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- PDB-5tzr: GPR40 in complex with partial agonist MK-8666 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tzr
タイトルGPR40 in complex with partial agonist MK-8666
要素Free fatty acid receptor 1,Endolysin,Free fatty acid receptor 1
キーワードFATTY ACID BINDING PROTEIN/HYDROLASE / FFAR1 / partial agonist / FATTY ACID BINDING PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bioactive lipid receptor activity / Free fatty acid receptors / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / response to fatty acid / positive regulation of calcium ion transport / insulin secretion / negative regulation of interleukin-1 beta production / ligand-gated ion channel signaling pathway ...bioactive lipid receptor activity / Free fatty acid receptors / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / response to fatty acid / positive regulation of calcium ion transport / insulin secretion / negative regulation of interleukin-1 beta production / ligand-gated ion channel signaling pathway / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of insulin secretion / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / glucose homeostasis / lysozyme activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (q) signalling events / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / G protein-coupled receptor signaling pathway / lipid binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPR40 receptor fatty acid / G protein-coupled receptor 40-related receptor / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. ...GPR40 receptor fatty acid / G protein-coupled receptor 40-related receptor / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MK6 / MALONATE ION / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Free fatty acid receptor 1 / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lu, J. / Byrne, N. / Patel, S. / Sharma, S. / Soisson, S.M.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for the cooperative allosteric activation of the free fatty acid receptor GPR40.
著者: Lu, J. / Byrne, N. / Wang, J. / Bricogne, G. / Brown, F.K. / Chobanian, H.R. / Colletti, S.L. / Di Salvo, J. / Thomas-Fowlkes, B. / Guo, Y. / Hall, D.L. / Hadix, J. / Hastings, N.B. / Hermes, ...著者: Lu, J. / Byrne, N. / Wang, J. / Bricogne, G. / Brown, F.K. / Chobanian, H.R. / Colletti, S.L. / Di Salvo, J. / Thomas-Fowlkes, B. / Guo, Y. / Hall, D.L. / Hadix, J. / Hastings, N.B. / Hermes, J.D. / Ho, T. / Howard, A.D. / Josien, H. / Kornienko, M. / Lumb, K.J. / Miller, M.W. / Patel, S.B. / Pio, B. / Plummer, C.W. / Sherborne, B.S. / Sheth, P. / Souza, S. / Tummala, S. / Vonrhein, C. / Webb, M. / Allen, S.J. / Johnston, J.M. / Weinglass, A.B. / Sharma, S. / Soisson, S.M.
履歴
登録2016年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Free fatty acid receptor 1,Endolysin,Free fatty acid receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,07814
ポリマ－53,1021
非ポリマー3,97613
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area21930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.620, 62.600, 106.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Free fatty acid receptor 1,Endolysin,Free fatty acid receptor 1 / G-protein coupled receptor 40 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 53102.188 Da / 分子数: 1
変異: L42A, F88A, G103A, Y202F, R1012G, C1054T, C1097A, I1137R
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: FFAR1, GPR40
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf21 / 参照: UniProt: O14842, UniProt: P00720, lysozyme

-
非ポリマー , 6種, 75分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-MK6 / (5aR,6S,6aS)-3-({2',6'-dimethyl-4'-[3-(methylsulfonyl)propoxy][1,1'-biphenyl]-3-yl}methoxy)-5,5a,6,6a-tetrahydrocyclopropa[4,5]cyclopenta[1,2-c]pyridine-6-carboxylic acid


分子量: 521.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H31NO6S
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.7
詳細: 25-28%PEG 400, 0.2M sodium malonate, 0.1M Tris pH7.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 30519 / Biso Wilson estimate: 42.33 Å2
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / CC1/2: 0.788 / % possible all: 48.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
HKL-2000705データ削減
HKL-2000705データスケーリング
REFMAC5.8.0123位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4phu

4phu


解像度: 2.2→28.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.197 / SU Rfree Blow DPI: 0.167 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.173
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1177 3.86 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.201 30508 95.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 54.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.8286 Å20 Å2-7.5805 Å2
2---0.9712 Å20 Å2
3---16.7998 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→28.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3272 0 192 62 3526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013538HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14776HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1202SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes51HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes547HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_it3538HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.51
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion434SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4135SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 -3.42 %
Rwork0.212 2229 -
all0.215 2308 -
obs--74.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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