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- PDB-5tew: Crystal structure of a tryptophanyl-tRNA synthetase from Neisseri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tew
タイトルCrystal structure of a tryptophanyl-tRNA synthetase from Neisseria gonorrhoeae bound to tryptophan
要素Tryptophan--tRNA ligase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / NIAID / structural genomics (構造ゲノミクス) / aaRS / aminoacyl tRNA synthetase (アミノアシルtRNA合成酵素) / TrpRS / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


トリプトファンtRNAリガーゼ / tryptophan-tRNA ligase activity / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tryptophan-tRNA ligase, bacterial-type / トリプトファンtRNAリガーゼ / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle ...Tryptophan-tRNA ligase, bacterial-type / トリプトファンtRNAリガーゼ / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
トリプトファン / Tryptophan--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a tryptophanyl-tRNA synthetase from Neisseria gonorrhoeae bound to tryptophan
著者: Edwards, T.E. / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
履歴
登録2016年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9563
ポリマ－38,6561
非ポリマー3002
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.940, 59.940, 162.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-513-

HOH

21A-516-

HOH

31A-523-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Tryptophan--tRNA ligase / Tryptophanyl-tRNA synthetase


分子量: 38655.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain ATCC 700825 / FA 1090) (淋菌)
株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: trpS, NGO_1045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5F7X0, トリプトファンtRNAリガーゼ
#2: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: NegoA.00743.a.B1.PS37949 at 19.2 mg/mL with 2 mM MgCl2, 2 mM tryptophan against morpheus screen condition C5 10% PEG 20000, 20% PEG 550 MME, 0.1 M MOPS/Hepes pH 7.5, 0.03M sodium nitrate, ...詳細: NegoA.00743.a.B1.PS37949 at 19.2 mg/mL with 2 mM MgCl2, 2 mM tryptophan against morpheus screen condition C5 10% PEG 20000, 20% PEG 550 MME, 0.1 M MOPS/Hepes pH 7.5, 0.03M sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 12305 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 48.9 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 28.73
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.570.5343.690.8891100
2.57-2.640.3924.960.9391100
2.64-2.710.3325.930.9621100
2.71-2.80.2717.130.97199.9
2.8-2.890.2178.90.985199.9
2.89-2.990.17411.360.9891100
2.99-3.10.13514.350.992199.9
3.1-3.230.10119.170.995199.9
3.23-3.370.07524.980.9971100
3.37-3.540.05532.930.999199.9
3.54-3.730.04538.910.999199.8
3.73-3.950.03646.50.999199.5
3.95-4.230.03253.660.999199.3
4.23-4.560.02757.861199.3
4.56-50.02662.051199.2
5-5.590.02660.341198.9
5.59-6.460.02560.521198.8
6.46-7.910.0268.921197.7
7.91-11.180.01582.711196.4
11.180.01776.311195.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(dev_2499: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TZL

3tzl


解像度: 2.5→43.777 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2634 1315 10.69 %
Rwork0.1815 --
obs0.1901 12301 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 120.53 Å2 / Biso mean: 55.8903 Å2 / Biso min: 22.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→43.777 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2465 0 20 43 2528
Biso mean--62.97 50.04 -
残基数----333
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062534
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8113458
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048399
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005455
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6731518
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5002-2.60030.27951580.200311901348100
2.6003-2.71870.28351380.209111931331100
2.7187-2.8620.32111370.228911941331100
2.862-3.04120.32581190.235512361355100
3.0412-3.2760.34531470.231412041351100
3.276-3.60550.291590.1912041363100
3.6055-4.12690.22291690.166212041373100
4.1269-5.19810.22471410.14071245138699
5.1981-43.78420.2451470.16991316146398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2316-1.160.84331.4716-0.93941.9624-0.03490.24210.5453-0.1039-0.0985-0.2393-0.06020.09540.12420.38340.0229-0.04610.31520.06480.4122-12.42511.487-7.099
23.2337-1.5466-0.09234.70990.20521.359-0.2441-0.0559-0.350.26710.2410.77080.0468-0.23980.00180.29040.02050.00930.35120.03420.3686-15.276-3.1761.689
33.2911-1.54251.01492.4313-0.71451.75650.19420.57120.4403-0.4108-0.33350.21060.0825-0.06380.07940.4550.06990.02180.4083-0.02450.3196-24.94713.954-16.76
44.1775-0.914-1.14866.01865.9485.9041-0.0647-0.0603-0.2514-0.56990.03040.33860.2878-0.24120.06140.8025-0.0277-0.06760.52720.01330.9136-15.5474.465-4.569
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 4:100 )A4 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 101:193 )A101 - 193
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 194:336 )A194 - 336
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 401:401 )A401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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