PDB-5tvv: Computationally Designed Fentanyl Binder - Fen49* Apo

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tvv

タイトル

Computationally Designed Fentanyl Binder - Fen49* Apo

要素

Endo-1,4-beta-xylanase A

キーワード

HYDROLASE / Fentanyl Binder / Computational Design

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Bick, M.J. / Greisen, P.J. / Morey, K.J. / Antunes, A.S. / La, D. / Sankaran, B. / Reymond, L. / Johnsson, K. / Medford, J.I. / Baker, D.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	5F32CA171572-03	米国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)	HDTRA1-11-1-0041	米国
Life Sciences Discovery Fund	9598385	米国

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Computational design of environmental sensors for the potent opioid fentanyl.
著者: Bick, M.J. / Greisen, P.J. / Morey, K.J. / Antunes, M.S. / La, D. / Sankaran, B. / Reymond, L. / Johnsson, K. / Medford, J.I. / Baker, D.

履歴

登録	2016年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tvv.cif.gz	324.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tvv.ent.gz	267.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tvv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5tvv_validation.pdf.gz	452.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tvv_full_validation.pdf.gz	457.9 KB	表示
XML形式データ	5tvv_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	5tvv_validation.cif.gz	36.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tvv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tvv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tvyC 5tzoC 2qz3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4la3-2 1hv1-d 1xeb-7 1xnb-d 2f6b-1 3d8p-2 1xeb-1 1igo-1 1igo-2 3akt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Endo-1,4-beta-xylanase A

B: Endo-1,4-beta-xylanase A

C: Endo-1,4-beta-xylanase A

ヘテロ分子

61.4 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Endo-1,4-beta-xylanase A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Endo-1,4-beta-xylanase A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Endo-1,4-beta-xylanase A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	54.760, 73.259, 137.558
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Endo-1,4-beta-xylanase A / Xylanase A / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase A 分子量: 20433.248 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 30-213 / 変異: Y88A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: xynA, BSU18840 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18429, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.13 % 解説: Rod-like crystals with longest dimension of approximately 200 microns.
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.8M sodium phosphate, 0.8M potassium phosphate, 0.1M HEPES pH 7.5 Temp details: Temperature Stabilized Crystal Incubator

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen Cryo Stream

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.976246 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月9日

放射

モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976246 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.79→43.861 Å / Num. obs: 52362 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 18.53 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/av σ(I): 15.135 / Net I/σ(I): 13.528

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all	R_merge(I) obs
1.79-1.85	5.9	1.538	0.573	1	92.8
1.85-1.93	7.2	2.528	0.801	1	96.7	0.778
1.93-2.02	7.8	4.012	0.9	1	98.5	0.545
2.02-2.12	8	5.562	0.94	1	98.9	0.4
2.12-2.26	8	7.566	0.964	1	99.3	0.288
2.26-2.43	8.1	9.454	0.978	1	99.5	0.232
2.43-2.67	8.1	12.01	0.986	1	99.7	0.177
2.67-3.06	8.1	16.667	0.993	1	99.6	0.12
3.06-3.86	8.1	24.395	0.998	1	99.9	0.06
3.86-50	8.5	51.553	1	1	100	0.031

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.47 Å	43.86 Å
Translation	6.47 Å	43.86 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
Coot	0.8	モデル構築
PHENIX	dev_2313	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QZ3

2qz3

解像度: 1.79→43.861 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.79
詳細: Iterative rounds of model building in Coot and refinement in Phenix. Refinement parameters included real and reciprocal space, individual ADPs, Occupanices, Optimization of X-ray to ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2246	2660	5.09 %
R_work	0.2039	-	-
obs	0.2049	52283	98.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.76 Å² / B_iso mean: 28.507 Å² / B_iso min: 7.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.79→43.861 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4206	0	3	370	4579
B_iso mean	-	-	26.81	32.91	-
残基数	-	-	-	-	554

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4507
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.714	6218
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	654
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	794
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.702	2440

