PDB-5tvy: Computationally Designed Fentanyl Binder - Fen49

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tvy

タイトル

Computationally Designed Fentanyl Binder - Fen49

要素

Endo-1,4-beta-xylanase A

キーワード

HYDROLASE / Computational Design / Fentanyl

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1 Å

データ登録者

Bick, M.J. / Greisen, P.J. / Morey, K.J. / Antunes, M.S. / La, D. / Sankaran, B. / Reymond, L. / Johnsson, K. / Medford, J.I. / Baker, D.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	5F32CA171572-03	米国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)	HDTRA1-13-1-0054	米国
Life Sciences Discovery Fund	9598385	米国

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Computational design of environmental sensors for the potent opioid fentanyl.
著者: Bick, M.J. / Greisen, P.J. / Morey, K.J. / Antunes, M.S. / La, D. / Sankaran, B. / Reymond, L. / Johnsson, K. / Medford, J.I. / Baker, D.

履歴

登録	2016年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tvy.cif.gz	259 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tvy.ent.gz	214.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tvy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tvy_validation.pdf.gz	728.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tvy_full_validation.pdf.gz	727.1 KB	表示
XML形式データ	5tvy_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	5tvy_validation.cif.gz	36.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tvy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tvy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tvvC 5tzoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ct4-2 5tvv-2 1hv1-d 6nkq-4 2qs9-2 3uew-d 1isp-d 3blg-d 3uex-d 1bsy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Endo-1,4-beta-xylanase A

B: Endo-1,4-beta-xylanase A

ヘテロ分子

42 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endo-1,4-beta-xylanase A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endo-1,4-beta-xylanase A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.380, 79.568, 54.459
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.380, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endo-1,4-beta-xylanase A / Xylanase A / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase A 分子量: 20525.346 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-213 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: xynA, BSU18840 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18429, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物	ChemComp-XPE / 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL / DECAETHYLENE GLYCOL / デカエチレングリコ-ル分子量: 458.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₄₂O₁₁ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 624 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.13 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 1ul of protein at 20mg/ml mixed with 1ul of mother liquor, plus 0.2ul of a seed stock made from a previous crystallization drop. Crystallization condition is 0.1M Citric Acid pH 3.5, 25% PEG 3350. Temp details: Temperature Controlled Crystal Incubator

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen Cryo Stream

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.75141 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月11日

放射

モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.75141 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1→44.333 Å / Num. obs: 181340 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 8.14 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/av σ(I): 21 / Net I/σ(I): 6.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1-1.02	3.7	0.973	0.89	0.557	1	99.9
1.02-1.04	4.1	0.793	1.22	0.681	1	100
1.04-1.06	4.4	0.682	1.53	0.754	1	100
1.06-1.08	4.5	0.528	2	0.839	1	100
1.08-1.1	4.5	0.425	2.63	0.882	1	100
1.1-1.13	4.5	0.337	3.44	0.929	1	100
1.13-1.15	4.5	0.284	4.06	0.948	1	100
1.15-1.19	4.5	0.253	4.8	0.955	1	100
1.19-1.22	4.5	0.227	5.2	0.961	1	100
1.22-1.26	4.5	0.202	6.29	0.968	1	100
1.26-1.3	4.6	0.18	6.71	0.976	1	100
1.3-1.36	4.6	0.154	8.15	0.981	1	100
1.36-1.42	4.6	0.129	9.69	0.986	1	100
1.42-1.49	4.6	0.106	12.3	0.99	1	100
1.49-1.59	4.6	0.089	16.46	0.993	1	100
1.59-1.71	4.6	0.078	20.07	0.993	1	100
1.71-1.88	4.6	0.064	26.35	0.995	1	100
1.88-2.15	4.5	0.045	36.77	0.997	1	100
2.15-2.71	4.6	0.034	41.58	0.998	1	100
2.71-50	4.7	0.023	54.12	0.999	1	100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.04 Å	19.29 Å
Translation	1.04 Å	19.29 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000	v708c	データ削減
HKL-2000	v708c	データスケーリング
PHASER	2.7.0	位相決定
Coot	0.8.2	モデル構築
PHENIX	dev_2841	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL		データ削減
HKL		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Fen49 Computational Design, with residues 63, 85-95 and 116-122 removed

解像度: 1→44.333 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 10.88
詳細: Interative rounds of model building in Coot and refinement in Phenix. Refinement in real and reciprocal space, all-atom (except H) anisotropic ADP refinement, occupancy refinement. ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1215	2254	1.24 %
R_work	0.108	-	-
obs	0.1082	181281	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 53.62 Å² / B_iso mean: 13.2158 Å² / B_iso min: 4.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1→44.333 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2888	0	132	648	3668
B_iso mean	-	-	31.37	27.93	-
残基数	-	-	-	-	375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3352
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.058	4635
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	469
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	603
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.9	1118

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
0.9999-1.0216	0.25	140	0.2604	11115	11255	99
1.0216-1.0454	0.2347	140	0.2088	11139	11279	100
1.0454-1.0716	0.175	140	0.1734	11175	11315	100
1.0716-1.1005	0.1533	140	0.1478	11133	11273	100
1.1005-1.1329	0.1563	142	0.1264	11202	11344	100
1.1329-1.1695	0.1176	139	0.1078	11137	11276	100
1.1695-1.2113	0.1127	140	0.1	11180	11320	100
1.2113-1.2598	0.1202	141	0.0969	11204	11345	100
1.2598-1.3171	0.1303	141	0.0933	11156	11297	100
1.3171-1.3866	0.108	140	0.0886	11177	11317	100
1.3866-1.4735	0.1054	142	0.0826	11199	11341	100
1.4735-1.5872	0.1036	141	0.0801	11165	11306	100
1.5872-1.747	0.0978	141	0.0836	11260	11401	100
1.747-1.9998	0.0943	141	0.0875	11200	11341	100
1.9998-2.5195	0.1098	142	0.1004	11246	11388	100
2.5195-44.3769	0.1275	144	0.1178	11339	11483	100

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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