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- PDB-5tp4: Crystal structure of a hydantoinase/carbamoylase family amidase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tp4
タイトルCrystal structure of a hydantoinase/carbamoylase family amidase from Burkholderia ambifaria
要素Amidase, hydantoinase/carbamoylase family
キーワードHYDROLASE / SSGCID / Burkholderia ambifaria / hydantoinase / carbamoylase / amidase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase / N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Amidase, carbamoylase-type / Alpha-Beta Plaits - #360 / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Amidase, hydantoinase/carbamoylase family
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia ambifaria (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a hydantoinase/carbamoylase family amidase from Burkholderia ambifaria
著者: Conrady, D.G. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amidase, hydantoinase/carbamoylase family
B: Amidase, hydantoinase/carbamoylase family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,53525
ポリマ－90,9402
非ポリマー1,59523
水18,9881054
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8450 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area30530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.530, 136.960, 164.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Amidase, hydantoinase/carbamoylase family / BuamA.12245.a


分子量: 45470.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia ambifaria (strain MC40-6) (バクテリア)
株: MC40-6 / 遺伝子: BamMC406_1144 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1YW99, N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase

-
非ポリマー , 5種, 1077分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1054 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.33 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Rigaku Reagents Morpheus screen G2: 10% PEG8000, 20% ethylene glycol, 0.1 M MES/Imidazole pH 6.5, 0.02M sodium formate, 0.02M ammonium acetate, 0.02M trisodium citrate, 0.02M sodium potassium ...詳細: Rigaku Reagents Morpheus screen G2: 10% PEG8000, 20% ethylene glycol, 0.1 M MES/Imidazole pH 6.5, 0.02M sodium formate, 0.02M ammonium acetate, 0.02M trisodium citrate, 0.02M sodium potassium L-tartrate, 0.02M sodium oxamate; BuamA.12245.a.B1.PS37939 at 12.3 mg/ml, tray 274677 g2, puck icb9-10

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 106677 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 14.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 17.87 / Num. measured all: 639016
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.740.5433.6847665774877420.8850.59399.9
1.74-1.790.4594.3446752762576180.9060.50299.9
1.79-1.840.3745.3345294741974100.9350.40999.9
1.84-1.90.3036.4843892716971660.9610.332100
1.9-1.960.2418.142316697969690.9730.26499.9
1.96-2.030.29.6540861677167570.9820.21999.8
2.03-2.110.16311.4439320654465310.9870.17999.8
2.11-2.190.13513.4237419627362590.990.14899.8
2.19-2.290.11115.6635628603560170.9940.12199.7
2.29-2.40.09417.8334125581457970.9960.10399.7
2.4-2.530.08219.6332325552154970.9970.09199.6
2.53-2.690.07121.9530714524452310.9970.07899.8
2.69-2.870.05825.6728813493649280.9980.06499.8
2.87-3.10.04630.4326672459145870.9990.05199.9
3.1-3.40.03835.9524806424442370.9990.04299.8
3.4-3.80.0342.7523018387938760.9990.03399.9
3.8-4.390.02547.75206313435343310.02899.9
4.39-5.380.02349.5317867295929590.9990.025100
5.38-7.60.02643.26136182308230710.028100
7.6-500.02146.8172801377135610.02398.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I4M

5i4m


解像度: 1.7→43.992 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1913 2031 1.91 %
Rwork0.1607 104560 -
obs0.1613 106591 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.32 Å2 / Biso mean: 18.6882 Å2 / Biso min: 4.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→43.992 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5984 0 89 1083 7156
Biso mean--29.75 31.22 -
残基数----814
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096303
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0048580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065982
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061152
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9953794
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.73960.24591360.215967856921100
1.7396-1.78310.23051280.203869437071100
1.7831-1.83130.22681270.191769087035100
1.8313-1.88520.23171390.186468576996100
1.8852-1.9460.18931330.175869357068100
1.946-2.01560.22861490.174768997048100
2.0156-2.09630.19841430.173568797022100
2.0963-2.19170.18061370.166769037040100
2.1917-2.30720.18941180.163569567074100
2.3072-2.45180.20671300.162369507080100
2.4518-2.6410.18811430.162769867129100
2.641-2.90680.20771320.161769787110100
2.9068-3.32730.14761310.147170637194100
3.3273-4.19150.16131450.131171157260100
4.1915-44.00690.19541400.14947403754399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.03850.38320.71565.0368-2.27067.54630.0583-0.32590.01350.3817-0.00720.13430.0678-0.1495-0.02080.1076-0.01980.05120.1165-0.0650.1261-15.564819.95913.7656
21.2210.2604-0.09521.06650.00961.18440.0348-0.00060.194-0.0076-0.01020.0227-0.08830.0021-0.01720.0847-0.00710.00950.0631-0.01760.1293-3.355927.1959-8.1896
30.47980.13930.71430.10050.30191.8356-0.00880.1305-0.008-0.00070.0361-0.00350.030.1447-0.02810.07940.0097-0.00270.11370.00530.1017-9.35775.8568-29.2086
43.09440.163-0.34762.63610.26642.48-0.0003-0.10920.00080.1464-0.04970.10570.0645-0.10260.06610.0978-0.00150.00510.0234-0.00090.0557-7.574111.6569-1.8232
51.3364-0.1751-0.22160.88640.17821.14550.0214-0.08070.11750.01830.0053-0.0225-0.08520.0114-0.02350.0873-0.00160.0020.05450.01080.1074-36.434925.6828-75.8106
60.3366-0.08421.03810.0243-0.2772.5745-0.0126-0.11910.0006-0.01020.01170.00570.017-0.15070.00150.0748-0.0068-0.00290.13340.0020.0968-31.0675.6233-50.2298
71.7245-0.1227-0.45081.5477-0.01012.5044-0.0334-0.08-0.0157-0.0562-0.0129-0.03440.04240.08050.02830.0735-0.0076-0.00580.03040.01040.0703-34.698110.405-77.1725
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 21 )A3 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 182 )A22 - 182
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 183 through 365 )A183 - 365
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 366 through 413 )A366 - 413
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid -3 through 182 )B-3 - 182
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 183 through 345 )B183 - 345
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 346 through 413 )B346 - 413

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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