PDB-5tt0: Crystal Structure of an Oxidoreductase (short chain dehydrogenase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tt0

タイトル

Crystal Structure of an Oxidoreductase (short chain dehydrogenase/reductase family) from Burkholderia thailandensis

要素

Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / short chain dehydrogenase/reductase family / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of an Oxidoreductase (short chain dehydrogenase/reductase family) from Burkholderia thailandensis
著者: Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年10月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tt0.cif.gz	206.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tt0.ent.gz	163.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tt0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tt0_validation.pdf.gz	463.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tt0_full_validation.pdf.gz	466.6 KB	表示
XML形式データ	5tt0_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	5tt0_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/5tt0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/5tt0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jc8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4dk7-d 1p8d-d 1c16-3 3ipu-d 6k9g-1 2gjm-d 3gn6-6 1b0r-d 4f7p-d 3idc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-ButhA.00010.z

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

B: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

ヘテロ分子

56.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.690, 109.080, 73.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.650, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-568- HOH
2	1	B-561- HOH

#1: タンパク質	Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family / Short chain dehydrogenase family protein 分子量: 27469.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (strain ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264) (バクテリア) 株: ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264 / 遺伝子: BTH_II1195, DR63_4586 / プラスミド: ButhA.00010.z.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2T608
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.73 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: ButhA.00010.z.B1.PS02557 at 3.46 mg/ml, mixed 1:1 with an equal volume MCSG1(g5): 0.1 M Bis-Tris:HCl, pH=6.5, 2.0 M ammonium sulfate, cryoprotected with 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月6日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 50699 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 16.97 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 16.11

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	% possible all
1.7-1.74		0.506	2.66	14162	0.854	100
1.74-1.79		0.414	3.32		0.876	100
1.79-1.84		0.348	3.98		0.918	99.6
1.84-1.9		0.287	4.82		0.945	99.8
1.9-1.96		0.212	6.4		0.966	99.9
1.96-2.03		0.173	7.94		0.975	99.6
2.03-2.11		0.13	10.13		0.986	99.7
2.11-2.19		0.11	11.87		0.989	99.7
2.19-2.29		0.09	14.27		0.993	99.6
2.29-2.4		0.077	16.52		0.995	99.5
2.4-2.53		0.069	18.27		0.995	99.7
2.53-2.69		0.061	20.5		0.996	99.5
2.69-2.87		0.049	24.41		0.997	99.4
2.87-3.1		0.039	28.94		0.998	99.4
3.1-3.4		0.033	33.95		0.998	99.1
3.4-3.8		0.027	38.74		0.999	99.1
3.8-4.39		0.024	43.71		0.999	99.3
4.39-5.38		0.022	45.23		0.999	99.4
5.38-7.6		0.024	44.89		0.999	99.3
	7.6	0.022	49.9		0.999	98.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(1.11_2563)	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
MoRDa		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5JC8

5jc8

解像度: 1.7→45.428 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.93

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1923	2023	3.99 %
R_work	0.1615	-	-
obs	0.1627	50686	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.36 Å² / B_iso mean: 22.1227 Å² / B_iso min: 4.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→45.428 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3593	0	114	386	4093
B_iso mean	-	-	42.35	24.6	-
残基数	-	-	-	-	505

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3772
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.734	5125
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	620
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	663
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.552	2232

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.7425	0.2442	139	0.221	3445	3584	100
1.7425-1.7896	0.2333	147	0.1981	3482	3629	100
1.7896-1.8423	0.2382	152	0.1883	3480	3632	100
1.8423-1.9018	0.2552	140	0.177	3434	3574	100
1.9018-1.9697	0.2084	150	0.1629	3492	3642	100
1.9697-2.0486	0.1932	147	0.1601	3498	3645	100
2.0486-2.1418	0.1908	136	0.1492	3475	3611	100
2.1418-2.2547	0.1817	143	0.1523	3448	3591	100
2.2547-2.396	0.1824	162	0.1572	3463	3625	99
2.396-2.581	0.2154	148	0.1649	3478	3626	100
2.581-2.8407	0.1971	146	0.1656	3484	3630	99
2.8407-3.2516	0.1949	146	0.1543	3449	3595	99
3.2516-4.0963	0.1483	119	0.1391	3513	3632	99
4.0963-45.4446	0.1821	148	0.1696	3522	3670	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6672	0.5062	-0.6319	1.3914	-0.0462	2.0327	0.0358	0.0206	0.22	-0.1151	0.0471	0.0412	-0.3896	-0.046	-0.0378	0.1748	0.0107	0.0004	0.0752	0.0099	0.0834	28.4872	3.7581	11.8541
2	1.287	0.1523	0.4992	0.3227	-0.3633	2.5858	0.0881	0.0717	0.1499	-0.0169	-0.0136	-0.0529	-0.2631	0.0244	-0.0206	0.1104	0.0112	0.0211	0.0702	0.0033	0.0861	26.4639	0.3644	28.6221
3	0.5753	-0.4103	-0.4064	1.7513	-0.0474	1.607	0.0027	0.0937	0.1277	-0.0562	-0.0192	-0.2341	-0.2356	0.2378	0.0016	0.0961	-0.0136	0.0148	0.0953	0.0248	0.0693	27.6533	-5.4651	27.091
4	0.603	-0.5845	0.0016	1.0982	-0.698	1.8665	-0.0067	-0.0182	0.0828	-0.0059	-0.1059	-0.2216	0.0581	0.3444	0.0819	0.104	0.0075	0.0017	0.1039	0.001	0.1079	37.9372	-17.0682	26.6671
5	1.8319	0.0341	0.191	1.3911	0.3984	2.29	-0.004	-0.0555	-0.2449	-0.1118	-0.0269	0.0045	0.5375	0.0059	0.0052	0.2592	-0.0233	0.0196	0.0947	-0.01	0.1046	26.9125	-39.0228	11.3418
6	2.2041	-0.2966	-1.8039	0.3753	0.2309	2.2085	-0.0991	-0.0248	-0.0702	0.0007	0.0056	0.0191	0.325	-0.0088	0.0853	0.188	-0.0109	-0.0084	0.0781	-0.0154	0.0942	23.7047	-35.9146	28.1453
7	0.3631	-0.4431	-0.5638	1.125	0.05	1.1745	-0.0105	0.0832	-0.0787	-0.0634	-0.0273	0.1601	0.1737	-0.2105	0.0065	0.1115	-0.0323	-0.0161	0.0877	-0.0122	0.0768	20.1492	-24.7546	22.6293
8	3.4105	-3.0813	-0.9484	7.8269	-1.264	4.5068	0.0362	0.4986	0.5587	-0.3042	0.1243	0.4266	-0.4434	-0.5984	0.0297	0.1281	-0.0053	-0.0429	0.3403	0.06	0.2202	2.6803	-8.4558	31.0457

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 80 )	A	2 - 80
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 81 through 142 )	A	81 - 142
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 143 through 189 )	A	143 - 189
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 190 through 255 )	A	190 - 255
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 80 )	B	2 - 80
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 81 through 142 )	B	81 - 142
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 143 through 242 )	B	143 - 242
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 243 through 255 )	B	243 - 255

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