PDB-5tzd: Structure of the WT S. venezulae BldD-(CTD-c-di-GMP)2 assembly in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tzd

タイトル

Structure of the WT S. venezulae BldD-(CTD-c-di-GMP)2 assembly intermediate

要素

DNA-binding protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / BldD / assembly intermediate / antibiotics / c-di-GMP / Streptomyces

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces venezuelae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.749 Å

データ登録者

Schumacher, M.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: The Streptomyces master regulator BldD binds c-di-GMP sequentially to create a functional BldD2-(c-di-GMP)4 complex.
著者: Schumacher, M.A. / Zeng, W. / Findlay, K.C. / Buttner, M.J. / Brennan, R.G. / Tschowri, N.

履歴

登録	2016年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tzd.cif.gz	197.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tzd.ent.gz	160.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tzd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/5tzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/5tzd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tzfC 5tzgC 5khdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1myl-3 5tzf-2 5tzf-8 5ixl-3 5ixl-6 1rgw-d 4lb6-d 4nj6-5 3bzl-2 2a6r-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

登録構造単位

J: DNA-binding protein

B: DNA-binding protein

C: DNA-binding protein

A: DNA-binding protein

ヘテロ分子

43.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

J: DNA-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: DNA-binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: DNA-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.6 kDa, 1 ポリマー
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4

A: DNA-binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	108.300, 108.300, 49.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	DNA-binding protein 分子量: 10175.426 Da / 分子数: 4 / 変異: L92M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア) 株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745 遺伝子: SVEN_1089 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2RCL8
#2: 化合物	ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP 分子量: 690.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₄P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 1500, 100 mM sodium acetate, pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.038
反射	解像度: 1.749→93.827 Å / Num. obs: 31775 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.997 / R_sym value: 0.049 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.749→1.94 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.112 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 3808 / CC_1/2: 0.978 / % possible all: 79.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5khd

5khd

解像度: 1.749→43.888 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.07

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2396	2033	6.4 %
R_work	0.2074	-	-
obs	0.2151	31775	94.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.53 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / B_sol: 46.744 Å² / k_sol: 0.429 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 120.26 Å² / B_iso mean: 31.26 Å² / B_iso min: 5.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.0131 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.0131 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.0262 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.749→43.888 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2335	0	276	312	2923
B_iso mean	-	-	22.2	35.13	-
残基数	-	-	-	-	296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.024	2601
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.39	3573
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.448	416
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	434
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	38.816	1163

