PDB-5twb: Oxidoreductase IruO in the reduced form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5twb

タイトル

Oxidoreductase IruO in the reduced form

要素

Ferredoxin--NADP reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / siderophore / iron / flavin adenine dinucleotide

機能・相同性

機能・相同性情報

ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.822 Å

データ登録者

Kobylarz, M.J. / Heieis, G.A. / Loutet, S.A. / Murphy, M.E.P.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Iron Uptake Oxidoreductase (IruO) Uses a Flavin Adenine Dinucleotide Semiquinone Intermediate for Iron-Siderophore Reduction.
著者: Kobylarz, M.J. / Heieis, G.A. / Loutet, S.A. / Murphy, M.E.P.

履歴

登録	2016年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5twb.cif.gz	158.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5twb.ent.gz	123.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5twb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5twb_validation.pdf.gz	757.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5twb_full_validation.pdf.gz	759.5 KB	表示
XML形式データ	5twb_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	5twb_validation.cif.gz	25.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/5twb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/5twb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5twcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gar-d 1xlt-2 1u2g-d 1xlt-3 4m62-2 2h64-1 1u28-d 6rkg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Ferredoxin--NADP reductase

ヘテロ分子

39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferredoxin--NADP reductase

ヘテロ分子

A: Ferredoxin--NADP reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.170, 43.600, 51.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.44, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-567- HOH
2	1	A-619- HOH
3	1	A-628- HOH
4	1	A-756- HOH

#1: タンパク質	Ferredoxin--NADP reductase / Fd-NADP(+) reductase 分子量: 38288.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain USA300) (黄色ブドウ球菌) 株: USA300 / 遺伝子: SAUSA300_2319 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2FEC4, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium acetate and 8-11% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97624 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→44.07 Å / Num. obs: 60420 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 8.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.822→41.715 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.55 / 位相誤差: 27.47

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2269	3034	5.02 %
R_work	0.1885	-	-
obs	0.1905	60420	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.822→41.715 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2691	0	59	263	3013

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2839
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.847	3852
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.332	1046
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	431
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	485

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8221-1.8505	0.3702	143	0.3145	2474	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8505-1.8809	0.3366	117	0.3061	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8809-1.9133	0.3121	148	0.2839	2604	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9133-1.9481	0.3531	126	0.2674	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9481-1.9856	0.3045	152	0.269	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9856-2.0261	0.2739	143	0.243	2572	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0261-2.0701	0.2944	118	0.2376	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0701-2.1183	0.2208	119	0.2228	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1183-2.1713	0.2891	141	0.2093	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1713-2.23	0.2612	154	0.1961	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.2956	0.2865	131	0.196	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2956-2.3697	0.2642	134	0.1967	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3697-2.4544	0.2538	129	0.1969	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4544-2.5526	0.3041	127	0.1953	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5526-2.6688	0.2398	143	0.1969	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6688-2.8094	0.2249	155	0.1957	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8094-2.9854	0.2374	171	0.1959	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9854-3.2158	0.2501	119	0.1892	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2158-3.5393	0.2078	144	0.171	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5393-4.0511	0.1906	121	0.1574	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0511-5.1025	0.1604	147	0.1273	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1025-41.7256	0.1477	152	0.1559	2598	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2842	-0.2073	-0.6585	0.7337	0.3424	1.1219	-0.0326	-0.3061	-0.3591	0.0502	0.0106	0.157	0.0245	-0.0759	-0.0045	0.1605	0.0045	-0.0253	0.4897	0.0462	0.2276	61.1609	14.1506	32.6426
2	3.5365	-0.2579	0.4836	2.472	0.0765	1.8628	0.0743	-0.0121	0.0489	0.0721	-0.1305	-0.1689	-0.0128	0.0504	0.0558	0.1705	-0.028	-0.0308	0.4878	0.0311	0.199	48.3151	-0.1	8.2294
3	1.7561	-0.6503	-0.6999	2.4736	0.1916	0.8491	-0.0084	-0.3844	0.098	0.0652	0.1236	-0.0572	-0.0752	-0.0659	-0.0701	0.1553	-0.0293	-0.0132	0.5547	-0.0168	0.1536	71.6694	21.0548	33.9197

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 130 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 131 through 248 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 249 through 344 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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