PDB-5tsl: Molecular Dynamics Flexible Fitting Model of Coxsackievirus A16 e...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tsl

タイトル

Molecular Dynamics Flexible Fitting Model of Coxsackievirus A16 empty Procapsid VP3 Subunit

要素

coxsackievirus A16

キーワード

VIRUS / coxsackievirus

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å

データ登録者

Fan, C. / Cong, Y. / Ye, X. / Huang, Z.

引用

ジャーナル: J Virol / 年: 2017
タイトル: Beta-Propiolactone Inactivation of Coxsackievirus A16 Induces Structural Alteration and Surface Modification of Viral Capsids.
著者: Chen Fan / Xiaohua Ye / Zhiqiang Ku / Liangliang Kong / Qingwei Liu / Cong Xu / Yao Cong / Zhong Huang /

要旨: Beta-propiolactone (BPL) is an inactivating agent that is widely used in the vaccine industry. However, its effects on vaccine protein antigens and its mechanisms of action remain poorly understood. ...Beta-propiolactone (BPL) is an inactivating agent that is widely used in the vaccine industry. However, its effects on vaccine protein antigens and its mechanisms of action remain poorly understood. Here we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of BPL-treated coxsackievirus A16 (CVA16) mature virions and procapsids at resolutions of 3.9 Å and 6.5 Å, respectively. Notably, both particles were found to adopt an expanded conformation resembling the 135S-like uncoating intermediate, with characteristic features including an opened 2-fold channel, the externalization of the N terminus of VP1 capsid protein, and the absence of pocket factor. However, major neutralizing epitopes are very well preserved on these particles. Further biochemical analyses revealed that BPL treatment impairs the abilities of CVA16 particles to bind to the attachment receptor heparan sulfate and to a conformation-dependent monoclonal antibody in a BPL dose-dependent manner, indicating that BPL is able to modify surface-exposed amino acid residues. Taken together, our results demonstrate that BPL treatment may induce alteration of the overall structure and surface properties of a nonenveloped viral capsid, thus revealing a novel mode of action of BPL. Beta-propiolactone (BPL) is commonly used as an inactivating reagent to produce viral vaccines. It is recognized that BPL inactivates viral infectivity through modification of viral nucleic acids. However, its effect on viral proteins remains largely unknown. Here, we present high-resolution cryo-EM structures of BPL-treated coxsackievirus A16 (CVA16) mature virions and procapsids, which reveals an expanded overall conformation and characteristic features that are typical for the 135S-like uncoating intermediate. We further show that the BPL concentration affects the binding of inactivated CVA16 particles to their receptor/antibody. Thus, BPL treatment can alter the overall structure and surface properties of viral capsids, which may lead to antigenic and immunogenic variations. Our findings provide important information for future development of BPL-inactivated vaccines.

履歴

登録	2016年10月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月23日	Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell / em_image_scans Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

ムービー	生物学的単位 - complete icosahedral assembly Jmolによる作画ダウンロード生物学的単位 - icosahedral pentamer Jmolによる作画ダウンロード生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer Jmolによる作画ダウンロード登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード単純化した表面モデル + あてはめた原子モデルマップデータ: EMDB-8325 Jmolによる作画ダウンロード PDB-5tsk との合成表示 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-8325 + PDB-5tsk UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

ムービー

生物学的単位 - complete icosahedral assembly
Jmolによる作画
ダウンロード

生物学的単位 - icosahedral pentamer
Jmolによる作画
ダウンロード

生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
Jmolによる作画
ダウンロード

登録構造単位
Jmolによる作画
ダウンロード

単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
マップデータ: EMDB-8325
Jmolによる作画
ダウンロード

PDB-5tsk との合成表示
Jmolによる作画
ダウンロード

EMマップとの重ね合わせ
マップデータ: EMDB-8325
+ PDB-5tsk
UCSF Chimeraによる作画
ダウンロード

ムービービューア

構造ビューア

分子:

Molmil

Jmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tsl.cif.gz	52.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tsl.ent.gz	35.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tsl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tsl_validation.pdf.gz	989.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tsl_full_validation.pdf.gz	991 KB	表示
XML形式データ	5tsl_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	5tsl_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/5tsl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/5tsl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8325MC 8324C 5tskC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wds-1 5yhq-1 4rqp-1 3vbr-1 6hbh-1 6acw-1 6iio-1 3iyp-1 6la5-1 7c9t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (21) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

