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- PDB-5tvz: Solution NMR structure of Saccharomyces cerevisiae Pom152 Ig-like... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tvz
タイトルSolution NMR structure of Saccharomyces cerevisiae Pom152 Ig-like repeat, residues 718-820
要素Nucleoporin POM152
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Nuclear Pore Complex / Ig-like fold / nuclear envelope membrane / cadherin like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore transmembrane ring / spindle pole body duplication / nuclear pore organization / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / nuclear envelope lumen / mRNA transport / nuclear pore / protein-membrane adaptor activity / nuclear periphery ...nuclear pore transmembrane ring / spindle pole body duplication / nuclear pore organization / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / nuclear envelope lumen / mRNA transport / nuclear pore / protein-membrane adaptor activity / nuclear periphery / cell periphery / protein import into nucleus / nuclear envelope / nuclear membrane / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin POM152
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Dutta, K. / Sampathkumar, P. / Cowburn, D. / Almo, S.C. / Rout, M.P. / Fernandez-Martinez, J.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM112108 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM109824 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM103511 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM 117212 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM074945 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM094662 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Molecular Architecture of the Major Membrane Ring Component of the Nuclear Pore Complex.
著者: Paula Upla / Seung Joong Kim / Parthasarathy Sampathkumar / Kaushik Dutta / Sean M Cahill / Ilan E Chemmama / Rosemary Williams / Jeffrey B Bonanno / William J Rice / David L Stokes / David ...著者: Paula Upla / Seung Joong Kim / Parthasarathy Sampathkumar / Kaushik Dutta / Sean M Cahill / Ilan E Chemmama / Rosemary Williams / Jeffrey B Bonanno / William J Rice / David L Stokes / David Cowburn / Steven C Almo / Andrej Sali / Michael P Rout / Javier Fernandez-Martinez /
要旨: The membrane ring that equatorially circumscribes the nuclear pore complex (NPC) in the perinuclear lumen of the nuclear envelope is composed largely of Pom152 in yeast and its ortholog Nup210 (or ...The membrane ring that equatorially circumscribes the nuclear pore complex (NPC) in the perinuclear lumen of the nuclear envelope is composed largely of Pom152 in yeast and its ortholog Nup210 (or Gp210) in vertebrates. Here, we have used a combination of negative-stain electron microscopy, nuclear magnetic resonance, and small-angle X-ray scattering methods to determine an integrative structure of the ∼120 kDa luminal domain of Pom152. Our structural analysis reveals that the luminal domain is formed by a flexible string-of-pearls arrangement of nine repetitive cadherin-like Ig-like domains, indicating an evolutionary connection between NPCs and the cell adhesion machinery. The 16 copies of Pom152 known to be present in the yeast NPC are long enough to form the observed membrane ring, suggesting how interactions between Pom152 molecules help establish and maintain the NPC architecture.
履歴
登録2016年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin POM152


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7421
ポリマ－12,7421
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 2048structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Nucleoporin POM152 / Nuclear pore protein POM152 / P150 / Pore membrane protein POM152


分子量: 12741.649 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 718-820 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Nuclear Pore Complex Assembly: Pore membrane protein (POM)
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: POM152 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlusRIL / 参照: UniProt: P39685

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13d HN(CA)CO
141isotropic33D HNCA
151isotropic33D HN(CO)CA
161isotropic33D HN(CA)CB
172isotropic13D CBCA(CO)NH
182isotropic23D HBHA(CO)NH
192isotropic23D 1H-15N NOESY
1103isotropic13D H(CCO)NH
1114isotropic13D C(CO)NH
1125isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
1135isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1145isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1155isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
1165isotropic33D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1235 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] POM152, 90% H2O/10% D2O10mM Hepes, 150mM NaCl, pH=6.8, 1mM DTTcn-15152a14p290% H2O/10% D2O
solution2402 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] POM152, 90% H2O/10% D2O10mM Hepes, 150mM NaCl, pH=6.8, 1mM DTTcn-15152a14p290% H2O/10% D2O
solution3300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] POM152, 90% H2O/10% D2O10mM Hepes, 150mM NaCl, pH=6.8, 1mM DTTcn-15152a14p290% H2O/10% D2O
solution41.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] POM152, 90% H2O/10% D2O10mM Hepes, 150mM NaCl, pH=6.8, NO DTTcn-15152a14p290% H2O/10% D2O
solution5324 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] POM152, 100% D2O10mM Hepes, 150mM NaCl, pH=6.8, 1mM DTTcnD-15152a14p2100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
235 uMPOM152[U-100% 13C; U-100% 15N]1
402 uMPOM152[U-100% 13C; U-100% 15N]2
300 uMPOM152[U-100% 13C; U-100% 15N]3
1.2 mMPOM152[U-100% 13C; U-100% 15N]4
324 uMPOM152[U-100% 13C; U-100% 15N]5
試料状態詳細: 10mM Hepes, 150mM NaCl, pH=6.8, 1mM DTT / イオン強度: 160 mM / Label: condition_1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Bruker DRXBrukerDRX9003

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 2048 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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