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Yorodumi- PDB-6c7i: Crystal structure of human phosphodiesterase 2A with 1-(2-chloro-... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6c7i | ||||||
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Title | Crystal structure of human phosphodiesterase 2A with 1-(2-chloro-5-methoxy-phenyl)-N-isobutyl-4-methyl-[1,2,4]triazolo[4,3-a]quinoxaline-8-carboxamide | ||||||
Components | cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / phosphodiesterase | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of cGMP-mediated signaling / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / heart valve development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / negative regulation of vascular permeability / establishment of endothelial barrier ...regulation of cGMP-mediated signaling / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / heart valve development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / negative regulation of vascular permeability / establishment of endothelial barrier / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of mitochondrion organization / aorta development / ventricular septum development / cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / TPR domain binding / cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / phosphate ion binding / cGMP effects / monocyte differentiation / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / regulation of cAMP-mediated signaling / cAMP binding / cellular response to cAMP / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / cAMP-mediated signaling / synaptic membrane / positive regulation of inflammatory response / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to xenobiotic stimulus / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.713 Å | ||||||
Authors | Xu, R. / Aertgeerts, K. | ||||||
Citation | Journal: J. Med. Chem. / Year: 2018 Title: Mathematical and Structural Characterization of Strong Nonadditive Structure-Activity Relationship Caused by Protein Conformational Changes. Authors: Gomez, L. / Xu, R. / Sinko, W. / Selfridge, B. / Vernier, W. / Ly, K. / Truong, R. / Metz, M. / Marrone, T. / Sebring, K. / Yan, Y. / Appleton, B. / Aertgeerts, K. / Massari, M.E. / Breitenbucher, J.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6c7i.cif.gz | 580.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6c7i.ent.gz | 478.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6c7i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6c7i_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6c7i_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 6c7i_validation.xml.gz | 58.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6c7i_validation.cif.gz | 84 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/6c7i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/6c7i | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39909.824 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: phosphodiesterase 2A (UNP residues 323-661) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PDE2A / Plasmid: pFastbac-HT / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / Strain (production host): Sf9 References: UniProt: O00408, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase #2: Chemical | ChemComp-EP7 / #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.58 % / Mosaicity: 0.714 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.4 Details: 17-19% PEG3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 0.97741 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 19, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97741 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.71→50 Å / Num. obs: 140601 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 20.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 11.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 1.9 %
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.713→47.395 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 22.27
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 117.71 Å2 / Biso mean: 28.0838 Å2 / Biso min: 8.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.713→47.395 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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