ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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XSCALE | | データスケーリング | PHENIX | (dev_2499: ???)精密化 | PDB_EXTRACT | 3.2 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | MOLREP | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3TZL 解像度: 2.5→43.777 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.06
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2634 | 1315 | 10.69 % |
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Rwork | 0.1815 | - | - |
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obs | 0.1901 | 12301 | 99.54 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 120.53 Å2 / Biso mean: 55.8903 Å2 / Biso min: 22.2 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→43.777 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2465 | 0 | 20 | 43 | 2528 |
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Biso mean | - | - | 62.97 | 50.04 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 333 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 2534 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.811 | 3458 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.048 | 399 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 455 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.673 | 1518 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.5002-2.6003 | 0.2795 | 158 | 0.2003 | 1190 | 1348 | 100 | 2.6003-2.7187 | 0.2835 | 138 | 0.2091 | 1193 | 1331 | 100 | 2.7187-2.862 | 0.3211 | 137 | 0.2289 | 1194 | 1331 | 100 | 2.862-3.0412 | 0.3258 | 119 | 0.2355 | 1236 | 1355 | 100 | 3.0412-3.276 | 0.3453 | 147 | 0.2314 | 1204 | 1351 | 100 | 3.276-3.6055 | 0.29 | 159 | 0.19 | 1204 | 1363 | 100 | 3.6055-4.1269 | 0.2229 | 169 | 0.1662 | 1204 | 1373 | 100 | 4.1269-5.1981 | 0.2247 | 141 | 0.1407 | 1245 | 1386 | 99 | 5.1981-43.7842 | 0.245 | 147 | 0.1699 | 1316 | 1463 | 98 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 3.2316 | -1.16 | 0.8433 | 1.4716 | -0.9394 | 1.9624 | -0.0349 | 0.2421 | 0.5453 | -0.1039 | -0.0985 | -0.2393 | -0.0602 | 0.0954 | 0.1242 | 0.3834 | 0.0229 | -0.0461 | 0.3152 | 0.0648 | 0.4122 | -12.425 | 11.487 | -7.099 | 2 | 3.2337 | -1.5466 | -0.0923 | 4.7099 | 0.2052 | 1.359 | -0.2441 | -0.0559 | -0.35 | 0.2671 | 0.241 | 0.7708 | 0.0468 | -0.2398 | 0.0018 | 0.2904 | 0.0205 | 0.0093 | 0.3512 | 0.0342 | 0.3686 | -15.276 | -3.176 | 1.689 | 3 | 3.2911 | -1.5425 | 1.0149 | 2.4313 | -0.7145 | 1.7565 | 0.1942 | 0.5712 | 0.4403 | -0.4108 | -0.3335 | 0.2106 | 0.0825 | -0.0638 | 0.0794 | 0.455 | 0.0699 | 0.0218 | 0.4083 | -0.0245 | 0.3196 | -24.947 | 13.954 | -16.76 | 4 | 4.1775 | -0.914 | -1.1486 | 6.0186 | 5.948 | 5.9041 | -0.0647 | -0.0603 | -0.2514 | -0.5699 | 0.0304 | 0.3386 | 0.2878 | -0.2412 | 0.0614 | 0.8025 | -0.0277 | -0.0676 | 0.5272 | 0.0133 | 0.9136 | -15.547 | 4.465 | -4.569 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | ( CHAIN A AND RESID 4:100 )A4 - 100 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | ( CHAIN A AND RESID 101:193 )A101 - 193 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | ( CHAIN A AND RESID 194:336 )A194 - 336 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | ( CHAIN A AND RESID 401:401 )A401 | | | | | | | | |
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