PDB-5toa: Crystal Structure of ER beta bound to Estradiol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5toa

タイトル

Crystal Structure of ER beta bound to Estradiol

要素

Estrogen receptor beta

キーワード

TRANSCRIPTION / Estrogen receptor / estradiol / Helix 12 / agonist

機能・相同性

機能・相同性情報

receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / ESR-mediated signaling / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Textor, L. / Nascimento, A.S. / Polikarpov, I.

資金援助

ブラジル, 3件

組織	認可番号	国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2014/22007-0	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2013/08293-7	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2012/24750-6	ブラジル

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: An alternative conformation of ER beta bound to estradiol reveals H12 in a stable antagonist position.
著者: Souza, P.C.T. / Textor, L.C. / Melo, D.C. / Nascimento, A.S. / Skaf, M.S. / Polikarpov, I.

履歴

登録	2016年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5toa.cif.gz	194.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5toa.ent.gz	157 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5toa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5toa_validation.pdf.gz	930 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5toa_full_validation.pdf.gz	933 KB	表示
XML形式データ	5toa_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	5toa_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/5toa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/5toa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ollS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6k58-2 5duh-d 6jo1-1 4zfb-d 4ivw-d 1iid-d 4dtz-2 2uwh-5 5eit-d 2x7y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (4) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Estrogen receptor beta

B: Estrogen receptor beta

ヘテロ分子

56.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.811, 83.811, 168.531
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Estrogen receptor beta / ER-beta / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 2 分子量: 28029.234 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 262-509 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR2, ESTRB, NR3A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92731
#2: 化合物	ChemComp-EST / ESTRADIOL / エストラジオ-ル分子量: 272.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₄O₂ / コメント: ホルモン*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.64 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Na-citrate, 10% [w/v] PEG-4000, 10% [v/v] isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月1日
放射	モノクロメーター: Si(111) Silicon Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.45 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→44.4 Å / Num. obs: 24377 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 2697 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OLL

3oll

解像度: 2.5→44.425 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2445	1199	4.92 %
R_work	0.2054	-	-
obs	0.2074	24354	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.425 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3553	0	40	63	3656

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3672
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.597	4990
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.498	2254
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	609
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	610

