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- PDB-5tzc: Crystal Structure of human PDE2a in complex with (5S)-1-[(3-bromo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tzc
タイトルCrystal Structure of human PDE2a in complex with (5S)-1-[(3-bromo-4-fluorophenyl)carbonyl]-3,3-difluoro-5-{5-methyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl}piperidine
要素cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / phosphodiesterase / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cGMP-mediated signaling / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of cAMP-mediated signaling / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / heart valve development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / negative regulation of vascular permeability ...regulation of cGMP-mediated signaling / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of cAMP-mediated signaling / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / heart valve development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / negative regulation of vascular permeability / regulation of mitochondrion organization / establishment of endothelial barrier / aorta development / cGMP-mediated signaling / ventricular septum development / 3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / TPR domain binding / cGMP catabolic process / phosphate ion binding / cGMP effects / monocyte differentiation / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / regulation of cAMP-mediated signaling / cAMP binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / cellular response to cAMP / cAMP-mediated signaling / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / synaptic membrane / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / cellular response to xenobiotic stimulus / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain ...Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7OJ / cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Xu, R. / Aertgeerts, K.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Design and Synthesis of Novel and Selective Phosphodiesterase 2 (PDE2a) Inhibitors for the Treatment of Memory Disorders.
著者: Gomez, L. / Massari, M.E. / Vickers, T. / Freestone, G. / Vernier, W. / Ly, K. / Xu, R. / McCarrick, M. / Marrone, T. / Metz, M. / Yan, Y.G. / Yoder, Z.W. / Lemus, R. / Broadbent, N.J. / ...著者: Gomez, L. / Massari, M.E. / Vickers, T. / Freestone, G. / Vernier, W. / Ly, K. / Xu, R. / McCarrick, M. / Marrone, T. / Metz, M. / Yan, Y.G. / Yoder, Z.W. / Lemus, R. / Broadbent, N.J. / Barido, R. / Warren, N. / Schmelzer, K. / Neul, D. / Lee, D. / Andersen, C.B. / Sebring, K. / Aertgeerts, K. / Zhou, X. / Tabatabaei, A. / Peters, M. / Breitenbucher, J.G.
履歴
登録2016年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
B: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
C: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
D: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,84816
ポリマ－160,6724
非ポリマー2,17612
水3,063170
1
A: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7124
ポリマ－40,1681
非ポリマー5443
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7124
ポリマ－40,1681
非ポリマー5443
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7124
ポリマ－40,1681
非ポリマー5443
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7124
ポリマ－40,1681
非ポリマー5443
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.850, 73.437, 91.322
Angle α, β, γ (deg.)109.600, 90.900, 91.240
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLUGLUAA576 - 9181 - 343
21SERSERGLUGLUBB576 - 9181 - 343
12METMETLEULEUAA578 - 9163 - 341
22METMETLEULEUCC578 - 9163 - 341
13TYRTYRLEULEUAA582 - 9167 - 341
23TYRTYRLEULEUDD582 - 9167 - 341
14METMETLEULEUBB578 - 9163 - 341
24METMETLEULEUCC578 - 9163 - 341
15TYRTYRLEULEUBB582 - 9167 - 341
25TYRTYRLEULEUDD582 - 9167 - 341
16TYRTYRLEULEUCC582 - 9167 - 341
26TYRTYRLEULEUDD582 - 9167 - 341

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase / Cyclic GMP-stimulated phosphodiesterase / cGSPDE


分子量: 40168.051 Da / 分子数: 4 / 断片: catalytic domain, UNP residues 323-663 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE2A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): baculovirus insect cell Hi5
参照: UniProt: O00408, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物
ChemComp-7OJ / (3-bromo-4-fluorophenyl)[(5S)-3,3-difluoro-5-(5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl)piperidin-1-yl]methanone


分子量: 454.244 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C18H15BrF3N5O
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.01 % / Mosaicity: 0.648 ° / Mosaicity esd: 0.01 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 / 詳細: 17-19% PEG3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris, pH 8.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9761 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9761 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 55551 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.098 / Rrim(I) all: 0.144 / Χ2: 1.052 / Net I/av σ(I): 7.958 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 116391
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.35-2.432.10.3970.767197.6
2.43-2.532.10.3630.791198
2.53-2.652.10.3040.844198.1
2.65-2.792.10.2510.728198.2
2.79-2.962.10.2010.907198.5
2.96-3.192.10.1410.959198.6
3.19-3.512.10.10.973198.7
3.51-4.022.10.0710.985198.9
4.02-5.0620.0470.994199.1
5.06-502.10.0390.997199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation8.48 Å46.77 Å
Translation8.48 Å46.77 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.36→46.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 17.305 / SU ML: 0.196 / SU R Cruickshank DPI: 0.6271 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.627 / ESU R Free: 0.27
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2401 2828 5.1 %RANDOM
Rwork0.2005 ---
obs0.2025 52721 98.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 137.48 Å2 / Biso mean: 30.215 Å2 / Biso min: 2.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.79 Å2-0.2 Å2-2.66 Å2
2--1.19 Å2-0.31 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.36→46.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11259 0 0 170 11429
Biso mean---19.11 -
残基数----1374
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01911587
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0210850
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.96115667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.264324985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.451378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.50123.833574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.973152078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1811569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213119
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.022830
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A208540.1
12B208540.1
21A210170.08
22C210170.08
31A205940.09
32D205940.09
41B206570.1
42C206570.1
51B204950.09
52D204950.09
61C208320.07
62D208320.07
LS精密化 シェル解像度: 2.356→2.417 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 184 -
Rwork0.271 3787 -
all-3971 -
obs--94.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.288-0.1110.23530.23470.03690.3177-0.0119-0.0498-0.0006-0.00970.01740.0239-0.0146-0.0107-0.00550.02630.00490.02180.032-0.01540.03941.002-0.4030.844
20.49880.14260.17460.10270.05130.2750.01410.0657-0.01260.01220.0131-0.0259-0.0243-0.0136-0.02710.04030.0180.01410.02290.00090.034118.085-3.181-38.64
30.33040.01070.12410.1278-0.14280.50390.01010.0128-0.0647-0.03390.0057-0.0616-0.0152-0.0045-0.01580.02850.00980.01860.0159-0.0160.062245.268-37.508-37.547
40.4649-0.11070.15840.13670.15090.3835-0.0165-0.0883-0.06560.00540.03690.0244-0.0102-0.0107-0.02040.01260.00820.0250.02940.02250.052728.415-33.9033.142
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A576 - 918
2X-RAY DIFFRACTION1A1001 - 1003
3X-RAY DIFFRACTION1A1101 - 1147
4X-RAY DIFFRACTION2B576 - 918
5X-RAY DIFFRACTION2B1001 - 1003
6X-RAY DIFFRACTION2B1101 - 1148
7X-RAY DIFFRACTION3C578 - 917
8X-RAY DIFFRACTION3C1001 - 1003
9X-RAY DIFFRACTION3C1101 - 1138
10X-RAY DIFFRACTION4D582 - 917
11X-RAY DIFFRACTION4D1001 - 1003
12X-RAY DIFFRACTION4D1101 - 1137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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