PDB-5tcb: Structure of the glycoside hydrolase domain of PelA from Pseudomo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tcb

タイトル

Structure of the glycoside hydrolase domain of PelA from Pseudomonas aeruginosa

要素

PelA

キーワード

HYDROLASE / glycoside hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

deacetylase activity / polysaccharide biosynthetic process / single-species biofilm formation
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.535 Å

データ登録者

Alnabelseya, N. / Baker, P. / Robinson, H. / Howell, P.L.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Microbial glycoside hydrolases display cross-kingdom activity against bacterial and fungal biofilms
著者: Snarr, B.D. / Baker, P. / Bamford, N.C. / Sato, Y. / Alnabelseya, N. / Lui, H. / Gravelad, F.N. / Ostapska, H. / Baistrocchi, S.R. / Cerone, R.P. / Robinson, H. / Filler, S.G. / Howell, P.L. / Sheppard, D.C.

履歴

登録	2016年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tcb.cif.gz	154.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tcb.ent.gz	123.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tcb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/5tcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/5tcb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tsyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5tsy-d 3sfm-1 5ynu-2 4pne-2 1vpq-d 6uba-9 5jnc-3 2vfb-d 6uba-2 4nv8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PelA

30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.983, 84.031, 47.177
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

Monomer confirmed by Size Exclusion Chromatography

#1: タンパク質	PelA 分子量: 30575.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: pelA, PA3064 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HZE4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

PelA

分子量: 30575.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: pelA, PA3064 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HZE4

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.11	41.61
2	2.11	41.61

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
293	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	7.5	25% (w/v) PEG 5000 MME, 100 mM Bis-Tris pH 7.5
293	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	7.5	26% (w/v) PEG 5000 MME, 100 mM Bis-Tris pH 7.5

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	93	1
2	93	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X29A	1	1.075
シンクロトロン	NSLS	X29A	2	0.9792

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2013年1月11日
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2013年1月11日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.075	1
2	0.9792	1

反射

Entry-ID: 5TCB

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.53-50	39286	99.9	17	0.181	1	18.6
1.9-50	19863	99.8	15.4	0.122	2	21.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.53-1.58	13.7	0.443	6.6	1	99.5
1.9-1.97	13.4	0.625	4.5	2	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.535→50 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.06

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1917	3772	5.08 %
R_work	0.1687	-	-
obs	0.1699	39193	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.535→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1918	0	0	193	2111

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1983
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.935	2704
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.623	1177
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	289
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	361

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.535-1.5544	0.2426	126	0.2043	2382	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5544-1.5749	0.2254	141	0.199	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5749-1.5964	0.2379	139	0.1982	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5964-1.6192	0.2823	135	0.1891	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6192-1.6434	0.2095	136	0.1785	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6434-1.6691	0.1917	144	0.1786	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6691-1.6965	0.1884	130	0.1749	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6965-1.7257	0.1968	144	0.1765	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7257-1.7571	0.2521	145	0.1806	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7571-1.7909	0.2209	139	0.1749	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7909-1.8274	0.1993	144	0.1882	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8274-1.8672	0.2046	140	0.1835	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8672-1.9106	0.2113	137	0.1763	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9106-1.9584	0.1906	139	0.1612	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9584-2.0113	0.2202	140	0.1687	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0113-2.0705	0.2239	141	0.1714	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0705-2.1373	0.1795	135	0.1669	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1373-2.2137	0.2426	140	0.1729	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2137-2.3023	0.1555	144	0.1731	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3023-2.4071	0.2043	141	0.162	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4071-2.534	0.2018	140	0.1699	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.534-2.6927	0.2077	137	0.182	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6927-2.9006	0.1684	143	0.1745	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9006-3.1923	0.2248	139	0.1762	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1923-3.6539	0.1778	142	0.1709	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6539-4.6023	0.1466	144	0.1463	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6023-38.1888	0.1886	147	0.1569	2612	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0254	-0.1447	0.9093	1.6402	0.1246	7.3421	0.0992	-0.0308	-0.1081	-0.1448	-0.0006	0.1037	0.284	-0.0681	-0.0637	0.1419	-0.0198	-0.0048	0.1371	-0.0041	0.179	45.8916	18.1509	1.0939
2	9.8697	1.2906	-3.4736	2.8742	1.8676	3.2906	0.1875	-0.2457	-0.6809	0.6011	-0.1447	0.1071	1.5703	-0.6883	-0.3051	0.7448	-0.1377	0.096	0.3186	0.0988	0.4357	45.3874	8.504	25.8956
3	1.9754	3.3341	0.3774	7.9751	0.4106	6.6923	-0.2235	-0.3214	0.1576	0.522	-0.0356	0.8348	-0.2275	-0.7093	0.2763	0.2328	0.032	0.0482	0.3342	-0.0274	0.2032	44.5645	19.1938	26.6852
4	0.7363	-0.2348	-0.4506	1.7812	1.0407	3.9236	-0.0405	-0.1051	-0.0614	0.0395	0.111	0.0272	0.1498	0.1085	-0.0314	0.1365	-0.024	-0.0039	0.2002	0.0017	0.1834	52.7218	16.8833	15.2676
5	2.5625	-1.2064	-2.9981	3.065	3.4817	8.058	0.0536	-0.1239	-0.0201	0.1055	0.148	-0.1702	0.0926	0.4657	-0.2852	0.1514	-0.0138	-0.0083	0.2602	-0.0237	0.1785	58.9172	23.0329	22.8544
6	1.575	-0.3587	1.1797	2.7895	1.0806	3.7697	-0.0905	-0.2807	0.1659	-0.0227	-0.0159	0.0737	-0.3178	-0.3441	0.0439	0.1448	-0.0243	0.0211	0.1959	-0.0306	0.1352	49.0351	30.5164	11.9359
7	9.0055	-2.0414	-5.1869	4.7982	2.033	3.5254	-0.1604	0.3568	0.7888	-0.0004	0.1397	-0.038	-0.7565	0.0295	-0.0208	0.4577	-0.0824	-0.1041	0.2467	0.0128	0.4151	51.0257	41.6861	13.4589
8	1.6015	1.1661	1.7507	2.1798	0.6458	2.3411	-0.5839	-0.296	0.576	-0.4039	0.0457	0.161	-0.7698	-0.2509	0.3721	0.3529	0.0581	-0.0789	0.1842	-0.0484	0.2036	39.7452	35.8578	1.0976
9	8.2022	2.6359	1.655	4.0657	0.8812	2.5082	-0.3554	0.0141	0.2757	-0.3159	0.1798	0.2596	-0.5102	-0.211	0.264	0.2363	0.0198	-0.0274	0.1571	-0.0007	0.1484	40.5898	31.0945	0.2465

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 48 through 105 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 106 through 117 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 118 through 135 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 136 through 169 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 170 through 190 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 191 through 235 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 236 through 252 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 253 through 279 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 280 through 300 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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