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- PDB-5tef: Crystal structure of Gemin5 WD40 repeats in complex with m7GpppG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tef
タイトルCrystal structure of Gemin5 WD40 repeats in complex with m7GpppG
要素Gem-associated protein 5
キーワードSPLICING / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


SMN-Gemin2 complex / Gemini of Cajal bodies / SMN complex / U4atac snRNA binding / snRNA binding / RNA 7-methylguanosine cap binding / U4 snRNA binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding ...SMN-Gemin2 complex / Gemini of Cajal bodies / SMN complex / U4atac snRNA binding / snRNA binding / RNA 7-methylguanosine cap binding / U4 snRNA binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / mRNA 3'-UTR binding / mRNA splicing, via spliceosome / regulation of translation / ribosome binding / snRNP Assembly / protein-containing complex assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / nuclear body / translation / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / : / RIG first beta-propeller / GEMI5 TPR domain / RIG second beta-propeller / GEMI5 RBS C-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain ...: / : / : / : / : / RIG first beta-propeller / GEMI5 TPR domain / RIG second beta-propeller / GEMI5 RBS C-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE / Gem-associated protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Chao, X. / Tempel, W. / Bian, C. / He, H. / Cerovina, T. / Seitova, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2016
タイトル: Structural insights into Gemin5-guided selection of pre-snRNAs for snRNP assembly.
著者: Xu, C. / Ishikawa, H. / Izumikawa, K. / Li, L. / He, H. / Nobe, Y. / Yamauchi, Y. / Shahjee, H.M. / Wu, X.H. / Yu, Y.T. / Isobe, T. / Takahashi, N. / Min, J.
履歴
登録2016年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22017年5月10日Group: Structure summary
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gem-associated protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,25024
ポリマ－84,1701
非ポリマー1,08023
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area25610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.658, 124.862, 60.938
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Authors did not specify the biological assembly

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要素

#1: タンパク質 Gem-associated protein 5 / Gemin5


分子量: 84170.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GEMIN5 / プラスミド: pFBOH-LIC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8TEQ6
#2: 化合物 ChemComp-GTG / 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE / MRNA CAP ANALOG N7-METHYL GPPPG / 7-メチルGp3G


分子量: 803.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N10O18P3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 19 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 15% PEG4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 sodium citrate, 0.0005-0.001 M m7GpppG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97944 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97944 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→48.02 Å / Num. obs: 55703 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 216124
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.95-23.90.6751.81519538790.8470.3930.78197.6
8.94-48.023.60.04231.721546040.9950.0260.04998.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: "apo" GEMIN5 WD40 repeats

解像度: 1.95→48.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.781 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.14
詳細: A nearly isomorphous crystal structure was used as the search model for molecular replacement. Model coordinates where transformed with PDBSET to facilitate comparison with other, nearly ...詳細: A nearly isomorphous crystal structure was used as the search model for molecular replacement. Model coordinates where transformed with PDBSET to facilitate comparison with other, nearly isomorphous Gemin5 crystal structures. Restraints for the partially resolved GTG residue were prepared on the GRADE server. Not all expected atoms of the GTG ligand were resolved in the electron density. Sulfhydryl groups of some cystyl residue appear chemically modified, based on peaks in the electron density maps. Coot was used for interactive model building. PHENIX.molprobity was used for geometry validation.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2174 2802 5 %
Rwork0.1787 --
obs0.1807 52871 98.4 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.72 Å2 / Biso mean: 34.097 Å2 / Biso min: 12.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å2-0 Å2-0.71 Å2
2---3.16 Å20 Å2
3---1.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→48.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5186 0 70 178 5434
Biso mean--39.94 35.08 -
残基数----680
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0195444
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024916
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5241.9387451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.943311331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9145690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.28523.545220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.815807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8951525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3173.4022729
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3173.4012728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6775.0793410
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 196 -
Rwork0.295 3869 -
all-4065 -
obs--97.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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