PDB-5tbj: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor LH1452

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tbj

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor LH1452

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSFERASE / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE / CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR / MRNA PROCESSING / MRNA SPLICING / NUCLEUS / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / negative regulation of dendrite development / type I protein arginine methyltransferase / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Cura, V. / Marechal, N. / Troffer-Charlier, N. / Halby, L. / Arimondo, P. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: Philos.Trans.R.Soc.Lond.B Biol.Sci. / 年: 2018
タイトル: Hijacking DNA methyltransferase transition state analogues to produce chemical scaffolds for PRMT inhibitors.
著者: Halby, L. / Marechal, N. / Pechalrieu, D. / Cura, V. / Franchini, D.M. / Faux, C. / Alby, F. / Troffer-Charlier, N. / Kudithipudi, S. / Jeltsch, A. / Aouadi, W. / Decroly, E. / Guillemot, J.C. ...

履歴

登録	2016年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2019年4月3日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _atom_site.occupancy / _citation.country ..._atom_site.occupancy / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5tbj.ent.gz	685.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tbj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5tbj_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tbj_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	5tbj_validation.xml.gz	57.7 KB	表示
CIF形式データ	5tbj_validation.cif.gz	81.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/5tbj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/5tbj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5lv2C 5lv3C 5lv4C 5lv5C 5tbhC 5tbiC 5ih3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5k8x-d 5lv2-1 6s79-d 2y1w-d 5k8v-d 5dwq-d 5tbh-d 5tbi-d 5lv3-d 6s71-d 5isg-d 5isa-d 6s7c-d 5is6-d 5is7-d 5lv2-2 6s70-d 5ish-d 6s77-d 6arj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

167 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.844, 99.200, 207.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-613- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

#1: タンパク質

Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4

分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 775分子

#2: 化合物	ChemComp-LHD / 2-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]ethyl-[[4-azanyl-1-(methoxymethyl)-2-oxidanylidene-pyrimidin-5-yl]methyl]azanium 分子量: 448.456 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₆N₉O₅
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-DXE / 1,2-DIMETHOXYETHANE / 1,2-ジメトキシエタン分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#6: 化合物	ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₆
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 754 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Tris-HCl pH 8.0 100 mM PEG 2000 MME 19% NaCl 100 mM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→19.97 Å / Num. obs: 66284 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 30.26 Å² / CC_1/2: 0.972 / R_merge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 4.6
反射シェル	解像度: 2.32→2.38 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 1.796 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 87.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1980	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.32→19.97 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 25.76

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2373	6301	4.99 %	Random selection
R_work	0.2022	-	-	-
obs	0.204	66234	98.58 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→19.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11000	0	224	754	11978

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	11508
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.904	15559
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.008	4228
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1690
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2059

