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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tvi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of non-specific lipid transfer protein reveals non-canonical lipid binding: possible relevance in modulating allergenicity | ||||||
![]() | non specific lipid transfer protein | ||||||
![]() | PLANT PROTEIN / Solanum melongena / non-specific lipid transfer protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jain, A. / Salunke, D.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of nonspecific lipid transfer protein from Solanum melongena 著者: Jain, A. / Salunke, D.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 705.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 709 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9404.618 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 化合物 | ChemComp-MYR / | #4: 化合物 | ChemComp-O8N / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.83 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.05M Zinc acetate dihydrate, 20% w/v polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月27日 | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.87→32.826 Å / Num. obs: 18069 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 20.9 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.91 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. measured obs: 1171 / CC1/2: 0.939 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→32.826 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 100.6373 Å / Origin y: 32.7485 Å / Origin z: -3.251 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |