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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tzd | ||||||
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タイトル | Structure of the WT S. venezulae BldD-(CTD-c-di-GMP)2 assembly intermediate | ||||||
要素 | DNA-binding protein | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / BldD / assembly intermediate / antibiotics / c-di-GMP / Streptomyces | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces venezuelae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.749 Å | ||||||
データ登録者 | Schumacher, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017 タイトル: The Streptomyces master regulator BldD binds c-di-GMP sequentially to create a functional BldD2-(c-di-GMP)4 complex. 著者: Schumacher, M.A. / Zeng, W. / Findlay, K.C. / Buttner, M.J. / Brennan, R.G. / Tschowri, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5tzd.cif.gz | 197.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5tzd.ent.gz | 160.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5tzd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5tzd_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5tzd_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5tzd_validation.xml.gz | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5tzd_validation.cif.gz | 26.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/5tzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/5tzd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10175.426 Da / 分子数: 4 / 変異: L92M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア) 株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745 遺伝子: SVEN_1089 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2RCL8 #2: 化合物 | ChemComp-C2E / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.45 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 1500, 100 mM sodium acetate, pH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.038 |
反射 | 解像度: 1.749→93.827 Å / Num. obs: 31775 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 1.749→1.94 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 3808 / CC1/2: 0.978 / % possible all: 79.5 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5khd 解像度: 1.749→43.888 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.07
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.53 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / Bsol: 46.744 Å2 / ksol: 0.429 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 120.26 Å2 / Biso mean: 31.26 Å2 / Biso min: 5.01 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.749→43.888 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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