PDB-5t90: Structural mechanisms for alpha-conotoxin selectivity at the huma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t90

タイトル

Structural mechanisms for alpha-conotoxin selectivity at the human alpha3beta4 nicotinic acetylcholine receptor

要素

Acetylcholine-binding protein
LsIA

キーワード

PROTEIN BINDING / alpha-conotoxins / acetylcholine binding protein / nicotinic acetylcholine receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

synaptic cleft / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / synapse / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)

Conus (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Abraham, N. / Healy, M. / Ragnarsson, L. / Brust, A. / Alewood, P. / Lewis, R.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural mechanisms for alpha-conotoxin activity at the human alpha 3 beta 4 nicotinic acetylcholine receptor.
著者: Abraham, N. / Healy, M. / Ragnarsson, L. / Brust, A. / Alewood, P.F. / Lewis, R.J.

履歴

登録	2016年9月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t90.cif.gz	440.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t90.ent.gz	368.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t90.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5t90_validation.pdf.gz	488.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5t90_full_validation.pdf.gz	495.5 KB	表示
XML形式データ	5t90_validation.xml.gz	37.8 KB	表示
CIF形式データ	5t90_validation.cif.gz	51.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/5t90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/5t90	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zdhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1uv6-2 4bfq-d 5syo-d 1ux2-2 2br8-d 1uv6-1 3u8j-1 5jme-d 2byp-d 6m4z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Acetylcholine-binding protein

B: Acetylcholine-binding protein

C: Acetylcholine-binding protein

D: Acetylcholine-binding protein

E: Acetylcholine-binding protein

F: LsIA

G: LsIA

H: LsIA

I: LsIA

J: LsIA

128 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.940, 124.500, 154.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Acetylcholine-binding protein / AchBP 分子量: 23862.523 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P58154
#2: タンパク質・ペプチド	LsIA 分子量: 1751.003 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus (無脊椎動物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.3 詳細: 0.871 M ammonium sulphate, 7.55% PEG 3350, 2-propanol 7.45% and ammonium acetate 0.1 M pH 4.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→51.4 Å / Num. obs: 26929 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 62.31 Å² / R_merge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 14.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ZDH

3zdh

解像度: 2.8→48.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8737 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8691 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.386

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2451	1354	5.03 %	RANDOM
R_work	0.2176	-	-	-
obs	0.219	26898	96.69 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-36.1287 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	12.4273 Å²	0 Å²
3-	-	-	23.7014 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.473 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.8→48.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8622	0	0	85	8707

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.007	8823	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1	12036	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3002	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		250	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1246	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		8823	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.75
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.78
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1191	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		9441	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.91 Å / Total num. of bins used: 13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2959	143	5.13 %
R_work	0.2523	2645	-
all	0.2546	2788	-
obs	-	-	96.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3614	-0.239	-0.0276	2.3864	-0.3359	3.0356	0.1429	0.0244	-0.0117	0.4685	-0.1385	-0.0176	-0.0571	0.0777	-0.0043	-0.0222	-0.0485	-0.0691	-0.1225	-0.0388	-0.1534	-7.5692	-15.2289	-7.1687
2	1.3883	0.1022	1.1963	1.2875	0.2546	3.3688	0.0544	0.0581	-0.4392	0.1155	-0.2159	0.3597	0.5699	-0.3502	0.1615	0.039	-0.2236	0.0925	-0.2406	-0.0286	-0.0466	-22.907	-52.9809	-23.379
3	2.3193	1.7838	0.6739	2.5015	-0.2015	2.2537	-0.0439	0.1157	0.3874	-0.0102	0.1189	0.5405	-0.385	-0.4164	-0.075	-0.1897	0.0977	0.0014	-0.0325	0.0304	-0.0725	-26.0465	-9.1938	-26.1541
4	2.1032	-0.0815	0.063	3.1728	-1.0479	2.1132	-0.0353	0.4282	-0.0022	-0.0286	0.0342	0.5498	-0.104	-0.4088	0.0011	-0.3234	-0.1911	-0.0953	0.1678	-0.0166	-0.1262	-35.2988	-32.6955	-36.3215
5	1.3015	-0.0893	-0.0519	3.8918	0.3707	2.2706	0.0677	-0.2112	-0.2374	0.4779	-0.1158	-0.0439	0.5664	0.0367	0.0482	0.0584	0.0063	-0.0303	-0.2037	0.0773	-0.2035	-5.8379	-42.3288	-5.297
6	0.1196	-0.4704	0.0693	0.0738	1.8451	0.6749	0.0003	-0.0614	-0.0255	0.0482	-0.0241	-0.0672	-0.0066	0.0487	0.0238	0.1107	-0.0342	0.0807	-0.0448	-0.0613	-0.0073	-9.0598	-0.55	-12.0381
7	0	-0.3239	0.3508	0.9709	-1.6262	0.5808	0.0075	0.0138	-0.0483	0.0083	-0.0091	0.0797	0.0157	-0.0326	0.0016	0.2284	-0.0478	-0.0133	-0.1565	0.1725	-0.0226	-12.9123	-62.3829	-15.7787
8	0	-0.533	0.6749	0.0122	0.147	0.5539	-0.0097	-0.0385	-0.0952	0.0038	0.0037	-0.03	0.0337	0.0403	0.006	0.1196	0.0454	-0.1568	0.0482	0.0917	-0.1056	4.2214	-33.5191	1.7458
9	0	0.4752	-0.2706	0.0529	0.2855	0.3108	0.0032	0.0182	0.0034	-0.0147	-0.0058	0.0272	-0.016	-0.0424	0.0027	0.0088	-0.1094	-0.0326	0.0543	-0.0878	-0.0012	-36.8854	-46.8564	-40.0544
10	0.1024	0.6208	0.2062	0.0499	-0.2613	0	-0.0012	-0.0074	0.0216	0.0126	0.0023	0.0418	-0.0363	-0.0079	-0.0012	0.0101	0.0173	-0.1488	0.0387	0.1474	0.0405	-35.444	-10.0981	-38.2945

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|* }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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