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- PDB-5to4: Phospholipase C gamma-1 C-terminal SH2 domain, spacegroup P212121 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5to4
タイトルPhospholipase C gamma-1 C-terminal SH2 domain, spacegroup P212121
要素1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1
キーワードHYDROLASE / SH2 / Phospholipase
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase C activity / phosphoinositide phospholipase C / phospholipid catabolic process / phosphatidylinositol metabolic process / phosphatidylinositol phospholipase C activity / COP9 signalosome / positive regulation of epithelial cell migration / phosphatidylinositol-mediated signaling / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / release of sequestered calcium ion into cytosol ...calcium-dependent phospholipase C activity / phosphoinositide phospholipase C / phospholipid catabolic process / phosphatidylinositol metabolic process / phosphatidylinositol phospholipase C activity / COP9 signalosome / positive regulation of epithelial cell migration / phosphatidylinositol-mediated signaling / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to epidermal growth factor stimulus / ruffle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / ruffle membrane / lamellipodium / in utero embryonic development / calcium ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1, SH3 domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain ...1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1, SH3 domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / PH domain / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / SH2 domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain profile. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand domain / EF-hand domain pair / PH-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Wuttke, D.S. / McKercher, M.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Multimodal Recognition of Diverse Peptides by the C-Terminal SH2 Domain of Phospholipase C-gamma 1 Protein.
著者: McKercher, M.A. / Guan, X. / Tan, Z. / Wuttke, D.S.
履歴
登録2016年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月26日Group: Database references
改定 1.22017年5月10日Group: Database references
改定 1.32023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9901
ポリマ－11,9901
非ポリマー00
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.030, 36.440, 88.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1 / PLC-148 / Phosphoinositide phospholipase C-gamma-1 / Phospholipase C-II / PLC-II / Phospholipase C- ...PLC-148 / Phosphoinositide phospholipase C-gamma-1 / Phospholipase C-II / PLC-II / Phospholipase C-gamma-1 / PLC-gamma-1


分子量: 11989.685 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 663-759 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Scattered electron density was also present for at least two additional polymers, likely low molecular weight polyethylene glycol molecules. However, the molecules could not be fit into the ...詳細: Scattered electron density was also present for at least two additional polymers, likely low molecular weight polyethylene glycol molecules. However, the molecules could not be fit into the density non-ambiguously and were consequently omitted from the model.
由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PLCG1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08487, phosphoinositide phospholipase C
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.01 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate (pH 5.5), 22% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→36.44 Å / Num. all: 12342 / Num. obs: 12342 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 20.08 Å2 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.092 / Rsym value: 0.084 / Net I/av σ(I): 4.706 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 80381
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.7-1.796.60.2672.4197.7
1.79-1.96.80.1953.5197.8
1.9-2.036.80.1414.7198.1
2.03-2.196.80.1145.7197.8
2.19-2.46.60.1016.2198.2
2.4-2.696.40.0847.5198.9
2.69-3.16.30.0778198.9
3.1-3.85.70.0847198.7
3.8-5.386.10.0678.9198.6
5.38-36.4460.05910.4188.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.7 Å36.44 Å
Translation1.7 Å36.44 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K44

4k44


解像度: 1.7→28.114 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2211 614 5 %
Rwork0.1837 --
obs0.1855 12291 97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.19 Å2 / Biso mean: 29.6369 Å2 / Biso min: 10.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→28.114 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数827 0 0 80 907
Biso mean---34.48 -
残基数----99
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01885
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0211195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054119
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006157
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.411545
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.87110.25521520.20642847299997
1.8711-2.14180.2551500.18582879302997
2.1418-2.6980.22251550.1932914306998
2.698-28.11790.20581570.17513037319496

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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