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- PDB-5twh: human MOB1A bound to MST1 phosphorylated T367 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5twh
タイトルhuman MOB1A bound to MST1 phosphorylated T367 peptide
要素
  • MOB kinase activator 1A
  • T367 peptide
キーワードSIGNALING PROTEIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hepatocyte apoptotic process / cell differentiation involved in embryonic placenta development / regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / primitive hemopoiesis / neural tube formation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / endocardium development / negative regulation of organ growth / hippo signaling ...positive regulation of hepatocyte apoptotic process / cell differentiation involved in embryonic placenta development / regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / primitive hemopoiesis / neural tube formation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / endocardium development / negative regulation of organ growth / hippo signaling / Signaling by Hippo / organ growth / branching involved in blood vessel morphogenesis / hepatocyte apoptotic process / protein kinase activator activity / regulation of MAPK cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of fat cell differentiation / canonical Wnt signaling pathway / keratinocyte differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / epithelial cell proliferation / central nervous system development / protein tetramerization / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / protein import into nucleus / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of protein binding / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / peptidyl-serine phosphorylation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / protein autophosphorylation / nuclear body / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / magnesium ion binding / signal transduction / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
MOB kinase activator / Mst1 SARAH domain / C terminal SARAH domain of Mst1 / MOB kinase activator family / MOB kinase activator superfamily / Mob1/phocein family / Mob1/phocein family / SARAH domain / SARAH domain profile. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 ...MOB kinase activator / Mst1 SARAH domain / C terminal SARAH domain of Mst1 / MOB kinase activator family / MOB kinase activator superfamily / Mob1/phocein family / Mob1/phocein family / SARAH domain / SARAH domain profile. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / p53-like tetramerisation domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase 4 / MOB kinase activator 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Xiong, S. / Sicheri, F.
引用ジャーナル: Mol. Cell Proteomics / 年: 2017
タイトル: MOB1 Mediated Phospho-recognition in the Core Mammalian Hippo Pathway.
著者: Couzens, A.L. / Xiong, S. / Knight, J.D.R. / Mao, D.Y. / Guettler, S. / Picaud, S. / Kurinov, I. / Filippakopoulos, P. / Sicheri, F. / Gingras, A.C.
履歴
登録2016年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOB kinase activator 1A
E: T367 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0763
ポリマ－27,0112
非ポリマー651
水39622
1
A: MOB kinase activator 1A
E: T367 peptide
ヘテロ分子

A: MOB kinase activator 1A
E: T367 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1526
ポリマ－54,0214
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area4500 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area17710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.986, 60.986, 138.486
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MOB kinase activator 1A / Mob1 alpha / Mob1A / Mob1 homolog 1B / Mps one binder kinase activator-like 1B


分子量: 25111.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MOB1A, C2orf6, MOB4B, MOBK1B, MOBKL1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H8S9
#2: タンパク質・ペプチド T367 peptide


分子量: 1898.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13043*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M LiCl and 20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→56 Å / Num. obs: 16434 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 30

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.5→26.997 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 455 4.81 %
Rwork0.2283 --
obs0.2298 9451 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→26.997 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1556 0 1 22 1579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051597
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7952177
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.672930
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005279
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5002-2.86160.33571530.27242828X-RAY DIFFRACTION95
2.8616-3.60390.27561460.26562997X-RAY DIFFRACTION99
3.6039-26.99890.23361560.20273171X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0005-0.324-1.44938.1686-2.33956.10820.0681-0.23230.09060.8211-0.2883-0.1649-0.38620.1410.27650.3991-0.1197-0.08070.3739-0.03740.336423.542840.471442.9249
23.08231.07920.37923.8077-0.37814.9059-0.45680.08240.32670.1905-0.19390.48260.0506-0.20880.18730.3225-0.0250.06790.32150.02730.392612.793236.175739.4364
30.19190.5463-0.88452.2719-3.60875.7477-0.18540.3867-0.2104-0.33170.21780.71450.7092-0.9433-0.05920.6694-0.3973-0.0141.1035-0.12590.69230.012424.552224.889
41.88211.6973-0.32594.6208-0.10763.16770.11760.3641-0.6144-0.020.1250.76711.1769-0.86540.02670.807-0.27820.01310.6494-0.10010.67341.922916.916536.6466
50.9866-1.29531.16775.5141.60434.0158-0.55650.218-0.60710.52250.15410.79540.2152-1.0457-0.03240.7748-0.35750.17521.1653-0.12150.9777-7.243826.77142.5778
66.52672.2314-1.23591.0769-0.44690.6791-0.26530.11790.3933-0.0997-0.11931.04490.1452-1.0268-0.26950.4658-0.10750.10840.7174-0.01840.7136-0.181233.684438.7557
70.0332-0.5083-0.34288.93065.65573.65910.0177-0.36350.13650.58920.13420.6671-0.5039-0.41710.25040.68330.02110.190.541-0.07710.62416.561146.405649.4914
83.12850.6502-0.27414.27870.15654.85-0.10670.1967-0.35490.4006-0.04070.27420.9115-0.45610.20750.3902-0.10650.11620.3064-0.02350.435112.391727.545739.8153
90.13350.10220.40550.08450.31851.2271-0.143-0.2616-0.4781.4403-0.11280.3771.0845-0.28550.00231.0634-0.00470.3989-0.2735-0.16720.734216.594916.828238.5247
102.7726-3.86583.43955.3908-4.79754.2695-0.373-1.5935-0.12941.845-0.7641-0.8845-1.0151.12621.0541.0688-0.2752-0.21071.59060.11750.98390.116813.992542.0997
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 52 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 53 through 74 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 75 through 86 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 87 through 95 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 96 through 110 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 111 through 126 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 127 through 136 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 137 through 201 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 202 through 211 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 6 through 9 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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