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- PDB-5tla: Crystal structure of mouse ISG15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tla
タイトルCrystal structure of mouse ISG15
要素Ubiquitin-like protein ISG15
キーワードSIGNALING PROTEIN / ISG15 / Ub / mouse
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein oligomerization / Termination of translesion DNA synthesis / ISG15 antiviral mechanism / ISG15-protein conjugation / PKR-mediated signaling / regulation of type II interferon production / protein localization to mitochondrion / response to type I interferon / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication ...positive regulation of protein oligomerization / Termination of translesion DNA synthesis / ISG15 antiviral mechanism / ISG15-protein conjugation / PKR-mediated signaling / regulation of type II interferon production / protein localization to mitochondrion / response to type I interferon / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of bone mineralization / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of erythrocyte differentiation / integrin-mediated signaling pathway / response to bacterium / response to virus / modification-dependent protein catabolic process / integrin binding / protein tag activity / positive regulation of type II interferon production / defense response to virus / defense response to bacterium / ubiquitin protein ligase binding / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like protein ISG15
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.244 Å
データ登録者Goodwin, O.Y. / Dzimianski, J.V. / Daczkowski, C.M. / Pegan, S.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI109008 米国
United States Department of Agriculture (USDA)58-5030-5-034 米国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural Insights into the Interaction of Coronavirus Papain-Like Proteases and Interferon-Stimulated Gene Product 15 from Different Species.
著者: Daczkowski, C.M. / Dzimianski, J.V. / Clasman, J.R. / Goodwin, O.Y. / Mesecar, A.D. / Pegan, S.D.
履歴
登録2016年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / software
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22017年8月23日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_audit_support / software
Item: _audit_author.name / _citation_author.name ..._audit_author.name / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.version
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like protein ISG15
B: Ubiquitin-like protein ISG15
C: Ubiquitin-like protein ISG15
D: Ubiquitin-like protein ISG15
E: Ubiquitin-like protein ISG15
F: Ubiquitin-like protein ISG15
G: Ubiquitin-like protein ISG15
H: Ubiquitin-like protein ISG15
I: Ubiquitin-like protein ISG15
J: Ubiquitin-like protein ISG15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,68510
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1
A: Ubiquitin-like protein ISG15


分子量 (理論値)分子数
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ポリマ－16,9691
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タイプ名称対称操作数
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手法PISA
2
B: Ubiquitin-like protein ISG15


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タイプ名称対称操作数
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手法PISA
3
C: Ubiquitin-like protein ISG15


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タイプ名称対称操作数
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4
D: Ubiquitin-like protein ISG15


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タイプ名称対称操作数
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手法PISA
5
E: Ubiquitin-like protein ISG15


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6
F: Ubiquitin-like protein ISG15


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7
G: Ubiquitin-like protein ISG15


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8
H: Ubiquitin-like protein ISG15


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9
I: Ubiquitin-like protein ISG15


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10
J: Ubiquitin-like protein ISG15


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手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.759, 60.161, 172.658
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.120, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
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332GLUGLULEULEU(chain C and (resid 77:84 or resid 92:111 or resid 117:150))CC117 - 150118 - 151
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1022ASNASNLEULEU(chain J and (resid 77:84 or resid 92:150))JJ92 - 15093 - 151

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Ubiquitin-like protein ISG15 / Interferon-induced 15 kDa protein / Interferon-induced 17 kDa protein / IP17 / Ubiquitin cross- ...Interferon-induced 15 kDa protein / Interferon-induced 17 kDa protein / IP17 / Ubiquitin cross-reactive protein


分子量: 16968.520 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 1-150 / 変異: C76S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Isg15, G1p2, Ucrp / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q64339

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 12% PEG4000 and 0.2 M sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.244→50 Å / Num. obs: 27964 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/av σ(I): 17.371 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.25-3.312.10.3750.77188
3.31-3.372.30.380.841198.9
3.37-3.432.30.3610.89198.2
3.43-3.52.30.2690.938197.8
3.5-3.582.40.3260.909198.9
3.58-3.662.40.3070.914198.9
3.66-3.752.40.1810.932198.5
3.75-3.852.40.1920.964199
3.85-3.972.40.1410.966198.3
3.97-4.092.40.10.987198.8
4.09-4.242.40.0780.992199.1
4.24-4.412.40.0580.995199.1
4.41-4.612.40.0520.996199.3
4.61-4.852.40.050.996199.4
4.85-5.162.40.0410.997199.5
5.16-5.562.40.0440.996199.3
5.56-6.112.40.0460.996199.4
6.11-72.40.040.997199.4
7-8.812.40.0210.999199.2
8.81-502.30.0120.999198.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2420精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JZE

