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- PDB-5tl5: COMPLEX BETWEEN HUMAN CD27 AND ANTIBODY M2177 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tl5
タイトルCOMPLEX BETWEEN HUMAN CD27 AND ANTIBODY M2177
要素
  • CD27 antigen
  • M2177 HEAVY CHAIN
  • M2177 LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


TNFs bind their physiological receptors / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of B cell differentiation / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / immunoglobulin mediated immune response / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / transmembrane signaling receptor activity ...TNFs bind their physiological receptors / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of B cell differentiation / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / immunoglobulin mediated immune response / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / transmembrane signaling receptor activity / response to ethanol / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / negative regulation of apoptotic process / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 7 / Tumour necrosis factor receptor 7, N-terminal / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T. / Gilliland, G.L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of CD27 in complex with a neutralizing noncompeting antibody.
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Gilliland, G.L.
履歴
登録2016年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / entity_poly / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: M2177 LIGHT CHAIN
H: M2177 HEAVY CHAIN
A: CD27 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7625
ポリマ－60,4443
非ポリマー3172
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area24980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)274.200, 37.410, 61.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 M2177 LIGHT CHAIN


分子量: 23712.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 M2177 HEAVY CHAIN


分子量: 24444.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#3: タンパク質 CD27 antigen / CD27L receptor / T-cell activation antigen CD27 / T14 / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 7


分子量: 12287.896 Da / 分子数: 1 / Fragment: Extracellular domain residues 21-121 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD27, TNFRSF7 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P26842
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 306分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES PH 6.5, 17% PEG 4000, 0.2 M AMMONIUM CITRATE
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月19日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 56791 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IQW

1iqw


解像度: 1.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.761 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.119
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23178 1138 2 %RANDOM
Rwork0.1965 ---
obs0.19725 54736 95.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.24 Å20 Å2-1.24 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4069 0 19 305 4393
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224214
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1461.9555738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1365539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.90424.675169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.18915666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3461515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined00.0213201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.01122686
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.62944331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it12.661881528
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it16.178881405
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 76 -
Rwork0.276 3911 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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