- PDB-5tu6: PagF prenyltransferase with cyclic[INPYLYP] and DMSPP -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5tu6
タイトル
PagF prenyltransferase with cyclic[INPYLYP] and DMSPP
要素
PagF prenyltransferase
cyclic[INPYLYP] peptide
キーワード
TRANSFERASE / RiPP / prenylation / ABBA fold
機能・相同性
Peptide O-prenyltransferase, LynF/TruF/PatF family / Family of unknown function (DUF5838) / transferase activity / metal ion binding / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / METHIONINE / Putative prenyl transferase
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.22→50 Å / Num. obs: 116928 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.91 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル
解像度: 2.2→2.3 Å / Rsym value: 0.673
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0151
精密化
XDS
データ削減
XDS
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.22→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 6.723 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.221 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT