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- PDB-5tem: Structure of 4-Hydroxy-tetrahydrodipicolinate Reductase from Vibr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tem
タイトルStructure of 4-Hydroxy-tetrahydrodipicolinate Reductase from Vibrio vulnificus with 2,6 Pyridine Dicarboxylic and NADH
要素4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Lysine Biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, NAD or NADP as acceptor / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrodipicolinate reductase, conserved site / Dihydrodipicolinate reductase signature. / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminal / Dihydrodipicolinate reductase / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminus / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminal / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Dihydrodipicolinate reductase, conserved site / Dihydrodipicolinate reductase signature. / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminal / Dihydrodipicolinate reductase / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminus / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminal / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PYRIDINE-2,6-DICARBOXYLIC ACID / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mank, N. / Arnette, K. / Klapper, V. / Chruszcz, M.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2021
タイトル: Comparative structural and mechanistic studies of 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductases from Mycobacterium tuberculosis and Vibrio vulnificus.
著者: Pote, S. / Kachhap, S. / Mank, N.J. / Daneshian, L. / Klapper, V. / Pye, S. / Arnette, A.K. / Shimizu, L.S. / Borowski, T. / Chruszcz, M.
履歴
登録2016年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,38910
ポリマ－57,3432
非ポリマー2,0458
水4,414245
1
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
ヘテロ分子

C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,77720
ポリマ－114,6874
非ポリマー4,09116
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area19240 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area38430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.639, 112.588, 62.432
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 266 / Label seq-ID: 1 - 266

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1CA
2AB

-
要素

#1: タンパク質 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / HTPA reductase


分子量: 28671.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: dapB, VV1_0567 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8DEM0, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PDC / PYRIDINE-2,6-DICARBOXYLIC ACID / DIPICOLINIC ACID / ジピコリン酸


分子量: 167.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5NO4
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryostream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→65.56 Å / Num. obs: 28190 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.112 / Net I/av σ(I): 12.762 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.244.60.4932.10.851195.7
2.24-2.284.60.4850.865197.3
2.28-2.324.70.4230.899197.3
2.32-2.374.70.4160.887196.5
2.37-2.424.70.3310.927197.5
2.42-2.484.70.2960.944196.9
2.48-2.544.70.2730.949196.8
2.54-2.614.70.2540.953196.3
2.61-2.694.70.2050.98196.2
2.69-2.774.70.2040.969196.4
2.77-2.874.70.1760.978195.9
2.87-2.994.70.1440.986195.7
2.99-3.124.80.1260.988195.7
3.12-3.294.80.1050.991195.1
3.29-3.494.70.0860.994194.9
3.49-3.764.70.0750.995194.6
3.76-4.144.70.0690.996194.1
4.14-4.744.60.0620.996193.5
4.74-5.974.70.0580.997192.5
5.97-504.40.0550.998189.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ARZ

1arz


解像度: 2.2→65.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2236 1368 4.9 %RANDOM
Rwork0.1908 ---
obs0.1925 26798 95.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.39 Å2 / Biso mean: 32.26 Å2 / Biso min: 9.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3 Å20 Å2-0 Å2
2---1.83 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→65.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3929 0 132 245 4306
Biso mean--36.91 33.49 -
残基数----532
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0194125
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023899
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7161.9835606
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.83138932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8795530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.91924.611167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.35715647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3881522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02908
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4772.0752126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4762.0742125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4483.1042654
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 30406 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1C
2A
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 110 -
Rwork0.272 1918 -
all-2028 -
obs--94.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.41361.5636-1.14471.3916-1.54133.13960.0336-0.2106-0.1396-0.08510.01-0.15240.1893-0.0899-0.04360.2501-0.04150.01550.0931-0.03570.1072-54.082-30.675-22.676
24.7946-5.7252-3.86759.14393.67753.5107-0.00360.2608-0.62920.2815-0.891-0.2493-0.1410.05270.89450.1736-0.1857-0.03120.26860.13350.5809-44.963-36.003-31.847
312.83712.70693.46171.6676-1.96697.5706-0.03880.5569-0.1737-0.03750.0539-0.05610.07830.2944-0.01520.1133-0.04180.00380.06690.02280.097-47.899-37.463-20.289
40.38040.47530.16941.5798-1.26232.2858-0.1240.0636-0.0981-0.22850.1713-0.12340.0543-0.1007-0.04730.2534-0.05420.01690.035-0.02070.0297-58.732-26.569-35.59
50.29910.47810.07340.78940.07480.1931-0.03950.02-0.0076-0.04030.027-0.0176-0.0328-0.07130.01240.23240.0022-0.00270.0742-0.00120.0092-54.053-6.186-26.526
63.0451-0.6439-1.23482.04392.04212.18140.02150.1533-0.00870.00140.0411-0.04080.0379-0.0005-0.06260.23830.0362-0.00060.03290.03080.0652-29.251-31.712-8.619
71.1111.37151.0152.00110.6127.73760.0252-0.0314-0.1007-0.0415-0.00120.06560.2874-0.4089-0.0240.0529-0.003-0.02360.07140.00350.1748-37.821-37.064-4.506
80.6501-0.04520.09610.9599-0.18011.6881-0.0442-0.01680.00130.12330.13120.0455-0.01290.0731-0.08690.20990.0459-0.00410.05010.00690.0085-23.447-26.1363.634
90.3627-0.10970.04471.0059-0.14410.05090.0037-0.0692-0.03240.0149-0.022-0.01270.01330.02470.01820.25340.0075-0.01450.05760.01880.0226-30.74-1.747-4.701
101.3330.69422.30734.1851.49374.0201-0.16780.2477-0.0963-0.36630.3337-0.076-0.30630.453-0.16590.1463-0.00290.0430.1369-0.0160.0173-17.205-21.984-7.769
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2A35 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3A47 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4A57 - 111
5X-RAY DIFFRACTION5A112 - 266
6X-RAY DIFFRACTION6C1 - 34
7X-RAY DIFFRACTION7C35 - 56
8X-RAY DIFFRACTION8C57 - 127
9X-RAY DIFFRACTION9C128 - 239
10X-RAY DIFFRACTION10C240 - 266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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