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- PDB-5tuv: Crystal structure of the E2F5-DP1-p107 ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tuv
タイトルCrystal structure of the E2F5-DP1-p107 ternary complex
要素
  • Retinoblastoma-like protein 1
  • Transcription factor DP1
  • Transcription factor E2F5
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / cell-cycle regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


Rb-E2F complex / regulation of lipid kinase activity / negative regulation of fat cell proliferation / regulation of DNA biosynthetic process / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / cell projection organization / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / anoikis / Activation of NOXA and translocation to mitochondria ...Rb-E2F complex / regulation of lipid kinase activity / negative regulation of fat cell proliferation / regulation of DNA biosynthetic process / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / cell projection organization / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / anoikis / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / DNA-binding transcription activator activity / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / G1/S-Specific Transcription / Transcriptional Regulation by E2F6 / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / negative regulation of cellular senescence / transcription factor binding / G0 and Early G1 / epidermis development / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / promoter-specific chromatin binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Oncogene Induced Senescence / fibrillar center / Pre-NOTCH Transcription and Translation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / Cyclin D associated events in G1 / chromatin organization / Oxidative Stress Induced Senescence / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / cell cycle / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription factor E2F5 / Transcription factor DP, C-terminal / Transcription factor DP / Transcription factor DP, C-terminal domain superfamily / Transcription factor DP / Transcription factor DP / E2F transcription factor, CC-MB domain / E2F transcription factor CC-MB domain / E2F Family / E2F-DP heterodimerization region ...Transcription factor E2F5 / Transcription factor DP, C-terminal / Transcription factor DP / Transcription factor DP, C-terminal domain superfamily / Transcription factor DP / Transcription factor DP / E2F transcription factor, CC-MB domain / E2F transcription factor CC-MB domain / E2F Family / E2F-DP heterodimerization region / E2F/DP family, winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / Rb C-terminal domain / Retinoblastoma-associated protein, B-box / Retinoblastoma-associated protein, A-box / Retinoblastoma-associated protein, C-terminal / Retinoblastoma-associated protein, N-terminal / Retinoblastoma protein family / Retinoblastoma-associated protein B domain / Retinoblastoma-associated protein A domain / Domain of unknown function (DUF3452) / Domain of unknown function (DUF3452) / Retinoblastoma-associated protein A domain / Rb C-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinoblastoma-like protein 1 / Transcription factor Dp-1 / Transcription factor E2F5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Liban, T.J. / Tripathi, S.M. / Rubin, S.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA132685 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Conservation and divergence of C-terminal domain structure in the retinoblastoma protein family.
著者: Liban, T.J. / Medina, E.M. / Tripathi, S. / Sengupta, S. / Henry, R.W. / Buchler, N.E. / Rubin, S.M.
履歴
登録2016年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22017年5月24日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor DP1
B: Transcription factor E2F5
C: Retinoblastoma-like protein 1
D: Transcription factor DP1
E: Transcription factor E2F5
F: Retinoblastoma-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4586
ポリマ－70,4586
非ポリマー00
水00
1
A: Transcription factor DP1
B: Transcription factor E2F5
C: Retinoblastoma-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2293
ポリマ－35,2293
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7960 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area14300 Å2
手法PISA
2
D: Transcription factor DP1
E: Transcription factor E2F5
F: Retinoblastoma-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2293
ポリマ－35,2293
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6710 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area12930 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17330 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area24570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.980, 57.340, 99.198
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor DP1 / DRTF1-polypeptide 1 / DRTF1 / E2F dimerization partner 1


分子量: 17603.086 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 199-350 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFDP1, DP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14186
#2: タンパク質 Transcription factor E2F5 / E2F-5


分子量: 12962.745 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 124-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: E2F5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15329
#3: タンパク質・ペプチド Retinoblastoma-like protein 1 / 107 kDa retinoblastoma-associated protein / p107 / pRb1


分子量: 4663.346 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 994-1031 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBL1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28749