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7877-1.8202	0.2983	127	0.3248	2271	2398	87
1.8202-1.8552	0.2585	133	0.2905	2484	2617	95
1.8552-1.8931	0.2678	142	0.2626	2514	2656	96
1.8931-1.9343	0.2803	143	0.2452	2540	2683	98
1.9343-1.9793	0.2342	134	0.2195	2595	2729	98
1.9793-2.0288	0.2355	147	0.2309	2604	2751	99
2.0288-2.0836	0.2593	118	0.2281	2613	2731	99
2.0836-2.1449	0.2291	145	0.2171	2590	2735	99
2.1449-2.2142	0.228	135	0.2133	2600	2735	99
2.2142-2.2933	0.2711	142	0.2006	2648	2790	99
2.2933-2.3851	0.2495	130	0.1972	2619	2749	99
2.3851-2.4937	0.2513	129	0.2064	2649	2778	100
2.4937-2.6251	0.2619	118	0.2018	2667	2785	100
2.6251-2.7896	0.2312	163	0.1973	2634	2797	100
2.7896-3.0049	0.2116	157	0.1841	2633	2790	100
3.0049-3.3072	0.2166	133	0.1743	2685	2818	100
3.3072-3.7855	0.1635	161	0.1704	2679	2840	100
3.7855-4.7684	0.1795	160	0.1716	2722	2882	100
4.7684-43.8741	0.2647	143	0.2343	2876	3019	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9175	-1.2216	0.8093	3.696	-0.0721	3.6803	-0.2795	-0.4562	0.0191	0.2063	0.1995	0.2222	-0.0183	-0.4444	0.0242	0.1465	0.1046	-0.0107	0.2537	-0.0033	0.1747	-7.4266	-14.2785	-19.2916
2	2.0361	-1.1001	0.0867	1.7099	0.1097	1.8231	-0.2072	-0.3608	0.0899	0.1669	0.135	0.0397	-0.1683	-0.1803	0.0225	0.1209	0.055	-0.015	0.1778	-0.0167	0.1018	3.7368	-18.5591	-18.7112
3	1.3594	-2.2527	-0.4914	4.8708	-0.892	2.7132	-0.3291	-0.4173	-0.1837	0.4689	0.3497	0.3786	-0.0319	-0.2347	0.0325	0.2308	0.0577	-0.0027	0.2543	0.0453	0.1686	11.2092	-25.6495	-8.0892
4	4.646	2.7736	1.7977	7.3079	2.2869	3.2883	-0.0003	-0.7291	-0.2368	0.3632	-0.1622	-0.1008	0.118	-0.514	0.1138	0.1161	0.0516	0.0252	0.1865	0.0412	0.1048	9.9113	-28.56	-12.5559
5	1.8271	-1.314	0.0513	2.1442	-0.2498	1.1852	-0.0946	-0.41	-0.1455	0.1554	0.08	0.1498	-0.0416	-0.1855	0.0234	0.0913	0.0564	0.0268	0.202	0.0163	0.1301	3.3591	-25.441	-17.0045
6	3.5324	-1.9262	1.0637	3.0896	-0.3943	2.5064	-0.163	-0.0716	0.104	-0.208	0.0749	-0.2821	-0.2703	0.055	0.1135	0.0824	-0.0083	-0.0092	0.1298	-0.0045	0.1331	16.7345	-21.5387	-18.8739
7	2.045	-1.0209	-0.1235	2.1579	0.4893	1.1541	-0.1653	-0.2779	0.1061	0.1804	0.1385	0.0186	-0.0938	-0.2112	0.0104	0.1197	0.0497	-0.0153	0.1842	-0.0094	0.0974	2.0072	-18.4595	-18.8159
8	2.4388	-1.2527	0.8404	2.8741	-0.6631	3.1348	-0.0671	-0.0381	-0.1501	0.211	-0.1046	-0.046	0.2016	-0.1554	0.1147	0.1757	-0.0267	0.0045	0.1567	-0.0257	0.1371	-28.3573	-21.0667	-44.7718
9	1.4922	0.0664	-0.2456	1.0571	0.2571	1.2749	-0.0274	-0.1098	-0.1216	0.1463	-0.0064	0.0272	0.186	-0.0433	0.0417	0.1345	-0.0229	0.0052	0.104	0.007	0.0974	-22.7424	-14.6707	-39.9691
10	5.3646	-1.3169	1.3109	1.4615	-0.6266	1.0748	-0.1303	-0.1255	-0.095	0.278	0.0451	-0.1774	0.0785	-0.0718	0.1062	0.2137	0.021	-0.0075	0.1496	-0.0208	0.1008	-11.2103	-9.4673	-30.2715
11	5.2588	-1.8113	-0.0706	3.6616	0.97	3.9269	-0.0729	-0.0776	-0.3229	0.309	0.0589	-0.034	0.4581	-0.0363	-0.0025	0.1681	-0.0021	-0.0291	0.1389	0.0183	0.1378	-9.8123	-11.6432	-33.9187
12	0.5934	0.164	-0.5883	0.4705	-0.2007	0.5927	0.0539	-0.0286	-0.8568	0.5617	0.3556	-1.0878	0.8305	0.4172	-0.1149	0.4748	0.0773	-0.1449	0.2572	-0.0732	0.576	-10.2557	-26.948	-45.5203
