PDB-2vk5: THE STRUCTURE OF CLOSTRIDIUM PERFRINGENS NANI SIALIDASE AND ITS C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vk5

タイトル

THE STRUCTURE OF CLOSTRIDIUM PERFRINGENS NANI SIALIDASE AND ITS CATALYTIC INTERMEDIATES

要素

EXO-ALPHA-SIALIDASE

キーワード

HYDROLASE / SIALIDASE / GLYCOSIDASE / SIALIC ACID / CLOSTRIDIUM PERFRINGENS

機能・相同性

機能・相同性情報

ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.97 Å

データ登録者

Newstead, S.L. / Potter, J.A. / Wilson, J.C. / Xu, G. / Chien, C.H. / Watts, A.G. / Withers, S.G. / Taylor, G.L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: The Structure of Clostridium Perfringens Nani Sialidase and its Catalytic Intermediates.
著者: Newstead, S.L. / Potter, J.A. / Wilson, J.C. / Xu, G. / Chien, C.H. / Watts, A.G. / Withers, S.G. / Taylor, G.L.

履歴

登録	2007年12月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年6月14日	Group: Refinement description / カテゴリ: refine Item: _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work ..._refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.pdbx_starting_model
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vk5.cif.gz	236.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vk5.ent.gz	183.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vk5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/2vk5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/2vk5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bf6C 2vk6C 2vk7C 1sllS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3pn1-d 6xi9-1 2vk6-d 2vk7-2 7a54-2 2e6y-d 3nqm-d 5tsp-1 4o8r-3 4ei9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EXO-ALPHA-SIALIDASE

ヘテロ分子

50.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.892, 69.019, 72.808
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	EXO-ALPHA-SIALIDASE / SIALIDASE 分子量: 50405.852 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 243-694 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59310, exo-alpha-sialidase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1030 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 34 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.97→20 Å / Num. obs: 281317 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 0.97→1.02 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
SHELX	精密化
MOSFLM	データ削減
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SLL

1sll

解像度: 0.97→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.126	-	-
R_work	0.115	-	-
obs	-	276976	98 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.97→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3524	0	14	1030	4568

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	s_bond_d	0.017
X-RAY DIFFRACTION	s_angle_d	2.048
X-RAY DIFFRACTION	s_similar_dist
X-RAY DIFFRACTION	s_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTION	s_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTION	s_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTION	s_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTION	s_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTION	s_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTION	s_approx_iso_adps

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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