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- PDB-5to1: HtrA2 exposed (L266R, F303A) mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5to1
タイトルHtrA2 exposed (L266R, F303A) mutant
要素Serine protease HTRA2, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / Serine Protease / Parkinson Disease / Mitochondria / PDZ Dynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / negative regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / ceramide metabolic process / regulation of autophagy of mitochondrion / mitochondrial protein catabolic process / CD40 receptor complex / : / programmed cell death ...HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / negative regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / ceramide metabolic process / regulation of autophagy of mitochondrion / mitochondrial protein catabolic process / CD40 receptor complex / : / programmed cell death / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / serine-type endopeptidase complex / adult walking behavior / response to herbicide / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / execution phase of apoptosis / positive regulation of execution phase of apoptosis / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / protein autoprocessing / negative regulation of cell cycle / regulation of multicellular organism growth / neuron development / cellular response to interferon-beta / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / forebrain development / Mitochondrial protein degradation / serine-type peptidase activity / mitochondrial membrane / protein catabolic process / mitochondrial intermembrane space / cytoplasmic side of plasma membrane / cellular response to growth factor stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / unfolded protein binding / peptidase activity / cellular response to heat / cellular response to oxidative stress / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / cytoskeleton / positive regulation of apoptotic process / serine-type endopeptidase activity / chromatin / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
PDZ domain 6 / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily ...PDZ domain 6 / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Roll / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease HTRA2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Merski, M. / Barbosa Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Norte Portugal Regional Operational Programme (NORTE 2020), under the PORTUGAL 2020 Partnership Agreement, through the European Regional Development Fund (ERDF)PortoNeuroDRIve@i3S ポルトガル
引用ジャーナル: Cell Death Dis / 年: 2017
タイトル: Molecular motion regulates the activity of the Mitochondrial Serine Protease HtrA2.
著者: Merski, M. / Moreira, C. / Abreu, R.M. / Ramos, M.J. / Fernandes, P.A. / Martins, L.M. / Pereira, P.J.B. / Macedo-Ribeiro, S.
履歴
登録2016年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease HTRA2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4544
ポリマ－36,1881
非ポリマー2663
水2,954164
1
A: Serine protease HTRA2, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Serine protease HTRA2, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Serine protease HTRA2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,36312
ポリマ－108,5643
非ポリマー7989
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area7040 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area36470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.180, 84.180, 126.772
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Serine protease HTRA2, mitochondrial / High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine ...High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine protease 25 / Serine proteinase OMI


分子量: 36188.094 Da / 分子数: 1 / 変異: L266R and F303A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTRA2, OMI, PRSS25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43464, HtrA2 peptidase
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 1 M LiCl, and 15-20% (w/v) PEG-6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→47.8 Å / Num. obs: 37468 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.882 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LCY

1lcy


解像度: 1.69→47.8 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1975 1870 4.99 %
Rwork0.168 --
obs0.1695 37460 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→47.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2226 0 14 164 2404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092297
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.963132
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6751407
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007409
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6901-1.73580.28821380.26572731X-RAY DIFFRACTION100
1.7358-1.78680.29991280.23032775X-RAY DIFFRACTION100
1.7868-1.84450.22651520.20872708X-RAY DIFFRACTION100
1.8445-1.91050.20081370.18792747X-RAY DIFFRACTION100
1.9105-1.98690.19511260.17832731X-RAY DIFFRACTION99
1.9869-2.07740.18421560.15872771X-RAY DIFFRACTION100
2.0774-2.18690.18921580.15922677X-RAY DIFFRACTION100
2.1869-2.32390.18961480.1622743X-RAY DIFFRACTION100
2.3239-2.50330.21651540.17192745X-RAY DIFFRACTION100
2.5033-2.75520.22011340.17672731X-RAY DIFFRACTION100
2.7552-3.15390.20391510.17242740X-RAY DIFFRACTION100
3.1539-3.97320.17691430.15552741X-RAY DIFFRACTION100
3.9732-47.85290.18521450.15562750X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.264-0.2318-0.72490.4730.71770.6636-0.086-0.18610.07560.1313-0.0040.09540.00690.06480.06970.24360.04630.02170.264-0.02530.2084-16.398514.3109-10.6081
21.5289-0.6522-0.780.98280.72331.5323-0.0356-0.1074-0.0090.1184-0.01040.1282-0.0461-0.11870.04320.19140.01310.02850.2148-0.01320.2083-21.26124.1272-10.8679
31.6220.4566-1.40040.6844-0.33371.8924-0.2365-0.2095-0.4091-0.03550.1104-0.20540.25010.14120.10150.40050.05710.06310.4163-0.0420.4261-24.1267-6.23997.8318
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 142 through 188 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 189 through 370 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 371 through 461 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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