13	1.9685	0.6634	0.0649	1.8381	0.6162	1.6347	-0.0437	-0.0497	0.0127	0.0781	0.0725	-0.1727	0.1355	0.0987	-0.0426	0.0967	0.0175	-0.0145	0.108	0.0061	0.1099	-14.1521	-7.4796	-39.6016
14	2.2596	1.0177	-0.2419	1.9171	0.193	2.0756	0.0309	-0.2818	-0.1438	0.2967	-0.0375	0.0263	0.3876	-0.0012	0.0492	0.1763	-0.0192	0.0043	0.1494	-0.0033	0.1147	-26.1437	-16.0144	-37.9159
15	3.5236	-0.5525	1.2117	4.5697	-0.1707	5.5632	0.2701	-0.0212	-0.5456	0.0799	0.2827	1.0646	0.7478	-0.6348	-0.4695	0.3151	-0.0918	-0.171	0.2981	0.0889	0.3679	-20.1145	-4.3943	0.0423
16	2.2869	-1.5084	1.5107	3.6176	-1.892	4.0125	0.716	0.0451	-0.9207	-0.8597	-0.0774	0.4664	0.8666	0.3094	-0.042	0.4388	0.3165	-0.3867	0.4301	-0.0513	0.3814	-16.8581	-6.8161	-6.2287
17	3.7079	-1.5152	1.9325	3.9865	-2.3472	5.8413	0.3593	0.2912	0.0305	0.4082	-0.0794	-0.0809	-0.4654	0.0005	-0.0537	0.32	0.0609	0.0157	0.2405	0.0475	0.1862	-16.6302	6.2585	-4.2298
18	3.2203	-2.501	2.4302	4.2902	-0.9386	3.8381	-0.1841	0.2041	0.0396	0.511	-0.139	-0.1358	-0.2556	0.557	0.1875	0.2696	0.0083	-0.0205	0.2849	0.0907	0.1954	-19.4903	15.4867	-14.2949
19	0.5603	-1.2356	-0.3163	4.5862	-1.5391	2.8544	-0.2752	-0.5478	-0.5842	0.364	0.7865	1.2804	-0.15	-1.3605	-0.4396	0.7064	0.0858	0.3868	0.5772	0.2309	0.7716	-33.108	8.4485	1.2824
20	3.244	-0.1727	1.8322	2.6931	-2.2225	4.9663	0.034	0.2617	0.0712	0.5482	-0.0413	-0.1878	-0.6528	0.4477	-0.0297	0.3936	0.0227	-0.0247	0.2809	-0.002	0.1925	-15.2944	9.738	-6.2454

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 34 )	A	1 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 85 )	A	35 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 86 through 102 )	A	86 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 103 through 112 )	A	103 - 112
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 113 through 141 )	A	113 - 141
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 142 through 156 )	A	142 - 156
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 157 through 185 )	A	157 - 185
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 20 )	B	1 - 20
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 21 through 85 )	B	21 - 85
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 86 through 102 )	B	86 - 102
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 103 through 112 )	B	103 - 112
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 113 through 124 )	B	113 - 124
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 125 through 166 )	B	125 - 166
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 167 through 185 )	B	167 - 185
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 2 through 20 )	C	2 - 20
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 21 through 34 )	C	21 - 34
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 35 through 85 )	C	35 - 85
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 86 through 112 )	C	86 - 112
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 113 through 124 )	C	113 - 124
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 125 through 185 )	C	125 - 185

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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