PDB-5te9: Crystal structure of a response regulator receiver protein from B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5te9

タイトル

Crystal structure of a response regulator receiver protein from Burkholderia phymatum

要素

Response regulator receiver protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / structural genomics / SSGCID / NIAID / proteobacteria / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system
類似検索 - 分子機能

生物種

Paraburkholderia phymatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.401 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a response regulator receiver protein from Burkholderia phymatum
著者: Edwards, T.E. / Delker, S.L. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

履歴

登録	2016年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5te9.cif.gz	71.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5te9.ent.gz	50.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5te9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5te9_validation.pdf.gz	427.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5te9_full_validation.pdf.gz	429.5 KB	表示
XML形式データ	5te9_validation.xml.gz	7.3 KB	表示
CIF形式データ	5te9_validation.cif.gz	8.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5te9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5te9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5bri PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3cg6-1 5nqh-1 2xz4-d 6tsq-d 5d61-d 5d63-d 6nnx-2 4ych-2 1zxx-d 5xoe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuphA.00051.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Response regulator receiver protein

17.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Response regulator receiver protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.390, 103.840, 55.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Response regulator receiver protein 分子量: 17925.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paraburkholderia phymatum (strain DSM 17167 / CIP 108236 / LMG 21445 / STM815) (バクテリア) 株: DSM 17167 / CIP 108236 / LMG 21445 / STM815 / 遺伝子: Bphy_1144 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2JH95
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.64 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: BuphA.00051.b.B1.PS37982 at 35 mg/mL against MCSG1 screen condition E4, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350 supplemented with 20% EG as cryo-protectant

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 6748 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 47.44 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 19.51

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.46	0.567	3.75	0.907	1	100
2.46-2.53	0.509	4.06	0.923	1	99.8
2.53-2.6	0.37	5.48	0.968	1	100
2.6-2.68	0.354	5.58	0.963	1	99.6
2.68-2.77	0.264	7.23	0.985	1	99.5
2.77-2.87	0.236	8.46	0.984	1	100
2.87-2.98	0.159	11.79	0.991	1	100
2.98-3.1	0.121	14.6	0.996	1	99.8
3.1-3.24	0.097	17.55	0.996	1	99.5
3.24-3.4	0.075	22.11	0.998	1	100
3.4-3.58	0.055	27.2	0.998	1	99.7
3.58-3.8	0.05	29.98	0.998	1	100
3.8-4.06	0.044	34.68	0.999	1	99.7
4.06-4.38	0.036	40.36	0.999	1	99.3
4.38-4.8	0.034	41.35	0.999	1	100
4.8-5.37	0.037	41.92	0.999	1	100
5.37-6.2	0.038	39.34	0.998	1	100
6.2-7.59	0.038	40.15	0.998	1	99.5
7.59-10.74	0.037	45.52	0.999	1	100
10.74-50	0.037	41.91	0.998	1	95.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	dev_2499	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5BRI, chain A

5bri
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.401→37.906 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2693	707	10.48 %
R_work	0.2012	-	-
obs	0.2086	6743	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 117.44 Å² / B_iso mean: 62.383 Å² / B_iso min: 28.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.401→37.906 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1065	0	0	11	1076
B_iso mean	-	-	-	55.78	-
残基数	-	-	-	-	137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1087
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.85	1482
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	177
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	190
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.627	656

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.4007-2.586	0.3495	116	0.2703	1203	1319
2.586-2.8462	0.3242	145	0.247	1175	1320
2.8462-3.2578	0.2945	153	0.2308	1185	1338
3.2578-4.1037	0.2606	151	0.1982	1198	1349
4.1037-37.9106	0.2419	142	0.1737	1275	1417

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.8983	0.8458	-2.4343	5.5208	1.6478	6.421	0.5087	1.2186	-0.5535	0.0306	-0.5395	-0.0025	0.0763	-1.0265	0.0541	0.3824	0.0717	0.0157	0.6549	-0.0088	0.2579	-20.9052	-19.7194	1.1642
2	6.6376	0.97	-0.0142	3.8043	1.7885	5.801	0.2936	1.5283	0.6693	-0.237	0.0601	-0.6184	-0.2475	0.6665	-0.2747	0.4047	0.0774	0.0735	0.6796	0.1362	0.4836	-12.7037	-12.9222	0.0413
3	9.58	-2.8651	0.8381	8.7797	-0.1441	5.2894	0.118	0.0438	0.2943	0.6458	-0.0472	-0.9202	0.2367	0.9284	0.0104	0.4441	0.0935	-0.0598	0.6322	-0.0835	0.3659	-7.0276	-20.8975	9.9976
4	9.2608	-1.5899	-2.1764	8.4401	0.5794	6.1206	-0.1031	-0.2505	0.5037	0.3686	0.3463	-0.4372	0.4406	0.3206	-0.1891	0.438	-0.1152	0.0238	0.6404	0.0588	0.2457	-23.9635	-16.5156	14.9883

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 31 )	A	8 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 76 )	A	32 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 77 through 124 )	A	77 - 124
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 125 through 146 )	A	125 - 146

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関連情報:EMDBヘッダ

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