5jze


解像度: 3.244→42.183 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3091 1396 5 %
Rwork0.2563 26533 -
obs0.2589 27929 98.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 272.01 Å2 / Biso mean: 115.8566 Å2 / Biso min: 46.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.244→42.183 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11491 0 0 0 11491
残基数----1457
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211671
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56715746
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431843
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041992
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5957123
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2448X-RAY DIFFRACTION9.759TORSIONAL
12B2448X-RAY DIFFRACTION9.759TORSIONAL
13C2448X-RAY DIFFRACTION9.759TORSIONAL
14D2448X-RAY DIFFRACTION9.759TORSIONAL
15E2448X-RAY DIFFRACTION9.759TORSIONAL
16F2448X-RAY DIFFRACTION9.759TORSIONAL
17G2448X-RAY DIFFRACTION9.759TORSIONAL
18H2448X-RAY DIFFRACTION9.759TORSIONAL
19I2448X-RAY DIFFRACTION9.759TORSIONAL
110J2448X-RAY DIFFRACTION9.759TORSIONAL
21A3100X-RAY DIFFRACTION9.759TORSIONAL
22B3100X-RAY DIFFRACTION9.759TORSIONAL
23C3100X-RAY DIFFRACTION9.759TORSIONAL
24D3100X-RAY DIFFRACTION9.759TORSIONAL
25E3100X-RAY DIFFRACTION9.759TORSIONAL
26F3100X-RAY DIFFRACTION9.759TORSIONAL
27G3100X-RAY DIFFRACTION9.759TORSIONAL
28H3100X-RAY DIFFRACTION9.759TORSIONAL
29I3100X-RAY DIFFRACTION9.759TORSIONAL
210J3100X-RAY DIFFRACTION9.759TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2439-3.35980.37411370.34382517265494
3.3598-3.49430.39921290.3292612274198
3.4943-3.65320.4581380.33442608274699
3.6532-3.84570.39351500.33232640279099
3.8457-4.08650.341330.26862656278999
4.0865-4.40170.3141480.23722629277799
4.4017-4.84410.30111390.22222670280999
4.8441-5.54370.27911490.22122709285899
5.5437-6.97930.32851190.27972724284399
6.9793-42.18610.23571540.22072768292299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.29370.10332.27280.9226-0.03394.30650.00590.30780.4912-0.0405-0.0475-0.24630.1350.35830.00130.70420.18490.12530.54630.12420.617334.274726.82760.7066
23.734-0.39770.25635.34750.54011.6396-0.3118-0.39040.57690.18260.35430.41520.13840.2491-0.00040.70240.1553-0.04480.6542-0.02790.692219.42742.831867.9989
32.0205-1.24870.14512.4870.97415.49310.42160.1774-0.4019-0.14660.16860.07380.38580.54330.00160.57070.11640.02390.75280.01990.53751.025415.236370.7054
46.6759-1.0985-1.90132.8020.01233.46880.008-0.4995-0.5171-0.2932-0.01380.77640.1753-0.07380.00020.72050.1382-0.20540.57090.07330.8593-2.621548.315466.8642
54.7256-1.8245-0.16725.6347-2.22032.1036-0.37460.17140.1503-0.29830.0409-0.74140.15850.0820.0010.58160.0527-0.0440.7691-0.04430.721369.61784.103163.1635
63.2481.77870.27272.6763-0.63653.7763-0.10610.08150.61820.33650.17370.1876-0.32240.3485-0.00111.033-0.10830.17640.8085-0.01771.139437.2534.455626.6698
75.34073.9625-0.55913.5602-0.17923.6089-0.28690.5995-0.2808-0.5050.1597-0.95340.1514-0.1538-0.00140.937-0.00760.2210.77570.0781.115322.438519.302621.9426
85.50891.0453.0273.45940.65951.6424-0.73610.65041.4792-0.30980.30980.1706-0.01191.1408-0.03640.7767-0.24870.05681.28710.21690.923555.353543.80419.008
93.63911.2189-0.20394.30681.94531.6439-0.309-0.06140.205-1.02920.28571.0899-0.1049-0.2251-0.00230.8669-0.1903-0.1310.83840.34931.7110.860712.262423.9435
101.8886-0.44771.45052.5591-0.07630.6335-0.85670.4351.1952-0.34460.51270.14390.09160.9214-0.00641.1169-0.218-0.14431.38330.25551.456374.787952.626727.9083
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 0:150)A0 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 0:150)B0 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 1:150)C1 - 150
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 3:150)D3 - 150
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resid 1:150)E1 - 150
6X-RAY DIFFRACTION6(chain F and resid 0:150)F0 - 150
7X-RAY DIFFRACTION7(chain G and resid 2:150)G2 - 150
8X-RAY DIFFRACTION8(chain H and resid 3:150)H3 - 150
9X-RAY DIFFRACTION9(chain I and resid 3:150)I3 - 150
10X-RAY DIFFRACTION10(chain J and resid 0:150)J0 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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