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- PDB-5txc: AtxE2 Isopeptidase - APO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5txc
タイトルAtxE2 Isopeptidase - APO
要素AtxE2
キーワードHYDROLASE / Lasso Peptide / Isopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Lasso peptide isopeptidase AtxE2
類似検索 - 構成要素
生物種Asticcacaulis excentricus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Chekan, J.R. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2016
タイトル: Structure of the Lasso Peptide Isopeptidase Identifies a Topology for Processing Threaded Substrates.
著者: Chekan, J.R. / Koos, J.D. / Zong, C. / Maksimov, M.O. / Link, A.J. / Nair, S.K.
履歴
登録2016年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AtxE2
B: AtxE2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,4002
ポリマ－157,4002
非ポリマー00
水10,178565
1
A: AtxE2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7001
ポリマ－78,7001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AtxE2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7001
ポリマ－78,7001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area51950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.492, 201.742, 109.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-927-

HOH

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要素

#1: タンパク質 AtxE2


分子量: 78699.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Asticcacaulis excentricus (strain ATCC 15261 / DSM 4724 / VKM B-1370 / CB 48) (バクテリア)
株: ATCC 15261 / DSM 4724 / VKM B-1370 / CB 48 / 遺伝子: Astex_2444 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: E8RUP5, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.25 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 21% PEG3350, 0.4 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月23日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 64978 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.138 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.749 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 83.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.401→49.716 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2364 3164 5.07 %
Rwork0.1943 --
obs0.1965 62464 96.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.401→49.716 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10316 0 0 565 10881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810576
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07614426
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.626376
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631578
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071906
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4014-2.43730.3694760.29671681X-RAY DIFFRACTION63
2.4373-2.47540.30281120.27662111X-RAY DIFFRACTION79
2.4754-2.5160.29951250.25682266X-RAY DIFFRACTION86
2.516-2.55930.33751290.2512430X-RAY DIFFRACTION92
2.5593-2.60590.28041530.2482562X-RAY DIFFRACTION97
2.6059-2.6560.32551430.24152630X-RAY DIFFRACTION99
2.656-2.71020.29471390.24062628X-RAY DIFFRACTION100
2.7102-2.76910.28291340.23472664X-RAY DIFFRACTION100
2.7691-2.83350.29921250.23412678X-RAY DIFFRACTION100
2.8335-2.90440.27711590.2372639X-RAY DIFFRACTION100
2.9044-2.98290.2821280.23492680X-RAY DIFFRACTION100
2.9829-3.07070.28471470.232682X-RAY DIFFRACTION100
3.0707-3.16980.26241160.22792662X-RAY DIFFRACTION100
3.1698-3.2830.26121370.2212676X-RAY DIFFRACTION100
3.283-3.41450.24311450.21392702X-RAY DIFFRACTION100
3.4145-3.56980.23331440.19722657X-RAY DIFFRACTION100
3.5698-3.7580.24681550.19392687X-RAY DIFFRACTION100
3.758-3.99330.22021630.18232647X-RAY DIFFRACTION100
3.9933-4.30150.21161440.16272707X-RAY DIFFRACTION100
4.3015-4.73410.1851590.14332699X-RAY DIFFRACTION100
4.7341-5.41840.18461420.14642704X-RAY DIFFRACTION100
5.4184-6.82380.20451510.16922713X-RAY DIFFRACTION99
6.8238-49.72630.18021380.15172795X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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