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- PDB-5tvk: Crystal Structure of putative plasmid partition protein (BB_S35) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tvk
タイトルCrystal Structure of putative plasmid partition protein (BB_S35) from Borrelia burgdorferi B31 bound to AMPPNP
要素PF-32 protein
キーワードCELL CYCLE / Structural Genomics / SSGCID / NTPase / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


: / AAA domain / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / PF-32 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of putative plasmid partition protein (BB_S35) from Borrelia burgdorferi B31 bound to AMPPNP
著者: SSGCID / Delker, S.L. / Yano, J.K. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PF-32 protein
B: PF-32 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9966
ポリマ－61,9702
非ポリマー1,0264
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area20610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.320, 57.320, 343.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 through 12 or resid 14...
21(chain B and (resid 5 through 12 or resid 14...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSALAALA(chain A and (resid 5 through 12 or resid 14...AA5 - 1226 - 33
12ILEILEVALVAL(chain A and (resid 5 through 12 or resid 14...AA14 - 7635 - 97
13ILEILEALAALA(chain A and (resid 5 through 12 or resid 14...AA78 - 15599 - 176
14GLUGLULYSLYS(chain A and (resid 5 through 12 or resid 14...AA156 - 157177 - 178
15LYSLYSILEILE(chain A and (resid 5 through 12 or resid 14...AA4 - 24625 - 267
16LYSLYSILEILE(chain A and (resid 5 through 12 or resid 14...AA4 - 24625 - 267
17LYSLYSILEILE(chain A and (resid 5 through 12 or resid 14...AA4 - 24625 - 267
18LYSLYSILEILE(chain A and (resid 5 through 12 or resid 14...AA4 - 24625 - 267
21LYSLYSALAALA(chain B and (resid 5 through 12 or resid 14...BB5 - 1226 - 33
22ILEILETYRTYR(chain B and (resid 5 through 12 or resid 14...BB14 - 5335 - 74
23GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 5 through 12 or resid 14...BB5475
24LYSLYSILEILE(chain B and (resid 5 through 12 or resid 14...BB5 - 24626 - 267
25LYSLYSILEILE(chain B and (resid 5 through 12 or resid 14...BB5 - 24626 - 267
26LYSLYSILEILE(chain B and (resid 5 through 12 or resid 14...BB5 - 24626 - 267
27LYSLYSILEILE(chain B and (resid 5 through 12 or resid 14...BB5 - 24626 - 267

-
要素

#1: タンパク質 PF-32 protein / BobuA.01478.a.A1


分子量: 30984.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (strain ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680) (バクテリア)
株: ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680 / 遺伝子: BB_S35, PF-32 / プラスミド: BobuA.01478.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H7C7Q1
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus F2: 10% w/v PEG8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.2 M D-glucose, 0.2 M D-mannose, 0.2 M D-galactose, 0.2 M L-fucose, 0.2 M D-xylose, 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine, 0.1 M MES/imidazole, ...詳細: Morpheus F2: 10% w/v PEG8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.2 M D-glucose, 0.2 M D-mannose, 0.2 M D-galactose, 0.2 M L-fucose, 0.2 M D-xylose, 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine, 0.1 M MES/imidazole, pH 6.5, direct cryoprotection, BobuA.01478.a.A1 PS00305 at 20 mg/mL, Tray268926f2, puck llm2-10, supplemented with 3 mM AMPPNP, 3 mM magnesium chloride, NDPs (possibly co-purified with the protein, as suggested by electron density)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月5日 / 詳細: beryllium lenses
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.6 Å / Num. all: 215618 / Num. obs: 76639 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.81 % / Biso Wilson estimate: 48.35 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.32
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allCC1/2% possible all
2.3-2.360.4852.251584957500.88493
2.36-2.420.3782.830.91592.8
2.42-2.490.3163.310.92792.8
2.49-2.570.2454.160.95491.9
2.57-2.660.1895.330.96791.9
2.66-2.750.1576.260.97891.6
2.75-2.850.11980.98691.5
2.85-2.970.09110.270.9990.8
2.97-3.10.07612.320.99191
3.1-3.250.05914.90.99590.2
3.25-3.430.05117.010.99689.8
3.43-3.640.04519.770.99689.5
3.64-3.890.04221.30.99688.7
3.89-4.20.03723.760.99788.4
4.2-4.60.03425.760.99788.1
4.6-5.140.03226.910.99887.1
5.14-5.940.03126.420.99886.7
5.94-7.270.03126.560.99885.6
7.27-10.290.0329.080.99785.1
10.290.0328.040.99776.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3K9G

