PDB-5tjr: X-ray Crystal structure of a methylmalonate semialdehyde dehydrog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tjr

タイトル

X-ray Crystal structure of a methylmalonate semialdehyde dehydrogenase from Pseudomonas sp. AAC

要素

Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / industrial biotechnology / hexamer

機能・相同性

機能・相同性情報

methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (acylating, NAD) activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas sp. AAC (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Newman, J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structural Analysis Provides Mechanistic Insight into Nicotine Oxidoreductase from Pseudomonas putida.
著者: Tararina, M.A. / Janda, K.D. / Allen, K.N.

履歴

登録	2016年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tjr.cif.gz	528.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tjr.ent.gz	430.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tjr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tjr_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tjr_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	5tjr_validation.xml.gz	95.5 KB	表示
CIF形式データ	5tjr_validation.cif.gz	128.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/5tjr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/5tjr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ttjC 5ttkC 4zz7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	0210 0362 6he7-d 9698 1j2q-d 0359 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

B: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

C: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

D: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

E: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

F: Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

346 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.891, 156.631, 192.246
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	34 - 527
2	1	B	34 - 527
1	2	A	35 - 527
2	2	C	35 - 527
1	3	A	35 - 527
2	3	D	35 - 527
1	4	A	35 - 527
2	4	E	35 - 527
1	5	A	34 - 527
2	5	F	34 - 527
1	6	B	35 - 527
2	6	C	35 - 527
1	7	B	35 - 527
2	7	D	35 - 527
1	8	B	35 - 527
2	8	E	35 - 527
1	9	B	34 - 527
2	9	F	34 - 527
1	10	C	35 - 527
2	10	D	35 - 527
1	11	C	35 - 527
2	11	E	35 - 527
1	12	C	35 - 527
2	12	F	35 - 527
1	13	D	35 - 527
2	13	E	35 - 527
1	14	D	35 - 527
2	14	F	35 - 527
1	15	E	35 - 527
2	15	F	35 - 527

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase 分子量: 57344.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas sp. AAC (バクテリア) 遺伝子: FG99_15390 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A081YAY7
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.49 % / 解説: rhombohedral crystals
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: Protein at 5 mg/mL with added acetyl-CoA; crystal conditions were 100 mM bis-tris propane at pH 7.6, 24% PEG 3350, 210 mM trisodium citr ate in 150 plus 150 nL drops.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→49.6 Å / Num. obs: 74332 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.178 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 2.95→3.01 Å / 冗長度: 15 % / R_merge(I) obs: 1.607 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC_1/2: 0.818 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4zz7

4zz7

解像度: 2.95→49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 20.929 / SU ML: 0.363 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.407 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24862	3714	5 %	RANDOM
R_work	0.21236	-	-	-
obs	0.21417	70516	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.029 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.13 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	7.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.95→49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20813	0	135	16	20964

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	21403
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	20444
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.686	1.97	29099
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.058	3	46919
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.984	5	2741
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.035	23.993	894
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.191	15	3356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.73	15	133
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	3278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	24386
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4752
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.171	7.021	11033
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.166	7.021	11032
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.042	10.523	13751
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.043	10.523	13752
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.306	7.526	10370
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.306	7.526	10371
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.656	11.063	15349
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	14.274		86950
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	14.274		86951
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	27012	0.11
1	2	B	27012	0.11
2	1	A	26678	0.12
2	2	C	26678	0.12
3	1	A	26768	0.11
3	2	D	26768	0.11
4	1	A	26884	0.11
4	2	E	26884	0.11
5	1	A	26872	0.11
5	2	F	26872	0.11
6	1	B	26520	0.12
6	2	C	26520	0.12
7	1	B	27218	0.11
7	2	D	27218	0.11
8	1	B	26768	0.11
8	2	E	26768	0.11
9	1	B	26824	0.11
9	2	F	26824	0.11
10	1	C	26328	0.12
10	2	D	26328	0.12
11	1	C	26390	0.11
11	2	E	26390	0.11
12	1	C	26406	0.12
12	2	F	26406	0.12
13	1	D	26380	0.11
13	2	E	26380	0.11
14	1	D	26556	0.11
14	2	F	26556	0.11
15	1	E	26720	0.11
15	2	F	26720	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.026 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	268	-
R_work	0.356	5126	-
obs	-	-	99.96 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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