PDB-5tr2: Crystal structure of the D263G missense variant of human PGM1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tr2

タイトル

Crystal structure of the D263G missense variant of human PGM1

要素

Phosphoglucomutase-1

キーワード

ISOMERASE / phosphohexomutase / enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective PGM1 causes PGM1-CDG / Galactose catabolism / phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) / phosphoglucomutase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose, Leloir pathway / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / Glycogen synthesis / gluconeogenesis / glycolytic process / glucose metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Beamer, L.J. / Stiers, K.M.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Asp263 missense variants perturb the active site of human phosphoglucomutase 1.
著者: Stiers, K.M. / Graham, A.C. / Kain, B.N. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2016年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月29日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tr2.cif.gz	423.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tr2.ent.gz	344.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tr2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/5tr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/5tr2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jn5C 5epcS 5f9c 5hsh S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5epc-2 6uo6-1 5vbi-2 3pmg-1 1jdy-2 5vin-2 6uiq-2 5jn5-1 5f9c-2 5vg7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase-1

B: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

129 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
64.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
64.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	172.124, 172.124, 99.005
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-778- HOH
2	1	B-779- HOH

詳細

Monomer according to Dynamic Light Scattering and Literature

#1: タンパク質	Phosphoglucomutase-1 / PGM 1 / Glucose phosphomutase 1 分子量: 64213.680 Da / 分子数: 2 / 変異: D263G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P36871, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.6 M Ammonium Sulfate, 0.1 M NaCl, and 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00001 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→57.37 Å / Num. obs: 44375 / % possible obs: 85.4 % / 冗長度: 14 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.194 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 2.027 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC_1/2: 0.592 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: 000)	精密化
XDS	VERSION May 1, 2016 BUILT=20160517	データ削減
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EPC

5epc

解像度: 2.5→51.844 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 31.36

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2919	2208	5.01 %
R_work	0.22	-	-
obs	0.2236	44106	85.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→51.844 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7913	0	28	204	8145

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	8193
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.066	11188
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.991	4817
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	1267
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1496

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5544	0.3802	188	0.3051	3001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5544-2.6138	0.3702	163	0.2955	3044	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6138-2.6791	0.4437	147	0.3449	3025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6791-2.7516	0.3506	169	0.3012	3031	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7516-2.8325	0.3684	169	0.2639	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8325-2.924	0.3329	169	0.2699	3036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.924-3.0284	0.303	142	0.2327	3052	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0284-3.1497	0.3285	147	0.2271	3065	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1497-3.293	0.2933	140	0.2217	3052	X-RAY DIFFRACTION	99
3.293-3.4666	0.3265	69	0.2462	1543	X-RAY DIFFRACTION	90
3.6837-3.9681	0.3345	20	0.1885	354	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9681-4.3672	0.2619	172	0.1777	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3672-4.9987	0.2424	181	0.1654	3094	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9987-6.2961	0.2563	168	0.2115	3162	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2961-51.8554	0.2562	164	0.1991	3328	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1563	0.0323	0.0442	0.2905	-0.0672	0.1336	0.0939	-0.1741	0.0664	0.0409	0.0954	0.0264	-0.0805	0.5768	0.2806	0.2296	-0.0553	0.0681	0.4788	-0.1654	0.3157	71.5877	34.7319	-22.3558
2	0.0987	-0.0127	-0.0974	0.0299	-0.0097	0.1714	0.0873	0.1909	0.162	-0.0895	-0.0471	0.0457	0.0462	-0.0477	0.0001	0.2157	0.0452	0.0353	0.1997	0.0109	0.3249	44.4891	30.6156	-29.153
3	0.1969	-0.1181	-0.197	0.3513	-0.0899	0.2154	-0.0685	-0.016	0.0489	0.1458	0.0372	0.0243	0.2974	0.1087	-0.0002	0.269	0.0422	0.0147	0.1812	-0.0447	0.241	43.3451	19.1055	-8.1033
4	0.3322	-0.2294	-0.1976	0.4529	0.1216	0.1056	0.2932	-0.2088	0.0582	0.6094	-0.0757	-0.3786	0.3075	-0.5749	0.2755	0.5866	-0.1392	-0.095	0.4113	0.1167	0.1888	22.9803	57.8296	-35.9881
5	0.1397	-0.1152	0.0875	0.2005	0.1147	0.4349	0.2749	0.1413	-0.42	0.1939	0.425	-0.4282	0.3455	0.1882	0.8274	0.1958	0.0946	-0.1412	-0.316	-0.5751	0.1018	45.9852	65.0805	-44.3457
6	0.6496	-0.0798	-0.1341	0.0401	0.075	0.1324	0.2915	0.0973	0.0457	0.5345	0.0131	-0.1534	-0.0424	0.0007	0.1211	0.7281	-0.087	-0.0664	0.2545	-0.0272	0.3587	44.8858	80.4782	-26.016
7	0.0025	0.0009	0.0101	-0.0025	-0.0016	0.0074	0.0068	-0.1754	-0.0383	0.2152	0.1161	-0.0102	0.039	0.2022	-0	0.8464	0.0106	-0.1913	0.5788	-0.046	0.4856	54.7317	75.0682	-14.4806

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 183 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 184 through 319 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 320 through 562 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 183 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 184 through 293 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 294 through 512 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 513 through 562 )

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