C: coxsackievirus A16

26.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: coxsackievirus A16

x 60

complete icosahedral assembly
1.6 MDa, 60 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
icosahedral asymmetric unit

3

C: coxsackievirus A16

x 5

icosahedral pentamer
133 kDa, 5 ポリマー

4

C: coxsackievirus A16

x 6

icosahedral 23 hexamer
160 kDa, 6 ポリマー

5

登録構造と同一（異なる座標系）
icosahedral asymmetric unit, std point frame

6

C: coxsackievirus A16

x 60

crystal asymmetric unit, crystal frame
1.6 MDa, 60 ポリマー

対称性

点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix
1	given	(1), (1), (1)
2	generate	(0.30901699, -0.5, -0.80901699), (0.5, 0.80901699, -0.30901699), (0.80901699, -0.30901699, 0.5)
3	generate	(-0.80901699, -0.30901699, -0.5), (0.30901699, 0.5, -0.80901699), (0.5, -0.80901699, -0.30901699)
4	generate	(-0.80901699, 0.30901699, 0.5), (-0.30901699, 0.5, -0.80901699), (-0.5, -0.80901699, -0.30901699)
5	generate	(0.30901699, 0.5, 0.80901699), (-0.5, 0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, -0.30901699, 0.5)
6	generate	(-1), (1), (-1)
7	generate	(-0.30901699, 0.5, 0.80901699), (0.5, 0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, -0.5)
8	generate	(0.80901699, 0.30901699, 0.5), (0.30901699, 0.5, -0.80901699), (-0.5, 0.80901699, 0.30901699)
9	generate	(0.80901699, -0.30901699, -0.5), (-0.30901699, 0.5, -0.80901699), (0.5, 0.80901699, 0.30901699)
10	generate	(-0.30901699, -0.5, -0.80901699), (-0.5, 0.80901699, -0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, -0.5)
11	generate	(-1), (-1), (1)
12	generate	(-0.30901699, 0.5, 0.80901699), (-0.5, -0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, -0.30901699, 0.5)
13	generate	(0.80901699, 0.30901699, 0.5), (-0.30901699, -0.5, 0.80901699), (0.5, -0.80901699, -0.30901699)
14	generate	(0.80901699, -0.30901699, -0.5), (0.30901699, -0.5, 0.80901699), (-0.5, -0.80901699, -0.30901699)
15	generate	(-0.30901699, -0.5, -0.80901699), (0.5, -0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, -0.30901699, 0.5)
16	generate	(1), (-1), (-1)
17	generate	(0.30901699, -0.5, -0.80901699), (-0.5, -0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, -0.5)
18	generate	(-0.80901699, -0.30901699, -0.5), (-0.30901699, -0.5, 0.80901699), (-0.5, 0.80901699, 0.30901699)
19	generate	(-0.80901699, 0.30901699, 0.5), (0.30901699, -0.5, 0.80901699), (0.5, 0.80901699, 0.30901699)
20	generate	(0.30901699, 0.5, 0.80901699), (0.5, -0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, -0.5)
21	generate	(-1), (-1), (1)
22	generate	(-0.5, -0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, -0.5), (0.30901699, -0.5, -0.80901699)
23	generate	(-0.30901699, -0.5, 0.80901699), (-0.5, 0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, -0.30901699, -0.5)
24	generate	(0.30901699, -0.5, 0.80901699), (0.5, 0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, 0.5)
25	generate	(0.5, -0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, -0.5), (0.30901699, 0.5, 0.80901699)
26	generate	(-1), (1), (-1)
27	generate	(-0.5, -0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, -0.30901699, 0.5), (-0.30901699, 0.5, 0.80901699)
28	generate	(-0.30901699, -0.5, 0.80901699), (0.5, -0.80901699, -0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, 0.5)
29	generate	(0.30901699, -0.5, 0.80901699), (-0.5, -0.80901699, -0.30901699), (0.80901699, -0.30901699, -0.5)
30	generate	(0.5, -0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, -0.30901699, 0.5), (-0.30901699, -0.5, -0.80901699)
31	generate	(1), (-1), (-1)
32	generate	(0.5, 0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, -0.5), (-0.30901699, 0.5, 0.80901699)
33	generate	(0.30901699, 0.5, -0.80901699), (-0.5, 0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, 0.5)
34	generate	(-0.30901699, 0.5, -0.80901699), (0.5, 0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, -0.30901699, -0.5)
35	generate	(-0.5, 0.80901699, -0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, -0.5), (-0.30901699, -0.5, -0.80901699)
36	generate	(1), (1), (1)
37	generate	(0.5, 0.80901699, -0.30901699), (0.80901699, -0.30901699, 0.5), (0.30901699, -0.5, -0.80901699)
38	generate	(0.30901699, 0.5, -0.80901699), (0.5, -0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, -0.30901699, -0.5)
39	generate	(-0.30901699, 0.5, -0.80901699), (-0.5, -0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, 0.5)
40	generate	(-0.5, 0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, -0.30901699, 0.5), (0.30901699, 0.5, 0.80901699)
41	generate	(1), (-1), (-1)
42	generate	(0.80901699, -0.30901699, 0.5), (-0.30901699, 0.5, 0.80901699), (-0.5, -0.80901699, 0.30901699)
43	generate	(0.5, -0.80901699, -0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, 0.5), (-0.30901699, -0.5, 0.80901699)
44	generate	(-0.5, -0.80901699, -0.30901699), (0.80901699, -0.30901699, -0.5), (0.30901699, -0.5, 0.80901699)
45	generate	(-0.80901699, -0.30901699, 0.5), (-0.30901699, -0.5, -0.80901699), (0.5, -0.80901699, 0.30901699)
46	generate	(-1), (1), (-1)
47	generate	(-0.80901699, 0.30901699, -0.5), (0.30901699, -0.5, -0.80901699), (-0.5, -0.80901699, 0.30901699)
48	generate	(-0.5, 0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, -0.30901699, -0.5), (-0.30901699, -0.5, 0.80901699)
49	generate	(0.5, 0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, 0.5), (0.30901699, -0.5, 0.80901699)
50	generate	(0.80901699, 0.30901699, -0.5), (0.30901699, 0.5, 0.80901699), (0.5, -0.80901699, 0.30901699)
51	generate	(1), (1), (1)
52	generate	(0.80901699, -0.30901699, 0.5), (0.30901699, -0.5, -0.80901699), (0.5, 0.80901699, -0.30901699)
53	generate	(0.5, -0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, -0.30901699, -0.5), (0.30901699, 0.5, -0.80901699)
54	generate	(-0.5, -0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, 0.5), (-0.30901699, 0.5, -0.80901699)
55	generate	(-0.80901699, -0.30901699, 0.5), (0.30901699, 0.5, 0.80901699), (-0.5, 0.80901699, -0.30901699)
56	generate	(-1), (-1), (1)
57	generate	(-0.80901699, 0.30901699, -0.5), (-0.30901699, 0.5, 0.80901699), (0.5, 0.80901699, -0.30901699)
58	generate	(-0.5, 0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, 0.5), (0.30901699, 0.5, -0.80901699)
59	generate	(0.5, 0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, -0.30901699, -0.5), (-0.30901699, 0.5, -0.80901699)
60	generate	(0.80901699, 0.30901699, -0.5), (-0.30901699, -0.5, -0.80901699), (-0.5, 0.80901699, -0.30901699)

