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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tva | ||||||
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タイトル | A. aeolicus BioW with AMP and CoA | ||||||
![]() | 6-carboxyhexanoate--CoA ligase | ||||||
![]() | LIGASE / Pimeloyl-CoA Ligase / adenylation | ||||||
機能・相同性 | ![]() 6-carboxyhexanoate-CoA ligase / 6-carboxyhexanoate-CoA ligase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Estrada, P. / Manandhar, M. / Dong, S.-H. / Deveryshetty, J. / Agarwal, V. / Cronan, J.E. / Nair, S.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The pimeloyl-CoA synthetase BioW defines a new fold for adenylate-forming enzymes. 著者: Estrada, P. / Manandhar, M. / Dong, S.H. / Deveryshetty, J. / Agarwal, V. / Cronan, J.E. / Nair, S.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27445.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-COA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % |
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結晶化 | 温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20-30$ PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月7日 |
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 29328 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.25 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→38.072 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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