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- PDB-5tc5: Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tc5
タイトルCrystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with butylthio-DADMe-Immucillin-A and chloride
要素S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / phosphorylase / inhibitor / complex / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Methionine salvage pathway / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / nucleobase-containing compound metabolic process / purine ribonucleoside salvage / response to testosterone / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / methylation ...Methionine salvage pathway / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / nucleobase-containing compound metabolic process / purine ribonucleoside salvage / response to testosterone / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / methylation / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methylthioadenosine phosphorylase (MTAP) / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BIG / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Cameron, S.A. / Firestone, R.S. / Schramm, V.L. / Almo, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)6-RO1-CA135405-08 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: TBA
著者: Firestone, R.S. / Cameron, S.A. / Karp, J.M. / Arcus, V.L. / Schramm, V.L.
履歴
登録2016年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
B: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
C: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,50510
ポリマ－99,3573
非ポリマー1,1487
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6850 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area31510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.522, 121.927, 192.522
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA9 - 27923 - 293
21BB9 - 27923 - 293
12AA9 - 27923 - 293
22CC9 - 27923 - 293
13BB9 - 28023 - 294
23CC9 - 28023 - 294

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 5'-methylthioadenosine phosphorylase / MTAPase


分子量: 33119.051 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTAP, MSAP / プラスミド: pJexpress414 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q13126, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-BIG / (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-[(butylsulfanyl)methyl]pyrrolidin-3-ol / butylthio-DADMe-Immucillin A / 7-[[(3R,4S)-3-ヒドロキシ-4-(ブチルチオメチル)-1-ピロリジニル]メチル]-5H-ピロロ[3,2-d(以下略)


分子量: 335.468 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N5OS
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.48 % / 解説: block
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein (15 mg/mL); Reservoir (3 M sodium chloride and 0.1 M sodium acetate (pH 4.5))

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月13日
放射モノクロメーター: DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 75649 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.48 % / Biso Wilson estimate: 39.471 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 0.976 / Net I/σ(I): 16.86 / Num. measured all: 566038
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.96-2.087.480.7822.77199
2.08-2.220.4284.951100
2.22-2.40.2717.571100
2.4-2.630.16411.571100
2.63-2.940.09318.761100
2.94-3.390.06427.171100
3.39-4.140.04637.631100
4.14-5.840.03943.61199.9
5.840.03542.77196.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP11.2.08位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K27

1k27


解像度: 1.96→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / WRfactor Rfree: 0.2105 / WRfactor Rwork: 0.1829 / FOM work R set: 0.794 / SU B: 9.035 / SU ML: 0.129 / SU R Cruickshank DPI: 0.1439 / SU Rfree: 0.1308 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2166 3779 5 %RANDOM
Rwork0.1896 ---
obs0.191 71803 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 147.8 Å2 / Biso mean: 51.803 Å2 / Biso min: 22.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.52 Å20 Å2-0 Å2
2--1.54 Å20 Å2
3---0.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.96→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6261 0 73 228 6562
Biso mean--36.09 41.94 -
残基数----825
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0196470
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.026262
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8581.9728767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.605314430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4175821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.76623.975239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.663151117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1841536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.21030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0217119
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4921.7193296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4911.7183295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4662.5614110
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A326800.07
12B326800.07
21A324100.06
22C324100.06
31B327080.07
32C327080.07
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.011 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 274 -
Rwork0.304 5216 -
all-5490 -
obs--99.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8274-0.00170.27922.8324-0.09722.91180.1322-0.0664-0.14980.29980.02720.19970.5318-0.3539-0.15930.6028-0.0751-0.14480.04530.02480.0944-21.939-57.226-25.438
21.5883-0.20651.31252.79030.30753.031-0.3149-0.24890.17170.6090.03180.0522-0.5095-0.35460.28310.7420.0722-0.1920.051-0.0350.0811-15.167-23.282-12.577
31.45060.54410.72784.2044-1.13872.4358-0.0993-0.13360.2271-0.45870.12810.8383-0.118-0.317-0.02880.55880.028-0.24680.0433-0.00290.2383-30.22-26.042-45.933
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-8 - 281
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 280
3X-RAY DIFFRACTION3C9 - 280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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