[日本語] English
万見
- PDB-5tf6: Structure and conformational plasticity of the U6 small nuclear r... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tf6
タイトルStructure and conformational plasticity of the U6 small nuclear ribonucleoprotein core
要素
  • U4/U6 snRNA-associated-splicing factor PRP24
  • U6 snRNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / ribonucleoprotein / spliceosome / snRNP / U6 / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


U6 snRNP / snRNA binding / spliceosomal complex assembly / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U6 snRNA binding / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / ribonucleoprotein complex / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Occluded RNA-recognition motif / Prp24, RNA recognition motif1 / Prp24, RNA recognition motif2 / : / Occluded RNA-recognition motif / LSM-interacting domain / Lsm interaction motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif ...Occluded RNA-recognition motif / Prp24, RNA recognition motif1 / Prp24, RNA recognition motif2 / : / Occluded RNA-recognition motif / LSM-interacting domain / Lsm interaction motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / U4/U6 snRNA-associated-splicing factor PRP24
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Montemayor, E.J. / Brow, D.A. / Butcher, S.E.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM065166 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118131 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118075 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Structure and conformational plasticity of the U6 small nuclear ribonucleoprotein core.
著者: Montemayor, E.J. / Didychuk, A.L. / Liao, H. / Hu, P. / Brow, D.A. / Butcher, S.E.
履歴
登録2016年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: U4/U6 snRNA-associated-splicing factor PRP24
B: U6 snRNA
C: U4/U6 snRNA-associated-splicing factor PRP24
D: U6 snRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,62918
ポリマ－132,8314
非ポリマー79814
水13,493749
1
A: U4/U6 snRNA-associated-splicing factor PRP24
B: U6 snRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8419
ポリマ－66,4162
非ポリマー4257
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area29650 Å2
手法PISA
2
C: U4/U6 snRNA-associated-splicing factor PRP24
D: U6 snRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7889
ポリマ－66,4162
非ポリマー3727
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area26190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.921, 84.446, 255.142
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 U4/U6 snRNA-associated-splicing factor PRP24 / U4/U6 snRNP protein


分子量: 43246.758 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 34-400 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PRP24, YMR268C, YM8156.10C / プラスミド: pET3a
詳細 (発現宿主): mutated to contain a C-terminal 6-his tag
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P49960
#2: RNA鎖 U6 snRNA


分子量: 23168.857 Da / 分子数: 2 / Mutation: U100C,U101C / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039022925

-
非ポリマー , 4種, 763分子

#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 749 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 M lithium chloride, 100 mM sodium MES, 64 mM hydrochloric acid, 25% PEG 8,000, 20% glycerol, 1 mM MnCl2, 400 mM potassium chloride, 10 mM HEPES acid, 10 mM Tris base, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.1 Å / Num. obs: 141843 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 50.38 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 17.67

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→49.1 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2316 3782 2.67 %
Rwork0.185 --
obs0.1863 141843 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 261.01 Å2 / Biso mean: 69.6255 Å2 / Biso min: 26.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→49.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5922 2630 39 750 9341
Biso mean--69.7 57.86 -
残基数----856
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0159023
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.77112754
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1091539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2343830
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.32910.37751270.33314787491492
2.3291-2.35980.31261320.32314830496295
2.3598-2.39210.30481420.30035132527499
2.3921-2.42630.32131440.281551465290100
2.4263-2.46250.31481410.266250945235100
2.4625-2.5010.32371400.257451455285100
2.501-2.5420.33841450.25151815326100
2.542-2.58580.31851390.236551475286100
2.5858-2.63280.31741390.237550975236100
2.6328-2.68350.31551420.249851455287100
2.6835-2.73820.36851450.241751685313100
2.7382-2.79780.3021420.229751325274100
2.7978-2.86280.31291390.205951295268100
2.8628-2.93440.22151410.211151415282100
2.9344-3.01380.29491410.200251475288100
3.0138-3.10240.2811380.192651105248100
3.1024-3.20260.22371450.192851475292100
3.2026-3.3170.24691410.197451205261100
3.317-3.44980.25171420.182851375279100
3.4498-3.60670.16531380.170351425280100
3.6067-3.79680.21881400.16551535293100
3.7968-4.03460.22171420.171851795321100
4.0346-4.34590.21971420.149450795221100
4.3459-4.78290.17291410.147251805321100
4.7829-5.47430.21591350.15651405275100
5.4743-6.8940.18371390.166951275266100
6.894-49.11140.17231400.15951265266100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る