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- PDB-5tca: Complement Factor D inhibited with JH3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tca
タイトルComplement Factor D inhibited with JH3
要素Complement factor D
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / serine protease / inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


complement factor D / Alternative complement activation / complement activation / complement activation, alternative pathway / serine-type peptidase activity / protein maturation / platelet alpha granule lumen / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen ...complement factor D / Alternative complement activation / complement activation / complement activation, alternative pathway / serine-type peptidase activity / protein maturation / platelet alpha granule lumen / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J55 / Complement factor D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Stuckey, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA046592 米国
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2016
タイトル: Buried Hydrogen Bond Interactions Contribute to the High Potency of Complement Factor D Inhibitors.
著者: Yang, C.Y. / Phillips, J.G. / Stuckey, J.A. / Bai, L. / Sun, H. / Delproposto, J. / Brown, W.C. / Chinnaswamy, K.
履歴
登録2016年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement factor D
B: Complement factor D
C: Complement factor D
D: Complement factor D
E: Complement factor D
F: Complement factor D
G: Complement factor D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,48516
ポリマ－171,0727
非ポリマー4,4139
水1,67593
1
A: Complement factor D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9292
ポリマ－24,4391
非ポリマー4901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Complement factor D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9292
ポリマ－24,4391
非ポリマー4901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Complement factor D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4193
ポリマ－24,4391
非ポリマー9812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Complement factor D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4193
ポリマ－24,4391
非ポリマー9812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Complement factor D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9292
ポリマ－24,4391
非ポリマー4901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Complement factor D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9292
ポリマ－24,4391
非ポリマー4901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Complement factor D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9292
ポリマ－24,4391
非ポリマー4901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.361, 143.654, 347.592
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
Complement factor D / Adipsin / C3 convertase activator / Properdin factor D


分子量: 24438.807 Da / 分子数: 7 / 断片: residues 26-253 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFD, DF, PFD / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P00746, complement factor D
#2: 化合物
ChemComp-J55 / 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide


分子量: 490.334 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16BrN7O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. obs: 43493 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.9 % / Biso Wilson estimate: 82.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/av σ(I): 26.333 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.15-3.2140.3470.983194.2
3.2-3.2615.10.3190.9871100
3.26-3.3315.20.2840.991100
3.33-3.3915.20.250.9921100
3.39-3.4715.20.2210.9941100
3.47-3.5515.10.1950.9941100
3.55-3.6415.10.1660.9951100
3.64-3.7315.10.1490.9961100
3.73-3.8415.10.1330.9971100
3.84-3.9715.10.1190.9971100
3.97-4.1115.10.1040.9981100
4.11-4.27150.0890.9981100
4.27-4.47150.0810.9981100
4.47-4.7150.0770.9981100
4.7-5150.0730.9981100
5-5.3814.90.0820.9981100
5.38-5.9314.80.0990.9971100
5.93-6.7814.70.1040.9951100
6.78-8.5414.50.080.9971100
8.54-5013.30.0380.999199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER-TNT2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BIO

1bio


解像度: 3.15→49.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.875 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.431
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 2141 4.94 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.227 43361 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 133.63 Å2 / Biso mean: 51.48 Å2 / Biso min: 7.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4774 Å20 Å20 Å2
2--0.8988 Å20 Å2
3---0.5786 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.15→49.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11908 0 270 93 12271
Biso mean--52.35 34.24 -
残基数----1596
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5656SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes266HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2083HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12478HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1549SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14117SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d12478HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg17039HARMONIC21.11
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.9
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.23 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 144 4.63 %
Rwork0.25 2967 -
all-3111 -
obs--97.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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