[日本語] English
万見
- PDB-5tnx: Crystal structure of Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain pr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tnx
タイトルCrystal structure of Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein from Burkholderia ambifaria
要素Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Burkholderia ambifaria / Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase [NAD(P)+] activity / formaldehyde catabolic process / : / alcohol dehydrogenase / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia ambifaria (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein from Burkholderia ambifaria
著者: Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2728
ポリマ－39,7041
非ポリマー5687
水5,891327
1
A: Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein
ヘテロ分子

A: Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein
ヘテロ分子

A: Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein
ヘテロ分子

A: Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,08832
ポリマ－158,8164
非ポリマー2,27128
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_865-x+3,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_857-x+3,y,-z+21
crystal symmetry operation4_567x,-y+1,-z+21
Buried area16520 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area48260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.060, 92.650, 120.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-574-

HOH

21A-603-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein / BuamA.10611.c.B1


分子量: 39704.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia ambifaria (strain MC40-6) (バクテリア)
株: MC40-6 / 遺伝子: BamMC406_6306 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1Z4S6
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 % / Mosaicity: 0.158 °
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, A3: 20% PEG 3350, 200mM Ammonium citrate dibasic; BuamA.10611.c.B1.PS37979 at 19.1mg/ml + 2.5mM NADP (not visible in structure); cryo: 20% EG; tray 283195a3, puck kgc9-6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月6日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 47698 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 20.58 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 19.07
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.740.4774.020.921197.8
1.74-1.790.385.010.952198
1.79-1.840.296.280.969198.1
1.84-1.90.2217.870.982198.2
1.9-1.960.1719.850.989198.4
1.96-2.030.13711.820.992198.6
2.03-2.110.10914.540.994198.5
2.11-2.190.09316.640.995198.6
2.19-2.290.07819.180.997198.6
2.29-2.40.0721.60.997198.3
2.4-2.530.06523.690.997198.2
2.53-2.690.05526.840.997197.8
2.69-2.870.04929.740.998197.3
2.87-3.10.04433.010.998197.1
3.1-3.40.04136.360.998196.8
3.4-3.80.0439.230.998195.9
3.8-4.390.03841.570.998194.6
4.39-5.380.03842.070.998193.7
5.38-7.60.03941.180.998192.2
7.6-500.03941.40.998185.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1f8f, chain A

1f8f


解像度: 1.7→42.548 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.25
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1715 2052 4.3 %RANDOM
Rwork0.1483 ---
obs0.1493 47688 97.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.91 Å2 / Biso mean: 29.138 Å2 / Biso min: 13.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→42.548 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2642 0 34 332 3008
Biso mean--38.05 42.28 -
残基数----370
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092794
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9733819
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007509
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7161673
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.73960.20391250.19763045317098
1.7396-1.78310.21111190.18343037315698
1.7831-1.83130.21661310.17113007313898
1.8313-1.88520.19091220.15783045316798
1.8852-1.9460.16251350.15153052318798
1.946-2.01550.17861280.153032316099
2.0155-2.09620.16581440.14863063320799
2.0962-2.19160.18651500.14423059320998
2.1916-2.30720.16631470.14473039318699
2.3072-2.45170.16381350.14673067320298
2.4517-2.6410.17081360.15053048318498
2.641-2.90670.15481470.14793035318297
2.9067-3.32720.18451460.15073043318997
3.3272-4.19130.18281470.14223030317796
4.1913-42.56180.1461400.13933034317492
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.30510.497-0.83471.3559-1.0812.1765-0.0813-0.3682-0.31220.1192-0.0562-0.07280.1120.14220.11340.2086-0.03860.01390.21230.0310.1689106.801432.6346151.2708
20.8861-0.1684-0.33760.41660.09231.62860.03570.0122-0.14290.0398-0.0560.09240.1764-0.16680.02310.1611-0.0615-0.00680.1515-0.00110.1554101.704932.1899128.683
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 141 )A6 - 141
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 142 through 375 )A142 - 375

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る