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- PDB-5tfp: Crystal Structure of the SETDB2 Amino Terminal Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tfp
タイトルCrystal Structure of the SETDB2 Amino Terminal Domain
要素Histone-lysine N-methyltransferase SETDB2
キーワードTRANSFERASE / lysine methyltransferase / helical handshake motif / dimerization domain
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-N6,N6-dimethyl-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9 monomethyltransferase activity / heterochromatin organization / left/right axis specification / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3 methyltransferase activity / heart looping / chromosome segregation / PKMTs methylate histone lysines / mitotic cell cycle ...[histone H3]-N6,N6-dimethyl-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9 monomethyltransferase activity / heterochromatin organization / left/right axis specification / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3 methyltransferase activity / heart looping / chromosome segregation / PKMTs methylate histone lysines / mitotic cell cycle / chromosome / methylation / negative regulation of gene expression / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Pre-SET motif / Pre-SET domain / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. ...: / : / Pre-SET motif / Pre-SET domain / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Histone-lysine N-methyltransferase SETDB2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Khorasanizadeh, S. / Kim, Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Identification of a helical dimerization domain in SETDB2 lysine methyltransferase
著者: Khorasanizadeh, S. / Kim, Y. / Osborne, T.F. / Rastinejad, F. / Potluri, N. / Su, X. / Roqueta-Rivera, M.
履歴
登録2016年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase SETDB2
B: Histone-lysine N-methyltransferase SETDB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,80712
ポリマ－14,8282
非ポリマー97910
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area7180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.474, 69.474, 120.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-219-

HOH

21B-216-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase SETDB2 / Chronic lymphocytic leukemia deletion region gene 8 protein / Lysine N-methyltransferase 1F / SET ...Chronic lymphocytic leukemia deletion region gene 8 protein / Lysine N-methyltransferase 1F / SET domain bifurcated 2


分子量: 7413.893 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-64 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SETDB2, C13orf4, CLLD8, KMT1F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96T68, histone-lysine N-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M ammonium tartrate (pH 6.0) and 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
ReflectionLimit h max: 30 / Limit h min: 0 / Limit k max: 17 / Limit k min: 0 / Limit l max: 60 / Limit l min: 0 / 数: 12742 / D res high: 1.97 Å / D res low: 60.166 Å / Num. obs: 12061
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 12089 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/av σ(I): 22.741 / Net I/σ(I): 8.8
Reflection scaleGroup code: 1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2-2.0380.7710.8631100
2.03-2.0780.6040.914199.8
2.07-2.118.20.5670.922199.8
2.11-2.158.10.4240.95199.8
2.15-2.28.10.3980.959199.8
2.2-2.258.20.3810.962199.8
2.25-2.318.10.2890.968199.7
2.31-2.378.10.2480.978199.8
2.37-2.448.10.2170.986199.8
2.44-2.528.10.1830.985199.3
2.52-2.618.20.1490.987199.3
2.61-2.7180.1290.993199.7
2.71-2.848.10.1120.992199.3
2.84-2.9980.0940.992199.3
2.99-3.1780.0780.991199
3.17-3.4280.070.985199
3.42-3.767.90.0630.994198.3
3.76-4.317.70.0520.994198.1
4.31-5.437.60.0460.994197.5
5.43-507.20.0390.989191.1

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
MLPHARE位相決定
PHENIX(dev-1593)精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→34.74 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.181 --
Rwork0.1619 --
obs0.1629 11469 98.8 %
原子変位パラメータBiso max: 104.98 Å2 / Biso mean: 31.1359 Å2 / Biso min: 9.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数943 0 64 52 1059
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.1963 145
Rwork0.1793 -
obs-2573
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.51533.12081.28132.371.09142.1017-0.10030.2632-0.5597-0.1740.1331-0.4146-0.01870.31040.03960.17130.02430.02750.14140.01650.145150.022624.018917.7771
25.49835.79523.6137.97974.68586.57210.1087-0.13970.20110.2641-0.27570.11340.05310.01620.15780.08830.01530.0160.1170.00930.12637.623823.506926.0601
35.4302-2.644-0.61888.0086-1.52358.40540.01570.28510.2443-0.27150.28971.28020.2576-1.0469-0.24920.13060.0128-0.02410.3016-0.00040.295124.650223.91823.6125
42.82773.15970.83943.82790.88742.2909-0.21150.37330.7491-0.28870.11070.2546-0.29980.06880.16110.1527-0.0325-0.00940.16230.02670.133144.099433.672518.9581
53.49042.75250.25453.3996-1.24684.1230.2472-0.4171-0.32710.3759-0.0528-0.45690.22640.4796-0.1270.06430.0076-0.00130.2826-0.01580.196151.608326.488126.5339
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ( resid 7 through 42 )A7 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ( resid 43 through 64 )A43 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and ( resid 5 through 21 )B5 - 21
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and ( resid 22 through 42 )B22 - 42
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and ( resid 43 through 62 )B43 - 62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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