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7503-1.791	0.3121	105	0.2901	1480	1585	67
1.791-1.8358	0.3126	117	0.2729	1741	1858	77
1.8358-1.8854	0.3015	135	0.2641	1982	2117	89
1.8854-1.9409	0.5328	113	0.4255	1766	1879	80
1.9409-2.0036	0.2726	139	0.2492	2106	2245	94
2.0036-2.0752	0.3034	137	0.2317	2093	2230	94
2.0752-2.1583	0.2062	142	0.2281	2106	2248	94
2.1583-2.2565	0.3383	117	0.302	1815	1932	81
2.2565-2.3754	0.2368	138	0.2142	2026	2164	91
2.3754-2.5243	0.2655	142	0.2094	2109	2251	94
2.5243-2.7191	0.228	142	0.2108	2094	2236	94
2.7191-2.9927	0.2726	145	0.2032	2099	2244	94
2.9927-3.4256	0.1996	141	0.1782	2130	2271	94
3.4256-4.3153	0.174	142	0.1518	2095	2237	93
4.3153-43.9015	0.2494	139	0.1905	2113	2252	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0125	-0.0201	-0.0071	-0.0061	0.0122	-0.0314	0.1669	-0.0313	-0.0406	0.1344	-0.0991	0.1748	-0.2286	0.0334	-0	0.359	0.1006	0.0582	0.167	-0.0133	0.2753	-36.197	41.3366	3.601
2	0.011	-0.038	0.0211	0.0726	0.0106	0.0396	-0.0636	0.0751	0.341	0.0964	0.0751	0.048	0.316	-0.0186	0.0141	0.1088	0.0423	0.0805	0.0963	-0.0313	0.2591	-37.3272	34.9567	10.0541
3	0.0047	0.0448	0.0378	0.0297	0.0056	0.0043	-0.218	0.122	0.0806	-0.1441	0.1831	-0.1777	0.2446	-0.1	0	0.223	-0.0385	0.0767	0.1484	-0.0031	0.1546	-36.857	29.3486	-1.3754
4	-0.0014	-0.0032	-0.0014	0.0009	-0.0009	0.0011	0.125	-0.04	0.0278	-0.0488	0.1352	-0.1053	0.0474	0.0355	0	0.396	0.0219	0.0933	0.2658	0.1084	0.3423	-34.9249	38.9359	-5.4151
5	-0.0095	-0.0012	-0.0024	-0.0051	-0.0017	0.0415	-0.3051	-0.1347	-0.0422	0.0182	0.1147	0.1392	0.1569	-0.1658	0	0.1373	-0.0519	0.02	0.342	0.0083	0.2656	-54.4736	11.2359	6.9264
6	0.0483	0.0443	-0.0047	0.0097	0.0203	0.0679	0.0775	0.1071	-0.1218	-0.0552	-0.0362	0.2522	-0.0403	-0.004	0.0087	0.0877	0.0372	-0.0263	0.1761	-0.0269	0.2259	-50.0438	15.1598	0.2771
7	0.013	-0.0224	-0.0074	0.0131	-0.0463	0.0961	0.22	-0.2849	-0.0449	-0.1169	-0.1318	0.1828	-0.1105	0.2048	0.0024	0.0816	-0.0058	0.0661	0.1472	-0.0336	0.2123	-43.0525	20.1512	8.8085
8	0.0051	0.0018	-0.0051	0.0016	-0.0041	0.0145	0.0962	-0.1718	-0.02	0.2209	0.0312	0.2913	-0.3018	-0.2201	0	0.1995	-0.0033	0.0889	0.4759	0.0421	0.2475	-50.6206	15.7041	16.2738
9	0.0216	0.0111	-0.0162	0.0358	0.0639	0.0297	0.2528	-0.2915	-0.1608	0.1034	-0.1228	0.1176	-0.3898	0.3591	0.0082	0.1794	-0.0988	-0.0299	0.2744	-0.0233	0.1188	-9.4858	18.1774	18.6681
10	0.0947	0.0264	-0.0903	0.0272	-0.0635	0.0316	0.1386	0.0205	0.0574	0.0391	-0.0759	-0.0672	-0.0576	-0.059	0.0136	0.0708	-0.0066	0.037	0.0802	0.0218	0.1111	-13.4212	20.6107	10.507
11	-0.0074	-0.0068	-0.0254	0.0145	0.0163	0.0139	0.056	0.0555	0.0605	0.1853	-0.0258	0.012	0.1245	-0.1437	-0	0.0845	-0.009	-0.0074	0.0636	-0.009	0.0785	-20.8279	10.1992	11.8123
12	0.0179	-0.0086	-0.0034	0.0133	0.0111	0.061	0.2933	0.0206	-0.0609	0.4649	-0.1556	0.0853	0.0545	0.1071	0.0314	0.2041	-0.0363	0.0264	0.1124	-0.0039	0.071	-17.643	13.251	23.0668
13	0.0305	-0.0329	-0.0068	0.0354	0.001	0.0677	0.011	0.0254	0.267	0.1013	0.0374	-0.0907	0.4217	-0.0206	0.0093	0.1066	0.0414	0.0322	0.1164	-0.0195	0.0873	-18.9613	1.528	-5.8281
14	0.0193	-0.0169	0.0554	0.0476	-0.0801	0.0985	-0.0306	-0.0621	-0.1212	-0.0249	0.0857	-0.0249	-0.0449	-0.0385	0.0198	0.0664	-0.0007	0.0058	0.0648	0.012	0.0898	-26.2935	1.2891	3.2938
15	0.0527	-0.0121	-0.0543	-0.0142	0.0208	0.0863	-0.1004	-0.092	-0.0248	-0.0975	0.0205	-0.0281	-0.0137	-0.0735	-0.0308	0.0812	0.0238	-0.013	0.0766	-0.0025	0.1193	-28.0143	9.7978	-2.5611
16	0.059	0.0397	0.0273	0.0607	-0.0942	0.0614	-0.1321	0.0403	-0.0135	-0.0468	0.051	-0.0147	-0.0384	-0.0074	-0.0183	0.0566	-0.0192	-0.0038	0.0697	-0.0002	0.0627	-18.7161	11.5281	-7.8875

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 84:96)	A	84 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 97:120)	A	97 - 120
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 121:146)	A	121 - 146
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 147:158)	A	147 - 158
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 83:96)	B	83 - 96
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 97:122)	B	97 - 122
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 123:137)	B	123 - 137
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 138:158)	B	138 - 158
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 83:97)	C	83 - 97
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 98:126)	C	98 - 126
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 127:138)	C	127 - 138
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 139:158)	C	139 - 158
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain J and resid 84:99)	J	84 - 99
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain J and resid 100:119)	J	100 - 119
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain J and resid 120:130)	J	120 - 130
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain J and resid 131:158)	J	131 - 158

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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