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Yorodumi- PDB-5tz3: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 2A IN COMPLEX with [... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5tz3 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 2A IN COMPLEX with [1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl}-N-(naphthalene-2-yl)piperidine-3-carboxamide | ||||||
Components | cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase | ||||||
Keywords | Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / phosphodiesterase / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology information: / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / heart valve development / positive regulation of vascular permeability / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / negative regulation of vascular permeability / establishment of endothelial barrier ...: / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / heart valve development / positive regulation of vascular permeability / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / negative regulation of vascular permeability / establishment of endothelial barrier / regulation of mitochondrion organization / : / 3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / aorta development / ventricular septum development / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of receptor guanylyl cyclase signaling pathway / cGMP catabolic process / cGMP effects / phosphate ion binding / TPR domain binding / cGMP binding / monocyte differentiation / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / : / cAMP binding / synaptic membrane / cellular response to cAMP / cellular response to mechanical stimulus / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of inflammatory response / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.72 Å | ||||||
Authors | Xu, R. / Aertgeerts, K. | ||||||
Citation | Journal: J. Med. Chem. / Year: 2017Title: Design and Synthesis of Novel and Selective Phosphodiesterase 2 (PDE2a) Inhibitors for the Treatment of Memory Disorders. Authors: Gomez, L. / Massari, M.E. / Vickers, T. / Freestone, G. / Vernier, W. / Ly, K. / Xu, R. / McCarrick, M. / Marrone, T. / Metz, M. / Yan, Y.G. / Yoder, Z.W. / Lemus, R. / Broadbent, N.J. / ...Authors: Gomez, L. / Massari, M.E. / Vickers, T. / Freestone, G. / Vernier, W. / Ly, K. / Xu, R. / McCarrick, M. / Marrone, T. / Metz, M. / Yan, Y.G. / Yoder, Z.W. / Lemus, R. / Broadbent, N.J. / Barido, R. / Warren, N. / Schmelzer, K. / Neul, D. / Lee, D. / Andersen, C.B. / Sebring, K. / Aertgeerts, K. / Zhou, X. / Tabatabaei, A. / Peters, M. / Breitenbucher, J.G. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5tz3.cif.gz | 571.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5tz3.ent.gz | 471.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5tz3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5tz3_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5tz3_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
| Data in XML | 5tz3_validation.xml.gz | 55.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 5tz3_validation.cif.gz | 78.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/5tz3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/5tz3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5tzaC ![]() 5tzcC ![]() 5tzhC ![]() 5tzwC ![]() 5tzxC ![]() 5tzzC ![]() 5u00C C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 40168.051 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: catalytic domain, UNP residues 323-663 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PDE2A / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / Strain (production host): Hi5References: UniProt: O00408, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase #2: Chemical | ChemComp-7OM / ( #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.52 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.4 / Details: 17-19% PEG3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris, pH 8.4 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 0.97741 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 11, 2016 |
| Radiation | Monochromator: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97741 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.64→68.653 Å / Num. obs: 135819 / % possible obs: 89.9 % / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 18.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 10.1 |
| Reflection shell | Resolution: 1.64→1.68 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / % possible all: 50.3 |
-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.72→68.653 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 27.36
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 110.76 Å2 / Biso mean: 29.443 Å2 / Biso min: 9.01 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.72→68.653 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Citation


















PDBj






Trichoplusia ni (cabbage looper)