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5003-2.6004	0.3582	119	0.3157	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6004-2.7187	0.3177	132	0.2825	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7187-2.862	0.2931	128	0.2676	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.862-3.0413	0.3105	135	0.2494	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0413-3.276	0.2902	134	0.2281	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.276-3.6056	0.2536	135	0.2125	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6056-4.127	0.2227	136	0.1854	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
4.127-5.1983	0.2054	137	0.1674	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1983-44.4322	0.2231	143	0.1905	2708	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0556	0.0409	0.0385	0.0664	0.0176	0.0648	0.0466	0.4016	-1.4333	0.4923	-0.6188	-0.5038	0.6743	-0.1683	-0.0005	0.6873	-0.2075	0.0327	0.6518	0.0929	1.232	5.2264	15.1457	5.8191
2	0.5066	-0.5137	0.0896	0.3595	-0.0602	0.7801	0.629	0.4228	-0.1709	0.3119	-0.5561	-0.3184	0.1174	-0.4759	-0.0008	0.4889	-0.0357	-0.0165	0.6829	0.0437	0.5907	8.5694	25.4049	3.3353
3	0.1541	0.3389	-0.0994	1.7961	0.6293	0.7326	0.8585	-0.4198	-0.0339	-0.1191	-0.0856	-1.5603	-0.7091	0.9469	0.0379	0.8474	-0.1487	0.0777	0.4438	-0.011	0.6067	15.786	42.8798	1.6313
4	3.7592	-1.3527	-3.2432	1.9628	1.4736	2.8664	-0.0448	0.8355	0.4439	-0.6853	-0.9552	1.6819	0.1011	-1.5722	-0.0692	1.438	-0.5799	-0.0535	0.6215	0.0578	0.9617	26.2071	54.8885	6.9608
5	2.7895	-0.2436	-0.0862	1.5238	0.0606	2.1149	0.0579	-0.0534	0.0703	0.2006	-0.0263	0.0559	-0.1196	-0.092	-0.0001	0.4714	-0.0106	-0.0079	0.4316	0.0009	0.4873	12.6653	37.7249	12.7421
6	1.8765	-0.2495	-0.0235	2.2834	1.1003	2.6387	0.0919	-0.3145	-0.0133	0.0278	-0.1085	-0.4183	-0.0743	0.2232	-0.0001	0.469	-0.0544	-0.0603	0.5058	0.037	0.5122	23.9907	34.4894	13.2727
7	0.3835	-0.0399	-0.9266	0.0456	-0.0187	2.5183	-0.5576	0.2018	-0.6162	-0.171	0.91	1.4254	2.4634	-1.3755	-0.1182	0.7163	-0.0516	-0.1481	0.7347	0.1664	1.0354	-0.0696	26.3563	24.8684
8	0.7968	0.2054	1.0033	1.2733	0.0732	0.7792	-0.1476	0.081	-1.2857	-0.2432	-0.1844	1.0853	0.1084	0.0296	-0.0006	0.6074	-0.0862	-0.0567	0.4689	0.0332	0.6739	10.2348	16.7353	13.3715
9	1.7053	1.0449	-0.0645	1.0522	0.0183	3.2229	-0.1804	-0.2227	0.0037	0.7308	0.3086	0.1974	0.0008	0.1946	0.0001	0.5793	-0.0091	-0.0877	0.5864	-0.0223	0.5136	20.6959	32.5897	21.0154
10	0.8074	0.8045	-0.7466	2.5572	-0.402	0.6855	-0.1728	0.1587	0.7063	-0.3479	-0.0894	0.3298	-0.2609	-0.238	-0.0003	0.7139	0.0808	0.104	0.55	0.0565	0.7797	3.9114	47.4291	14.1659
11	1.4373	0.8568	1.4529	0.435	0.7124	1.7237	-0.728	0.3292	-2.0369	0.823	0.9145	-1.1056	1.4901	2.0417	0.0809	1.2312	-0.2105	-0.354	0.7947	0.2064	0.8743	30.3139	6.8519	33.4756
12	0.2229	0.2082	0.3041	0.089	0.2268	0.2588	-0.4277	-0.4986	-0.5049	1.2091	-0.2341	0.9164	0.3349	-0.5861	-0.0008	0.9704	0.0003	-0.0931	0.8628	0.1889	0.6416	25.9658	16.2367	45.5799
13	0.275	-0.4409	0.1576	0.7743	-0.2401	0.1115	-0.0977	-0.1072	0.3534	0.3541	-0.4562	-0.3057	-0.4796	0.1286	-0.0137	1.2022	0.0075	0.2152	1.6755	-0.018	0.6154	12.804	34.2011	57.3215
14	2.8161	0.9087	1.0434	2.6428	0.2709	2.6073	0.0013	-0.5205	-0.1327	0.2383	0.1182	0.0268	0.2614	-0.2138	0	0.5878	-0.0318	-0.0497	0.7112	0.0625	0.5176	25.2125	27.188	40.8161
15	0.0601	0.2886	0.4895	0.5921	0.9098	0.933	0.3158	-1.1207	0.5305	0.6341	-0.302	0.1316	-0.1429	-1.2185	-0.0007	0.7073	0.0584	0.1165	1.2749	0.0272	0.7875	9.6027	32.3152	47.9153
16	0.8808	0.5544	1.0144	1.0851	0.0475	1.7088	0.0416	-0.4659	-0.1362	0.14	0.1882	0.2342	0.3528	-0.9638	0	0.5985	-0.0914	-0.0609	0.8737	0.1712	0.6907	13.5064	22.0141	35.4118
17	4.7663	-2.8052	-3.8762	1.5768	2.1901	3.6176	0.4544	0.9632	2.0599	-2.4905	-0.7828	0.9138	-3.2971	0.4051	-0.0853	1.4282	-0.254	-0.1817	0.7387	0.1356	1.0028	29.4509	27.0806	27.3997
18	0.476	-0.8077	0.1505	3.2189	-0.1207	3.6885	0.0543	-0.3036	-0.465	-0.0316	0.2853	0.1113	0.7576	-0.0895	0.0008	0.8057	-0.1076	-0.1599	0.4725	0.0577	0.7569	20.9467	14.1002	25.4633
19	1.2039	-0.2676	0.7269	0.6154	-0.5279	0.6634	0.0279	-0.4969	0.4408	0.4937	0.2278	-0.4045	-0.48	-0.3881	0.0001	0.7822	0.0572	-0.0886	0.8624	-0.0869	0.6991	20.1027	41.1924	38.4311
20	0.1688	-0.0114	-0.0955	0.3179	0.4228	0.3445	-0.2518	-0.3738	-0.1644	0.8207	0.0072	-0.4878	-0.0305	-0.1148	0.0019	0.6119	-0.0736	-0.039	0.619	0.0065	0.6339	34.5715	34.3617	46.1005

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 262:266)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 267:277)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 278:282)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 283:290)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 291:355)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 356:408)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 409:424)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 425:444)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 445:487)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 488:501)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 262:270)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 271:281)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 282:289)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 290:353)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 354:372)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 373:404)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 405:411)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 422:465)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 466:488)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 489:501)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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