#1: タンパク質	coxsackievirus A16 分子量: 26654.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) 細胞株: Vero / 株: SZ05 / 参照: UniProt: A9LXZ4*PLUS

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: coxsackievirus A16 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
ウイルスについての詳細	中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主	生物種: Homo sapiens
緩衝液	pH: 7.6
緩衝液成分	濃度: 0.15 M / 名称: phosphate buffered saline(PBS) buffer
試料	濃度: 3.22 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 57000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 0.05 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 90 K / 最低温度: 70 K
撮影	平均露光時間: 1.1 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å² / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	jspr		粒子像選択
4	jspr		CTF補正
7	NAMD	2.1	モデルフィッティング
9	jspr		初期オイラー角割当
10	jspr		最終オイラー角割当
11	jspr		分類
12	jspr		３次元再構成
13	NAMD	2.1	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING ONLY

対称性

点対称性: I (正20面体型対称)

3次元再構成

解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1642 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: Weighting factor of 0.5 was chosen to weigh the contribution of the cryo-EM map in the molecular dynamic simulation. The simulation started with 20 000 steps of minimization followed by 100 ...

原子モデル構築

PDB-ID: 4JGY

4jgy

PDB chain-ID: C / Accession code: 4JGY / Pdb chain residue range: 1-239 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

精密化

最高解像度: 6.5 Å

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)