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- PDB-5tsp: Crystal structure of the catalytic domain of Clostridium perfring... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tsp
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of Clostridium perfringens neuraminidase (NanI) in complex with a CHES
要素Sialidase
キーワードHYDROLASE / neuraminidase
機能・相同性
機能・相同性情報


ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intramolecular trans-sialidase; domain 3 / Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 / BNR repeat-like domain / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 ...Intramolecular trans-sialidase; domain 3 / Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 / BNR repeat-like domain / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
exo-alpha-sialidase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens ATCC 13124 (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.24 Å
データ登録者Lee, Y. / Youn, H.-S. / Lee, J.-G. / An, J.Y. / Park, K.R. / Kang, J.Y. / Jin, M.S. / Ryu, Y.B. / Park, K.H. / Eom, S.H.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the catalytic domain of Clostridium perfringens neuraminidase in complex with a non-carbohydrate-based inhibitor, 2-(cyclohexylamino)ethanesulfonic acid
著者: Lee, Y. / Youn, H.-S. / Lee, J.-G. / An, J.Y. / Park, K.R. / Kang, J.Y. / Ryu, Y.B. / Jin, M.S. / Park, K.H. / Eom, S.H.
履歴
登録2016年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialidase
B: Sialidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7156
ポリマ－103,2202
非ポリマー4954
水33,0031832
1
A: Sialidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8583
ポリマ－51,6101
非ポリマー2472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17490 Å2
手法PISA
2
B: Sialidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8583
ポリマ－51,6101
非ポリマー2472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.386, 98.007, 72.648
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sialidase / Neuraminidase / Nanl


分子量: 51610.184 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 243-694 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens ATCC 13124 (ウェルシュ菌)
株: ATCC 13124 / 遺伝子: nanI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2YQR1
#2: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1832 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.24→50 Å / Num. obs: 272513 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.24→1.26 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
HKL-2000data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VK5

2vk5


解像度: 1.24→35.204 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 13.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1577 13756 5.05 %
Rwork0.1439 --
obs0.1447 272513 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.24→35.204 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7046 0 28 1832 8906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067473
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20510139
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6812809
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0851072
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061338
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2393-1.25340.1834150.16428183X-RAY DIFFRACTION94
1.2534-1.26820.18744220.16478608X-RAY DIFFRACTION99
1.2682-1.28360.17544820.16118520X-RAY DIFFRACTION99
1.2836-1.29990.16754620.15958473X-RAY DIFFRACTION99
1.2999-1.3170.1784150.1568678X-RAY DIFFRACTION99
1.317-1.3350.15344530.14688534X-RAY DIFFRACTION99
1.335-1.35410.16234800.15098574X-RAY DIFFRACTION99
1.3541-1.37430.16664620.14658534X-RAY DIFFRACTION99
1.3743-1.39580.15964900.15028623X-RAY DIFFRACTION99
1.3958-1.41870.17954470.14818611X-RAY DIFFRACTION100
1.4187-1.44310.14864730.14448629X-RAY DIFFRACTION99
1.4431-1.46940.15864510.14288611X-RAY DIFFRACTION99
1.4694-1.49760.15534720.14148569X-RAY DIFFRACTION100
1.4976-1.52820.14954440.13788646X-RAY DIFFRACTION100
1.5282-1.56140.15454670.1358697X-RAY DIFFRACTION100
1.5614-1.59770.1514720.1388608X-RAY DIFFRACTION100
1.5977-1.63770.14714770.13348667X-RAY DIFFRACTION100
1.6377-1.6820.16444510.13258674X-RAY DIFFRACTION100
1.682-1.73150.15344450.13648704X-RAY DIFFRACTION100
1.7315-1.78740.15514920.148664X-RAY DIFFRACTION100
1.7874-1.85120.15094410.14148683X-RAY DIFFRACTION100
1.8512-1.92540.16764540.14278689X-RAY DIFFRACTION100
1.9254-2.0130.15074730.14248665X-RAY DIFFRACTION100
2.013-2.11910.14774440.13718700X-RAY DIFFRACTION100
2.1191-2.25180.15894330.14438744X-RAY DIFFRACTION100
2.2518-2.42570.15994750.14798685X-RAY DIFFRACTION100
2.4257-2.66970.16854930.15238677X-RAY DIFFRACTION100
2.6697-3.05580.17824540.15488718X-RAY DIFFRACTION100
3.0558-3.84920.14024570.13568743X-RAY DIFFRACTION100
3.8492-35.2180.14864600.14198646X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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