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- PDB-5tsg: PilB from Geobacter metallireducens bound to ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tsg
タイトルPilB from Geobacter metallireducens bound to ADP
要素Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
キーワードATP-BINDING PROTEIN / PilB / Pilus / Type IVa Pilus / Extension
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus assembly / nucleotide binding / ATP hydrolysis activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATPase, type IV, pilus assembly, PilB / Type II secretion system protein GspE, N-terminal / MshEN domain / Beta-Lactamase - #90 / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...ATPase, type IV, pilus assembly, PilB / Type II secretion system protein GspE, N-terminal / MshEN domain / Beta-Lactamase - #90 / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / FORMIC ACID / Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter metallireducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4011 Å
データ登録者McCallum, M. / Tammam, S. / Khan, A. / Burrows, L. / Howell, P.L.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: The molecular mechanism of the type IVa pilus motors.
著者: McCallum, M. / Tammam, S. / Khan, A. / Burrows, L.L. / Howell, P.L.
履歴
登録2016年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
C: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
D: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,80111
ポリマ－194,6563
非ポリマー1,1458
水181
1
B: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
C: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
D: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
ヘテロ分子

B: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
C: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
D: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)391,60222
ポリマ－389,3126
非ポリマー2,29116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_435x-y-1,-y-2,-z+1/31
Buried area20060 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area96430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.120, 112.120, 299.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 BCD

#1: タンパク質 Type IV pilus biogenesis ATPase PilB


分子量: 64885.250 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210) (バクテリア)
株: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: pilB, Gmet_1393 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39VU7

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非ポリマー , 5種, 9分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: Tris-HCl Formate NaCl PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949322 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.401→48.549 Å / Num. obs: 23642 / % possible obs: 77 % / 冗長度: 8.8 % / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.21 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 3.401→3.52 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 2.78 / CC1/2: 0.854 / % possible all: 12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P9R

1p9r


解像度: 3.4011→48.549 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2896 1153 4.88 %
Rwork0.2732 --
obs0.2741 23614 76.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4011→48.549 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8294 0 62 1 8357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0178492
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45211568
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7064608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631398
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081513
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4011-3.55590.3114250.4089505X-RAY DIFFRACTION14
3.5559-3.74330.3663470.38811141X-RAY DIFFRACTION31
3.7433-3.97770.36111090.38132323X-RAY DIFFRACTION65
3.9777-4.28470.31841900.32113621X-RAY DIFFRACTION100
4.2847-4.71550.32451930.27153620X-RAY DIFFRACTION100
4.7155-5.39710.26681910.26543693X-RAY DIFFRACTION100
5.3971-6.79680.29621960.2833675X-RAY DIFFRACTION100
6.7968-48.55430.24082020.2063883X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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