PDB-5tgt: Crystal structure of glytamyl-tRNA synthetase GluRS from Pseudomo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tgt

タイトル

Crystal structure of glytamyl-tRNA synthetase GluRS from Pseudomonas aeruginosa

要素

Glutamate--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / SSGCID / glutamyl-tRNA synthetase / GluRS / Pseudomonas aeruginosa / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of glytamyl-tRNA synthetase GluRS from Pseudomonas aeruginosa
著者: Mayclin, S.J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tgt.cif.gz	364.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tgt.ent.gz	294.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tgt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tgt_validation.pdf.gz	703 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tgt_full_validation.pdf.gz	709.5 KB	表示
XML形式データ	5tgt_validation.xml.gz	33.1 KB	表示
CIF形式データ	5tgt_validation.cif.gz	46.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/5tgt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/5tgt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4griS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1mhh-d 7bv5-d 6ivx-d 5cgm-d 2pe3-d 6z1g-d 3edd-1 4n0q-d 6c0r-d 4pgp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Glutamate--tRNA ligase

B: Glutamate--tRNA ligase

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.840, 138.660, 202.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glutamate--tRNA ligase / Glutamyl-tRNA synthetase / GluRS 分子量: 57857.371 Da / 分子数: 2 / 断片: PsaeA.01348.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: gltX, PA3134 / プラスミド: PsaeA.01348.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9XCL6, glutamate-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 % / Mosaicity: 0.18 °
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: JCSG+ D9(271290d9): 170mM Ammonium Sulfate, 25.5% w/v PEG4000 15% v/v glycerol, 2mM BSI100156; dc; 24mg/mL; dkp0-3

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月13日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.45→45.061 Å / Num. obs: 49576 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 47.01 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 0.983 / Net I/σ(I): 19.61 / Num. measured all: 303206

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.45-2.51		0.496	3.54	22154	3564	3564	0.899	0.541	100
2.51-2.58		0.4	4.37	22072	3541	3540	0.929	0.436	100
2.58-2.66		0.339	5.17	21408	3442	3440	0.944	0.37	99.9
2.66-2.74		0.271	6.44	20851	3333	3333	0.961	0.295	100
2.74-2.83		0.21	8.08	19859	3205	3204	0.975	0.229	100
2.83-2.93		0.173	9.61	19820	3185	3184	0.984	0.189	100
2.93-3.04		0.14	11.62	18571	2988	2986	0.989	0.153	99.9
3.04-3.16		0.104	15.12	18122	2932	2930	0.994	0.113	99.9
3.16-3.3		0.084	18.5	17273	2791	2787	0.995	0.091	99.9
3.3-3.46		0.067	22.29	16605	2691	2690	0.997	0.073	100
3.46-3.65		0.054	26.97	15836	2578	2576	0.998	0.059	99.9
3.65-3.87		0.046	31.37	14818	2425	2422	0.998	0.051	99.9
3.87-4.14		0.043	34.54	13671	2270	2267	0.998	0.047	99.9
4.14-4.47		0.039	38.05	12863	2151	2151	0.999	0.042	100
4.47-4.9		0.036	41.06	11784	1979	1977	0.998	0.04	99.9
4.9-5.48		0.037	39.34	10712	1814	1814	0.999	0.041	100
5.48-6.33		0.036	38.44	9450	1606	1605	0.999	0.04	99.9
6.33-7.75		0.031	42.56	8115	1397	1392	0.999	0.033	99.6
7.75-10.96		0.025	46.48	6063	1084	1081	0.999	0.027	99.7
	10.96	0.024	44.76	3159	659	633	0.999	0.027	96.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GRI

4gri

解像度: 2.45→45.061 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2296	1976	3.99 %
R_work	0.1835	47594	-
obs	0.1853	49570	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.8 Å² / B_iso mean: 55.4079 Å² / B_iso min: 27.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.45→45.061 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6927	0	99	104	7130
B_iso mean	-	-	92.93	49.28	-
残基数	-	-	-	-	914

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7247
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.067	9891
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1078
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1279
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.813	4250

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.45-2.5113	0.2896	126	0.2243	3315	3441	100
2.5113-2.5792	0.256	139	0.2037	3368	3507	100
2.5792-2.6551	0.2726	148	0.207	3334	3482	100
2.6551-2.7408	0.265	144	0.2072	3364	3508	100
2.7408-2.8387	0.2638	142	0.1996	3328	3470	100
2.8387-2.9524	0.2513	133	0.2002	3382	3515	100
2.9524-3.0867	0.2271	138	0.1974	3375	3513	100
3.0867-3.2494	0.2852	147	0.1979	3361	3508	100
3.2494-3.4529	0.2838	132	0.1977	3378	3510	100
3.4529-3.7194	0.2198	137	0.1803	3416	3553	100
3.7194-4.0935	0.2165	139	0.1674	3422	3561	100
4.0935-4.6853	0.1963	166	0.1504	3442	3608	100
4.6853-5.9008	0.1877	142	0.1815	3460	3602	100
5.9008-45.0682	0.2244	143	0.1849	3649	3792	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6955	-0.8913	-0.8806	2.5936	-0.0477	1.9148	-0.0415	-0.0324	0.2748	0.1908	0.0038	0.2014	0.1589	-0.132	-0.0012	0.4542	-0.0132	-0.0161	0.5322	-0.1292	0.4415	46.431	61.689	41.456
2	2.3007	-0.0791	-0.4206	0.708	0.1751	0.0481	0.2175	0.0911	0.9129	-0.1005	-0.1337	0.2562	0.0224	-0.0285	0.0002	0.5174	0.0369	0.0337	0.5487	-0.1296	0.8987	34.277	81.678	40.561
3	0.8277	-0.3711	-0.1836	3.2703	0.6309	0.2665	0.0438	-0.0962	0.4749	-0.1305	0.0185	-0.326	-0.0557	0.0632	0.0002	0.4702	-0.0094	-0.008	0.5098	-0.0814	0.4703	53.977	60.537	33.715
4	0.9603	-0.8376	-0.2963	1.8769	-1.5522	1.5278	0.0264	-0.006	0.0247	-0.1048	0.2086	0.4141	-0.1093	-0.2476	0.0035	0.4242	0.0274	-0.0433	0.4452	-0.0111	0.3651	34.46	44.169	17.606
5	1.4501	0.7946	0.0586	2.4321	-0.4592	0.5009	-0.0158	0.0818	-0.5409	-0.0614	0.1389	0.3404	0.0502	-0.0616	0.0007	0.5085	-0.0032	0.0334	0.4772	-0.1301	0.6733	33.518	57.951	69.43
6	1.1034	0.287	0.1183	2.2288	-0.0414	-0.07	-0.0013	-0.0367	-0.5066	0.1538	0.0279	-0.1833	0.0935	0.0132	0.0006	0.5389	-0.0095	0.0329	0.4898	-0.0251	0.4718	42.15	68.601	77.556
7	2.0986	0.3101	-0.104	1.6104	-0.3296	2.956	0.0594	-0.0731	-0.1188	0.0692	0.1331	0.3222	0.1569	-0.5019	0.0004	0.4393	-0.0372	0.0381	0.4292	0.0005	0.373	25.501	86.407	89.248

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 10:73 )	A	10 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 74:202 )	A	74 - 202
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 203:349 )	A	203 - 349
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 350:493 )	A	350 - 493
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 11:146 )	B	11 - 146
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 147:381 )	B	147 - 381
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 382:493 )	B	382 - 493

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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