3k9g


解像度: 2.4→28.269 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 25.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 2065 8.35 %
Rwork0.1687 --
obs0.1729 24742 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 174.32 Å2 / Biso mean: 62.0199 Å2 / Biso min: 26.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→28.269 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3741 0 64 77 3882
Biso mean--72.03 56.33 -
残基数----479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083891
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8995322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056657
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8172308
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2104X-RAY DIFFRACTION8.442TORSIONAL
12B2104X-RAY DIFFRACTION8.442TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4001-2.45590.32671110.218315211632100
2.4559-2.51730.28111390.216715051644100
2.5173-2.58530.26851270.208915281655100
2.5853-2.66130.24951170.201515301647100
2.6613-2.74720.27531630.211115201683100
2.7472-2.84530.2891430.201314961639100
2.8453-2.95910.28511550.200614631618100
2.9591-3.09360.2651410.196115191660100
3.0936-3.25640.2271200.199115261646100
3.2564-3.46010.28411140.192715351649100
3.4601-3.72680.23311290.174515251654100
3.7268-4.10080.18341320.152215671699100
4.1008-4.69180.17211430.126614921635100
4.6918-5.90240.18491510.142614961647100
5.9024-28.27120.1921800.15351454163498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6360.1528-2.87114.6971-0.6612.5888-0.16470.0041-0.15160.01320.0952-0.29740.09410.28360.13260.38160.0536-0.00050.4254-0.03650.288-15.309914.9742-12.5119
28.6028-3.3116-4.63239.85176.65827.09280.1290.47890.2589-0.55420.1406-0.5501-0.59540.6059-0.26080.4097-0.0777-0.00760.6307-0.01150.3322-7.388727.5362-20.7102
34.2660.41140.95844.95461.96154.643-0.11870.1010.1635-0.1646-0.0197-0.0039-0.5281-0.04240.13170.4242-0.02420.01850.38640.03110.2687-14.518227.8724-15.3895
42.25990.75090.17212.18060.23427.90720.0402-0.2384-0.140.1587-0.0368-0.11310.06640.00880.04510.26970.03370.00210.4515-0.08560.3436-19.913219.9911-7.8653
54.39090.43651.0775.4609-0.26329.80680.2885-0.7477-0.37760.8812-0.20560.97960.6612-0.6544-0.0340.4858-0.11290.01480.6788-0.0540.3893-23.511120.496.2764
63.5352-0.5024-0.97992.73840.13496.1746-0.2043-0.0965-0.10350.4968-0.2492-0.40251.06270.04830.41290.54870.0173-0.02990.53460.04940.5871-22.247911.86920.1891
78.85811.9421.46815.3584-1.81452.52970.14-0.59690.16290.7608-0.2160.36821.8198-0.8923-0.00681.1439-0.15370.20970.8162-0.02890.7353-23.57573.86445.0676
89.5651.9689-6.52716.0332-3.06784.9725-1.01940.01820.0247-0.8217-0.3197-1.30732.42440.78451.00911.34980.29270.27311.13070.10221.1565-8.08911.1724-9.9415
98.0221-2.0644-2.13458.40560.85237.5102-0.5499-0.1054-1.65080.78070.11950.43251.5628-0.24780.27720.7817-0.19340.06190.5381-0.05580.5401-22.14032.833-9.8184
102.2609-0.7369-0.94722.0782-1.68152.8096-0.06980.1663-0.0582-0.16180.05650.15240.3344-0.15690.00090.4220.0741-0.0910.4359-0.10690.30563.81322.53712.3286
118.1265-4.80265.27094.8802-6.31398.0867-0.03-0.4518-0.19190.68530.01720.57670.1379-0.9037-0.04220.4458-0.08370.04120.5914-0.09190.3277-10.435323.213921.1797
122.7968-0.50541.71383.3371-0.24774.4755-0.1521-0.22820.0990.24020.12890.393-0.3597-0.56850.05030.35520.05880.01940.498-0.07630.3262-6.746129.926416.3303
131.9807-0.9857-1.33472.33890.5237.49490.01470.3742-0.1781-0.23130.10520.07680.1272-0.231-0.13310.37660.0134-0.08420.4298-0.10350.34322.503230.06398.7869
144.6572-1.61031.29911.3763-1.5715.64040.02130.5609-0.1416-0.15320.1808-0.120.35720.9764-0.19510.4846-0.0332-0.00480.6762-0.10750.364110.880426.6775-3.4417
153.47522.92480.51463.8693-1.60892.9296-0.8265-1.2373-0.22720.1431-0.62771.47841.20210.44830.54881.48530.1281-0.18240.9454-0.02171.11926.99047.175110.9218
167.82294.343-3.67623.5744-4.51848.0696-0.0001-0.1087-0.2621-0.8711-0.618-0.60930.6390.65420.57180.43610.1839-0.06380.6974-0.11380.462717.783621.29119.0717
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 52 )A4 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 53 through 77 )A53 - 77
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 78 through 119 )A78 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 120 through 158 )A120 - 158
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 159 through 172 )A159 - 172
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 173 through 189 )A173 - 189
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 190 through 208 )A190 - 208
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 209 through 229 )A209 - 229
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 230 through 246 )A230 - 246
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 5 through 52 )B5 - 52
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 53 through 77 )B53 - 77
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 78 through 119 )B78 - 119
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 120 through 158 )B120 - 158
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 159 through 212 )B159 - 212
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 213 through 229 )B213 - 229
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 230 through 246 )B230 - 246

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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