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.69 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM Hepes pH 7.0, 7% PEG 5000, 5% 1-propanol, 2% 2-propanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→60.57 Å / Num. obs: 15301 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / CC1/2: 0.921 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→49.266 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2601 802 5.24 %
Rwork0.2122 --
obs0.2147 15296 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.266 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3532 0 0 0 3532
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033584
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8164856
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9681303
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03565
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004640
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.08170.32811440.27342383X-RAY DIFFRACTION100
3.0817-3.31960.28961320.24642386X-RAY DIFFRACTION100
3.3196-3.65360.28671160.2262436X-RAY DIFFRACTION100
3.6536-4.1820.25971430.20172396X-RAY DIFFRACTION100
4.182-5.26790.22311370.18692426X-RAY DIFFRACTION100
5.2679-49.2730.25121300.20712467X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.3441-0.1487-2.0961.3457-0.14881.6695-0.07250.5562-0.8543-0.30230.1834-0.19650.0470.0971-0.17010.6570.01460.02070.6619-0.27770.428724.273346.5872-30.3637
21.2855-0.6191-0.02370.32920.17050.6976-0.4664-0.24040.15620.50250.3043-0.1157-0.9955-1.0676-0.11220.57130.1718-0.0810.6170.10830.50271.966246.6903-11.2564
32.4837-0.62350.05592.85430.09581.71270.25790.0717-0.1754-0.0715-0.11910.34780.62860.0415-0.16570.36310.00330.02090.22930.00770.420917.803841.4381-5.7618
45.83420.0862-2.84461.2175-0.07182.10380.26281.5106-0.153-0.4542-0.0678-0.0971-0.4149-0.3661-0.20380.62280.2062-0.06111.1547-0.17080.532.863153.428-36.7363
56.746-0.668-1.16025.10410.053.52450.38760.47081.20330.01630.0067-0.0154-1.15920.466-0.20960.59380.06310.00890.27780.09350.56972.386255.7824-19.9058
64.635-2.9505-0.85042.8621-1.56954.7149-0.1255-0.1363-0.5494-0.24-0.17090.41640.8282-0.3443-0.79750.33080.051-0.26290.387-0.08590.58914.943438.8373-14.7329
75.10823.4461-0.41348.47150.54346.2593-0.31720.0941-1.2017-0.4377-0.0282-0.68780.4733-0.499-0.01320.35470.0433-0.07470.3032-0.05490.352912.17636.8571-7.7729
83.8231-3.86661.80537.5143-3.17422.2944-0.0468-0.59950.29580.36010.3175-1.0298-0.21930.58140.26890.27370.1807-0.14510.236-0.09270.405526.944543.2501-2.8826
93.57610.01021.03296.66391.24073.944-0.24910.22230.3372-0.8128-0.13960.2289-0.0313-0.07170.04720.32920.02340.02080.2946-0.05040.208613.07148.324-4.0771
105.2573-1.60570.52876.8993-1.25284.0740.20481.17090.0397-1.283-0.2778-0.69570.39080.6827-0.09980.46510.04270.00140.3018-0.04210.259326.488842.7592-12.9145
112.9038-1.66722.38860.9637-1.37911.96750.76510.30740.70420.24080.40911.0071-0.5584-0.59910.76820.86780.6719-0.4241-0.21370.08891.023840.634232.0536-6.6723
124.6148-2.3063-2.40593.01530.54822.44150.1074-0.53250.39670.57650.03640.1972-0.5012-0.4701-0.12620.57790.0180.10890.8791-0.06340.40295.764539.759733.5201
132.0872-0.6623-0.09162.2364-0.92691.9010.15520.09390.2031-0.1855-0.0973-0.27380.53570.5614-0.01480.3321-0.06330.09670.4593-0.01990.477714.527433.429113.2935
144.09142.0388-0.68473.9503-1.20092.73190.3053-0.15330.06940.0853-0.24440.5668-0.5019-0.18630.00830.2671-0.04650.03450.3414-0.02010.32856.496348.55073.6307
151.9425-3.06493.80655.0015-5.68518.03160.2075-0.85520.0710.28050.25740.50320.1897-0.697-0.19790.2987-0.12610.03610.4944-0.05650.48815.589433.520620.6965
162.8089-2.0839-1.34792.0219-0.05781.85220.2374-0.30680.1530.5917-0.25620.0213-0.26490.16380.20380.99870.01160.17331.04120.01660.6487-0.763450.344845.2871
173.8040.73961.89452.16570.31262.504-0.4195-0.52640.57590.0349-0.28470.3206-0.29950.77720.23860.4248-0.057-0.00890.82130.12220.4119.229531.548621.4323
182.5897-1.1945-1.21973.4987-1.0531.944-0.0564-0.150.06720.24380.17780.387-0.0472-0.0266-0.0710.3059-0.06740.03260.3278-0.01620.43585.970243.71399.7195
194.275-0.78090.99224.8042-1.52190.9536-0.2599-0.5354-0.50491.14250.29450.3811-0.5796-0.271-0.19560.95460.04040.23720.737-0.02610.67612.457146.560121.2429
206.5538-1.22652.08697.4882-3.06549.38490.4941-1.0803-0.52530.39170.45611.58310.5333-0.7922-0.33680.36390.07540.11580.86120.07630.7397-6.992140.677115.9863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 198 through 246 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 247 through 261 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 262 through 305 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 124 through 162 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 163 through 170 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 171 through 181 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 182 through 191 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 192 through 215 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 216 through 230 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1000 through 1023 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1024 through 1028 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 208 through 243 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 244 through 271 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 272 through 290 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 291 through 306 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 125 through 162 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 163 through 181 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 182 through 231 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 1001 through 1014 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 1015 through 1024 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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