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万見
- PDB-5tc4: Crystal structure of human mitochondrial methylenetetrahydrofolat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tc4
タイトルCrystal structure of human mitochondrial methylenetetrahydrofolate dehydrogenase-cyclohydrolase (MTHFD2) in complex with LY345899 and cofactors
要素Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / Inhibitor / Folate / Cofactor / Dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) activity / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / phosphate ion binding / folic acid metabolic process ...methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) activity / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / phosphate ion binding / folic acid metabolic process / mitochondrial matrix / magnesium ion binding / mitochondrion / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase signature 1. / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase signature 2. / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, conserved site / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily ...Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase signature 1. / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase signature 2. / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, conserved site / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L34 / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Gustafsson, R. / Jemth, A.-S. / Gustafsson Sheppard, N. / Farnegardh, K. / Loseva, O. / Wiita, E. / Bonagas, N. / Dahllund, L. / Llona-Minguez, S. / Haggblad, M. ...Gustafsson, R. / Jemth, A.-S. / Gustafsson Sheppard, N. / Farnegardh, K. / Loseva, O. / Wiita, E. / Bonagas, N. / Dahllund, L. / Llona-Minguez, S. / Haggblad, M. / Henriksson, M. / Andersson, Y. / Homan, E. / Helleday, T. / Stenmark, P.
資金援助 スウェーデン, 13件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
Wenner-Gren Foundation スウェーデン
Goran Gustafsson's Foundation for Science and Medical Research スウェーデン
Svenska Smartafonden スウェーデン
Ragnar Soderberg Foundation スウェーデン
Swedish Childhood Cancer Foundation スウェーデン
Svenska Sallskapet for Medicinsk Forskning (SSMF) スウェーデン
Karolinska Institutet (KI) スウェーデン
Helleday Foundation スウェーデン
Swedish Cancer Society スウェーデン
Torsten Soderberg Foundation スウェーデン
Ake Wiberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of the Emerging Cancer Target MTHFD2 in Complex with a Substrate-Based Inhibitor.
著者: Gustafsson, R. / Jemth, A.S. / Gustafsson, N.M. / Farnegardh, K. / Loseva, O. / Wiita, E. / Bonagas, N. / Dahllund, L. / Llona-Minguez, S. / Haggblad, M. / Henriksson, M. / Andersson, Y. / ...著者: Gustafsson, R. / Jemth, A.S. / Gustafsson, N.M. / Farnegardh, K. / Loseva, O. / Wiita, E. / Bonagas, N. / Dahllund, L. / Llona-Minguez, S. / Haggblad, M. / Henriksson, M. / Andersson, Y. / Homan, E. / Helleday, T. / Stenmark, P.
履歴
登録2016年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22017年8月16日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5454
ポリマ－34,3151
非ポリマー1,2303
水3,855214
1
A: Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0898
ポリマ－68,6292
非ポリマー2,4606
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_855-x+3,-y,z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area23020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.323, 74.323, 98.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-599-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial


分子量: 34314.746 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 36-350 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTHFD2, NMDMC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P13995, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-L34 / 4-(7-AMINO-9-HYDROXY-1-OXO-3,3A,4,5-TETRAHYDRO-2,5,6,8,9B-PENTAAZA-CYCLOPENTA[A]NAPHTHALEN-2-YL)-PHENYLCARBONYL-GLUTAMI C ACID / LY345899


分子量: 471.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21N7O7
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Phosphate/Citrate pH 4.1, 38 % v/v PEG300, in presence of 1:50 ratio each of trypsin, alpha-chymotrypsin, pepsin, papain, proteinase K and subtilisin to MTHFD2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→37.16 Å / Num. obs: 21322 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.316 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.89→1.93 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 4.348 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / CC1/2: 0.297 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B0A

1b0a


解像度: 1.89→37.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 9.818 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21222 1073 5 %RANDOM
Rwork0.1626 ---
obs0.16509 20245 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.89→37.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2216 0 83 214 2513
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0192379
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2762.0063244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1735401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0425296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.82724.77890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.23615410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2671514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02497
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9011.2951184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8971.2951184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.431.9271480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4311.931481
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6421.6631195
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.641.6631192
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6022.4121759
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.25312.4522789
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.06611.8352715
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.893→1.942 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 71 -
Rwork0.348 1463 -
obs--97.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.93961.0531-5.99991.2393-3.55920.9785-0.09550.30220.0086-0.0205-0.11280.2910.1668-0.88430.20830.0726-0.023-0.01140.2043-0.08140.23784.40539.5968-2.9965
20.50460.46440.23871.12660.25560.2349-0.0815-0.03630.10790.17640.00590.1258-0.03670.00320.07570.19520.03620.02650.1584-0.0020.043699.169617.970814.3693
30.03050.07360.00370.35820.43511.2147-0.0027-0.00940.03110.0935-0.04490.09770.0599-0.00370.04760.1881-0.00190.02080.1583-0.00040.0419102.31124.13135.7143
40.65480.0098-0.11590.6972-0.10430.48340.01840.07960.00560.0062-0.00290.0631-0.0014-0.0026-0.01540.17030.0047-0.01110.1630.0080.0204105.08764.8474-12.7991
53.6544-9.24382.631433.9544-1.17984.7511-0.6429-0.4810.42080.6170.3327-1.1395-0.9317-0.80340.31030.38380.16890.16620.1374-0.05480.544101.37528.4525-10.3762
61.1838-0.28-1.00080.42560.22053.87270.07740.09290.2825-0.1298-0.07510.20080.0423-0.0237-0.00230.11980.0415-0.06170.10320.00160.290695.085214.6726-13.7554
71.29741.3564-1.70215.2598-2.02329.452-0.0191-0.1073-0.2726-0.0232-0.00220.12250.69350.1980.02130.1655-0.00850.03960.1476-0.01720.165492.31623.778512.0475
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2A60 - 142
3X-RAY DIFFRACTION3A143 - 185
4X-RAY DIFFRACTION4A186 - 275
5X-RAY DIFFRACTION5A276 - 289
6X-RAY DIFFRACTION6A290 - 320
7X-RAY DIFFRACTION7A321 - 332

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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