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- PDB-5tsh: PilB from Geobacter metallireducens bound to AMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tsh
タイトルPilB from Geobacter metallireducens bound to AMP-PNP
要素Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
キーワードATP-BINDING PROTEIN / PilB / Pilus (性繊毛) / Type IVa Pilus / Extension
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus assembly / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ATPase, type IV, pilus assembly, PilB / Type II secretion system protein GspE, N-terminal / MshEN domain / Beta-Lactamase - #90 / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Β-ラクタマーゼ / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...ATPase, type IV, pilus assembly, PilB / Type II secretion system protein GspE, N-terminal / MshEN domain / Beta-Lactamase - #90 / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Β-ラクタマーゼ / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter metallireducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者McCallum, M. / Tammam, S. / Khan, A. / Burrows, L. / Howell, P.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP 93585 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: The molecular mechanism of the type IVa pilus motors.
著者: McCallum, M. / Tammam, S. / Khan, A. / Burrows, L.L. / Howell, P.L.
履歴
登録2016年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
B: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
C: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
D: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
E: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
F: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)392,63220
ポリマ－389,3126
非ポリマー3,32014
水9,494527
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22840 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area90930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.320, 99.960, 109.790
Angle α, β, γ (deg.)112.99, 106.60, 88.91
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Type IV pilus biogenesis ATPase PilB


分子量: 64885.250 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210) (バクテリア)
株: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: pilB, Gmet_1393 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39VU7

-
非ポリマー , 5種, 541分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, magnesium formate, Tris pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949322119492 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949322119492 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48 Å / Num. obs: 253982 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.995 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.639 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P9R

