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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tcc | ||||||
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タイトル | Complement Factor D inhibited with JH4 | ||||||
![]() | Complement factor D | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / serine protease / inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() complement factor D / Alternative complement activation / complement activation, alternative pathway / complement activation / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen ...complement factor D / Alternative complement activation / complement activation, alternative pathway / complement activation / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stuckey, J.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Buried Hydrogen Bond Interactions Contribute to the High Potency of Complement Factor D Inhibitors. 著者: Yang, C.Y. / Phillips, J.G. / Stuckey, J.A. / Bai, L. / Sun, H. / Delproposto, J. / Brown, W.C. / Chinnaswamy, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 303.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 247.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 71.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24438.807 Da / 分子数: 7 / 断片: residues 26-253 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-J56 / ( |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.79 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.36→50 Å / Num. obs: 35335 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 70.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 0.93 / Net I/av σ(I): 28.588 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 517784 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1BIO 解像度: 3.37→49.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.838 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.499
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原子変位パラメータ | Biso max: 150.48 Å2 / Biso mean: 50.55 Å2 / Biso min: 9.57 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.48 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.37→49.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.37→3.47 Å / Total num. of bins used: 18
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