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3244-2.3507	0.3562	154	0.3539	3025	X-RAY DIFFRACTION	75
2.3507-2.3784	0.412	229	0.3399	3989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3784-2.4073	0.3483	181	0.3448	4092	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4073-2.4377	0.4113	216	0.3419	3982	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4377-2.4697	0.3264	228	0.3171	4014	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4697-2.5035	0.3386	192	0.3025	4043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5035-2.5392	0.3398	206	0.2993	4082	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5392-2.577	0.3155	219	0.2849	4033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.577-2.6172	0.3119	209	0.2847	4035	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6172-2.66	0.2971	226	0.2767	4042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.7058	0.2914	204	0.2621	4021	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7058-2.7549	0.284	183	0.255	4120	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7549-2.8077	0.2659	240	0.2476	3941	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8077-2.8649	0.2858	195	0.239	4071	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8649-2.927	0.2523	209	0.2395	3996	X-RAY DIFFRACTION	99
2.927-2.9948	0.2528	207	0.2446	4041	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9948-3.0695	0.243	208	0.2221	3993	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0695-3.1522	0.2885	241	0.2216	4030	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1522-3.2445	0.2437	202	0.2039	4033	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2445-3.3488	0.2203	206	0.1885	4040	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3488-3.4679	0.2468	192	0.1841	4074	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4679-3.606	0.2411	191	0.1708	4067	X-RAY DIFFRACTION	99
3.606-3.769	0.1866	214	0.1605	4035	X-RAY DIFFRACTION	99
3.769-3.9663	0.1859	246	0.1537	4012	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9663-4.2126	0.1847	224	0.1383	4011	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2126-4.5344	0.183	215	0.1329	4043	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5344-4.9842	0.144	187	0.126	4134	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9842-5.6908	0.1825	209	0.1433	3997	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6908-7.1156	0.1938	226	0.1877	4037	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1156-19.975	0.2036	242	0.1734	3995	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1175	-0.209	0.3525	0.8253	-0.1137	1.1549	0.0045	-0.1245	0.0772	0.0755	-0.0465	0.034	-0.0766	-0.0512	0.0008	0.1953	-0.0584	0.035	0.1815	-0.069	0.1941	55.2677	40.5849	133.4379
2	0.4381	-0.0605	0.1779	0.0005	-0.1076	0.3341	0.1167	-0.0595	-0.1056	0.025	-0.0372	-0.0297	0.0376	0.0201	0.0001	0.1498	-0.0186	0.0156	0.1513	-0.0207	0.2279	47.8769	12.0393	119.4988
3	0.656	0.5754	-0.0207	1.2426	0.098	0.7057	-0.0493	-0.0131	-0.0637	-0.0568	-0.0102	-0.0921	0.0506	0.029	-0.0012	0.162	-0.0379	0.0527	0.1687	-0.0106	0.1853	60.365	19.5224	119.3286
4	0.2453	-0.259	-0.1303	1.1585	0.4634	1.3824	0.0756	0.0339	-0.0295	-0.0756	0.0328	-0.0064	-0.1306	-0.0971	0.0083	0.1436	0.0352	0.0254	0.14	0.0216	0.1936	19.104	20.0423	115.303
5	0.2971	0.2177	0.1809	0.113	0.1682	0.2102	0.0847	-0.323	-0.0797	0.1155	-0.0405	0.0202	-0.081	-0.0133	0.0122	0.2776	-0.0406	0.0883	0.4292	0.013	0.2571	38.4287	29.7724	148.7194
6	0.1075	-0.0083	0.0797	0.4731	0.5473	0.6761	0.0106	-0.1216	0.0745	0.0034	-0.1362	-0.0602	0.0446	-0.1609	-0.0003	0.2181	0.0367	0.0583	0.3206	0.0722	0.2854	17.1873	22.3601	138.0969
7	0.7162	-0.0058	0.1288	0.0484	0.2768	1.5692	0.0442	-0.1991	-0.0212	0.0472	-0.0615	0.0039	0.0318	-0.0721	0	0.2269	0.0223	0.0563	0.2532	0.0414	0.2032	17.0588	23.0338	140.4789
8	0.3421	0.1545	0.2621	0.0885	0.1449	0.2613	-0.1407	-0.2256	-0.0039	-0.0367	-0.1942	-0.1666	0.051	0.1516	-0.3019	0.2081	0.0076	0.1126	0.3271	0.0057	0.2515	24.5421	30.6695	142.0493
9	1.0475	0.3075	-0.4364	0.4302	-0.3745	0.8693	-0.0196	0.2407	0.0971	-0.022	0.0417	0.0471	-0.1549	0.0942	0.0012	0.2939	0.0465	0.0122	0.2655	0.0251	0.2125	22.996	42.6564	175.7353
10	0.3597	-0.2405	0.4163	0.1434	-0.2429	0.3709	0.0167	-0.0012	-0.109	0.0565	0.0234	0.1018	-0.0174	-0.0505	-0	0.2276	0.0291	0.0189	0.1876	0.0077	0.2234	26.0338	21.3111	191.0999
11	0.767	-0.4322	-0.2076	1.409	-0.0915	0.0706	0.0234	0.0521	-0.1849	0.1015	-0.0233	0.1889	-0.0493	-0.0574	-0.0001	0.2634	0.0352	0.041	0.2522	-0.0077	0.2601	16.239	20.4025	191.0903
12	0.9053	0.3743	-0.176	0.9209	-0.4032	0.6953	0.042	-0.0472	-0.0812	0.1015	-0.089	-0.1251	-0.1025	0.0184	-0	0.2812	-0.0089	0.0052	0.2016	-0.0091	0.2333	57.2151	18.4537	195.8534
13	0.3231	-0.3048	-0.0474	0.1935	0.0337	-0.0053	0.061	0.3135	-0.1041	0.0026	-0.1198	-0.0093	-0.0093	-0.0455	-0.001	0.2889	-0.0265	0.0766	0.5293	-0.0783	0.2725	39.6822	28.8632	163.8048
14	0.2981	-0.0915	-0.1237	0.4177	-0.4692	0.6813	-0.2462	0.1851	0.0899	-0.0245	-0.0473	0.0178	0.0587	0.3471	-0.0003	0.3445	0.0072	0.0554	0.3283	-0.0331	0.298	63.547	23.7777	175.521
15	0.4142	0.1624	0.4004	0.1081	0.0486	0.5905	-0.0005	0.223	-0.064	-0.1568	-0.2111	-0.0571	0.4937	-0.0244	-0.0174	0.3597	-0.0238	0.0966	0.3267	-0.0637	0.2456	58.2516	18.0709	170.0649
16	0.2546	-0.15	-0.0671	0.3777	-0.2618	0.3614	-0.1356	0.252	0.0228	0.033	-0.2122	-0.0247	-0.1547	-0.2014	-0.3588	0.3241	0.0422	0.0763	0.4245	-0.0571	0.2491	54.8295	30.6797	168.7827

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:349)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 350:478)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 135:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 294:336)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 337:365)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 366:445)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 446:477)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 136:257)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 258:336)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 337:478)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 135:293)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 294:344)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 345:372)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 373:430)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 431:476)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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