1p9r


解像度: 2.3→45.755 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2184 2018 1.67 %
Rwork0.1838 --
obs0.1843 120967 98.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.755 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17216 0 186 527 17929
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00417715
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53423996
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.82510791
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432862
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043060
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.35750.34051310.27298319X-RAY DIFFRACTION96
2.3575-2.42130.30781470.24918505X-RAY DIFFRACTION98
2.4213-2.49250.28141470.23378399X-RAY DIFFRACTION98
2.4925-2.5730.25281470.2258535X-RAY DIFFRACTION98
2.573-2.66490.24081430.22358445X-RAY DIFFRACTION98
2.6649-2.77160.24181370.22128508X-RAY DIFFRACTION98
2.7716-2.89770.2911460.22788450X-RAY DIFFRACTION98
2.8977-3.05050.24051420.21618532X-RAY DIFFRACTION98
3.0505-3.24150.28191440.20438582X-RAY DIFFRACTION98
3.2415-3.49170.23141440.18448443X-RAY DIFFRACTION98
3.4917-3.8430.17231490.16718549X-RAY DIFFRACTION99
3.843-4.39870.20191490.15058544X-RAY DIFFRACTION99
4.3987-5.54030.16621420.15058525X-RAY DIFFRACTION99
5.5403-45.76410.19731500.16328613X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8267-0.40730.6681.2094-0.24231.43880.12210.107-0.21490.0101-0.00930.40060.1368-1.1801-00.46590.0111-0.0380.9501-0.00660.624184.070419.00124.1933
21.13360.00020.18982.98040.69341.2039-0.0671-0.04390.0815-0.14410.01080.045-0.1171-0.0196-00.27550.0175-0.01790.3936-0.01390.32103.25431.41018.4289
31.6439-1.61220.29162.594-0.3790.1679-0.2077-0.10230.57510.04120.1487-0.6381-0.21570.0585-0.00010.4037-0.0039-0.04450.4047-0.07650.5097112.949919.283313.2568
41.03631.03020.01141.13280.90650.96730.2676-0.1693-0.34450.1012-0.0815-0.19810.4165-0.0894-00.6602-0.0155-0.04310.48560.10650.6232119.9488-40.121922.6175
51.09180.4402-0.89862.2998-0.67032.4204-0.06890.1886-0.048-0.0824-0.05410.03180.1176-0.104-00.41290.0218-0.0230.42410.00680.3891132.0079-27.282148.8897
60.96270.0164-0.97271.04410.12782.55470.0060.07110.02520.1255-0.0399-0.1596-0.13390.0648-00.34250.0028-0.01930.42650.0330.4247142.0744-15.408931.174
71.66440.80730.24742.1578-0.19060.86940.0604-0.1309-0.0550.164-0.07990.02230.2384-0.211100.53560.0043-0.02540.39050.03810.4461129.8038-41.386767.3044
81.418-1.2816-0.45232.5519-0.15770.99390.1051-0.05990.0241-0.1337-0.1233-0.30630.03710.213500.4594-0.008-0.04970.3610.00820.4016138.0736-13.9473.5526
92.18070.15780.21241.42721.29011.57650.06740.1902-0.2244-0.058-0.11810.54530.0793-0.469600.4915-0.01060.02150.5878-0.03240.515590.684815.88969.5026
100.78650.2931-0.10680.2704-0.52350.50930.10890.01430.17890.0556-0.1060.1415-0.3856-0.066500.6181-0.01840.03180.4868-0.04430.4255106.718923.529847.4684
112.2758-0.3702-0.06671.31460.50972.0427-0.0284-0.2076-0.23380.167-0.05510.25370.1359-0.3305-00.4449-0.00340.02090.4975-00.476298.792215.814938.3954
120.94950.32890.67631.73841.19192.3647-0.01310.18170.05210.05180.0624-0.0656-0.11970.118500.4437-0.00350.0080.3830.0410.3343121.028924.011950.279
132.71260.1501-0.25571.98220.13972.2573-0.0435-0.0314-0.286-0.1295-0.05530.2850.0221-0.2571-00.2856-0.0126-0.03120.4103-0.04670.352194.2153-17.8155-0.0912
141.81780.3511-0.08181.0839-0.19482.0153-0.05630.2252-0.2585-0.1123-0.0227-0.04310.219-0.0755-00.39550.01750.03960.4347-0.03220.4098121.5861-24.9024.8986
151.6115-0.05121.02390.9087-0.292.3828-0.09730.40360.2958-0.2631-0.1222-0.0127-0.1630.354300.37370.03270.04480.49230.03640.4415127.3367-9.9414-6.1626
161.1817-0.2236-0.47381.0903-0.05921.49720.0196-0.0553-0.23020.1445-0.04060.55610.2934-0.4798-00.5466-0.11760.07940.52050.06880.6079108.0057-12.856293.0507
170.6820.15670.20340.3434-0.28390.26960.1177-0.21170.0185-0.0369-0.29180.4134-0.243-0.282800.6591-0.10250.0940.57460.02730.5024111.86733.323692.5272
182.8303-0.4770.11351.3448-0.11111.32110.1116-0.1075-0.0969-0.0289-0.09720.04410.0546-0.055100.4199-0.01510.0260.313-0.0170.3183112.67814.485477.95
190.4997-0.58990.31731.5679-0.78940.9521-0.0242-0.19470.06110.21290.1014-0.067-0.01010.0700.4138-0.0146-0.02540.3556-0.0140.3525129.392311.41894.6781
201.0604-0.28140.37240.80030.49140.7568-0.07230.05540.1564-0.06650.0708-0.1676-0.06170.259-00.3777-0.0293-0.0230.3709-0.03620.3991133.673218.141288.4068
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 182 through 303 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 304 through 398 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 399 through 567 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 181 through 303 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 304 through 423 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 424 through 568 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 180 through 303 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 304 through 567 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 182 through 277 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 278 through 330 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 331 through 423 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 424 through 567 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 182 through 288 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 289 through 398 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 399 through 568 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 180 through 277 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 278 through 303 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 304 through 423 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 424 through 512 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 513 through 567 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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