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- PDB-5tyh: PglD from Campylobacter jejuni NCTC 11168 in complex with 5-(2-fu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tyh
タイトルPglD from Campylobacter jejuni NCTC 11168 in complex with 5-(2-furanyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid
要素UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / Acetyltransferase Bacterial N-glycan biosynthesis Inhibitor Fragment-based discovery / TRANSFERASE / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase / protein N-linked glycosylation via asparagine / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Sialic acid O-acyltransferase NeuD-like / PglD, N-terminal / PglD N-terminal domain / : / Rossmann fold - #20 / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid ...Sialic acid O-acyltransferase NeuD-like / PglD, N-terminal / PglD N-terminal domain / : / Rossmann fold - #20 / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(furan-2-yl)-1H-pyrazole-5-carboxylic acid / UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Morrison, J.P. / Imperiali, B.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Targeting Bacillosamine Biosynthesis in Bacterial Pathogens: Development of Inhibitors to a Bacterial Amino-Sugar Acetyltransferase from Campylobacter jejuni.
著者: De Schutter, J.W. / Morrison, J.P. / Morrison, M.J. / Ciulli, A. / Imperiali, B.
履歴
登録2016年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7463
ポリマ－21,3901
非ポリマー3562
水1,33374
1
A: UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2399
ポリマ－64,1703
非ポリマー1,0696
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area6810 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area21540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.726, 86.726, 65.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase / Protein glycosylation D / UDP-4-amino-4 / 6-dideoxy-N-acetyl-alpha-D-glucosamine N-acetyltransferase


分子量: 21389.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: pglD, Cj1123c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3)
参照: UniProt: Q0P9D1, UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-7O4 / 3-(furan-2-yl)-1H-pyrazole-5-carboxylic acid / 5-(2-フリル)-1H-ピラゾ-ル-3-カルボン酸


分子量: 178.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H6N2O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: pH 4.5, 0.1 mM sodium acetate, 1.9 M ammonium sulphate, 22 C

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 16473 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 2.102→2.155 Å / Rmerge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 83.11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOLREP位相決定
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NPO

2npo


解像度: 2.1→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.58 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2411 810 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.19823 15234 98.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.668 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20.26 Å20 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1384 0 26 74 1484
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221432
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6991.9861927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1295182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.63725.250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.67815253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.832153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9931.5908
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.93721455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1883524
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4244.5472
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.102→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 56 -
Rwork0.293 923 -
obs--83.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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