.W. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1906
ポリマ－19,8321
非ポリマー1,3585
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area8390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.050, 66.980, 77.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 19832.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: folA, folA_1, BN1213_03327, BN1303_00864, ERS007661_02580, ERS007663_03946, ERS007665_02766, ERS007741_00337, ERS013471_00736, ERS023446_01268, ERS024213_02711, ERS027644_04978, ERS027646_ ...遺伝子: folA, folA_1, BN1213_03327, BN1303_00864, ERS007661_02580, ERS007663_03946, ERS007665_02766, ERS007741_00337, ERS013471_00736, ERS023446_01268, ERS024213_02711, ERS027644_04978, ERS027646_03318, ERS027653_04780, ERS027654_00299, ERS027656_00246, ERS027659_04151, ERS027661_03595, ERS027666_04095, ERS031537_04020, ERS124361_01473, RN05_2938
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0E8UVJ4, UniProt: P9WNX1*PLUS, dihydrofolate reductase

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非ポリマー , 5種, 129分子

#2: 化合物 ChemComp-MMV / 3-(2-{3-[(2,4-diamino-6-ethylpyrimidin-5-yl)oxy]propoxy}phenyl)propanoic acid / P-218


分子量: 360.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24N4O4
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 % / Mosaicity: 0.18 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Mycobacterium tuberculosis DHFR, R9978 at 10 mg/ml, Batch number BOS051006 against RigakuReagents Ammonium Sulfate Screen, condition B10: 2.2M ammonium sulfate + 0.2M potassium acetate; 20% ...詳細: Mycobacterium tuberculosis DHFR, R9978 at 10 mg/ml, Batch number BOS051006 against RigakuReagents Ammonium Sulfate Screen, condition B10: 2.2M ammonium sulfate + 0.2M potassium acetate; 20% EG cryo; crystal tracking ID 255057b10 (puck gel2-3)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 12959 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.4 % / Biso Wilson estimate: 14.39 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 23.24
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2% possible all
1.85-1.90.5824.3288170.90186.8
1.9-1.950.4735.260.94687.8
1.95-2.010.4125.990.94693.2
2.01-2.070.3377.420.96292.8
2.07-2.140.2779.340.97699.1
2.14-2.210.23111.970.98596
2.21-2.290.2312.440.98697.3
2.29-2.390.19714.980.9998.4
2.39-2.490.17716.220.99296.9
2.49-2.620.14420.070.99598.9
2.62-2.760.15219.290.99497.8
2.76-2.930.11626.610.99897.6
2.93-3.130.09433.840.998100
3.13-3.380.07142.10.99998.8
3.38-3.70.05952.870.99999.1
3.7-4.140.04763.281100
4.14-4.780.0469.7199.8
4.78-5.850.04956.39199.7
5.85-8.270.05153.070.999100
8.270.04166.73198.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_1702精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7DFR

7dfr


解像度: 1.85→33.463 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1915 645 4.98 %
Rwork0.1479 --
obs0.1501 12959 96.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.16 Å2 / Biso mean: 17.0744 Å2 / Biso min: 4.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→33.463 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1277 0 88 124 1489
Biso mean--20.05 27.22 -
残基数----166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0181431
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7241968
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089209
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015246
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.187523
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.99280.20161090.16252231234089
1.9928-2.19340.20981250.1492409253496
2.1934-2.51060.22751200.15232473259397
2.5106-3.16280.19971380.15742531266999
3.1628-33.46890.16691530.136726702823100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7484-0.2544-0.46712.99913.47965.3358-0.09440.1623-0.07090.0037-0.13840.15380.18270.00740.17340.04860.01470.01770.1044-0.02190.0993-10.5579-12.09945.8915
21.3884-1.17470.11752.1975-0.06911.0786-0.0397-0.00260.06680.18760.1173-0.1672-0.29140.1573-0.10280.1304-0.02040.01130.0761-0.03340.0843-8.33273.051421.3626
32.0989-0.66051.36121.8842-0.9112.12150.09840.04810.0533-0.1235-0.0794-0.1169-0.18180.26520.0020.0254-0.01370.0230.10920.00680.0769-3.485-1.43128.9364
43.4866-2.0713-1.45783.01570.90854.87940.0375-0.01630.60410.1359-0.1006-0.5854-0.2930.3389-0.04330.0618-0.0201-0.0050.17250.05330.1510.68994.19645.8827
53.9562-1.55820.88364.6393-0.23223.96440.02920.1230.4112-0.09340.0152-0.0898-0.37380.1297-0.02630.1101-0.00090.01080.10510.03450.1014-9.86817.4647-1.2702
62.1495-1.78940.11727.6592-1.45831.06880.01060.3407-0.1081-0.69680.03530.33360.24980.0433-0.01720.1560.0059-0.02070.16270.01610.1151-13.4096-2.4946-3.6241
71.29691.2761-0.35233.1350.69732.01950.11390.2210.0744-0.1587-0.06620.2088-0.0093-0.03360.00270.07910.03040.00040.0839-0.00260.0626-14.7264-5.00977.1392
82.32422.06452.63862.62832.59243.11410.1753-0.0186-0.14320.1428-0.0109-0.04690.1577-0.0548-0.06920.06610.0127-0.01740.0737-0.02650.0849-9.6229-10.32615.7527
96.4176-6.02174.06245.6542-3.79712.6013-0.3315-0.551-0.09860.47120.48660.4503-0.3374-0.233-0.05220.22890.05480.03460.1571-0.02580.1823-13.79583.422426.5486
101.68770.75360.23061.0740.14881.53260.104-0.1666-0.08760.41640.03830.59990.2119-0.1461-0.08910.0982-0.00970.00890.12010.03360.1822-17.2958-12.631616.9923
115.85020.10750.87924.21652.03675.48660.1905-0.19840.080.1217-0.1292-0.1920.20980.04830.00120.0533-0.0075-0.01370.11410.01080.07240.5757-8.002628.2581
124.370.19894.07980.53660.795.34140.3703-0.1245-0.23960.1778-0.18930.17360.4838-0.2039-0.20740.1365-0.0206-0.00550.08320.00280.1029-10.4621-14.787217.012
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -6 through 9 )A-6 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 10 through 24 )A10 - 24
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 25 through 49 )A25 - 49
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 50 through 60 )A50 - 60
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 61 through 76 )A61 - 76
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 77 through 89 )A77 - 89
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 90 through 106 )A90 - 106
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 107 through 115 )A107 - 115
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 116 through 125 )A116 - 125
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 126 through 139 )A126 - 139
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 140 through 150 )A140 - 150
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 151 through 159 )A151 - 159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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